Zgodnie z 2 art. ustawy Agencja jest państwową osobą prawną, a jej siedzibą jest miasto stołeczne Warszawa. Należy podkreślić, że nie odpowiada ona za zobowiązania Skarbu Państwa, a Skarb Państwa nie odpowiada za zobowiązania Agencji. Nadzór nad Agencją sprawuje minister właściwy do spraw rozwoju wsi, a w zakresie gospodarki finansowej – minister właściwy do spraw finansów publicznych. Zadaniem Agencji jest wspieranie inwestycji w rolnictwie, rybołówstwie, przetwórstwie produktów rolnych oraz przetwórstwie ryb, skorupiaków i mięczaków oraz przedsięwzięć związanych ze wznowieniem produkcji w gospodarstwach rolnych i działach specjalnych produkcji rolnej, w których wystąpiły szkody spowodowane przez suszę, grad, deszcz nawalny, ujemne skutki przezimowania, przymrozki wiosenne, powódź, huragan, piorun, obsunięcie się ziemi lub lawinę, w rozumieniu przepisów o ubezpieczeniach upraw rolnych i zwierząt gospodarskich. Do głównych zadań Agencji należeć będzie również wspieranie poprawy struktury agrarnej, w tym zwłaszcza tworzenia i powiększania gospodarstw rodzinnych w rozumieniu przepisów o kształtowaniu ustroju rolnego oraz wspieranie powstawania i rozwoju grup producentów rolnych i ich związków. Ma ona za zadanie również wspierać rozwój rolnictwa ekologicznego i edukacji w zakresie ekologii, kształcenia mieszkańców wsi uprawnionych do otrzymania pożyczek i kredytów na zasadach określonych w przepisach o pożyczkach i kredytach studenckich oraz zbioru, transportu i unieszkodliwiania padłych zwierząt gospodarskich z gatunku bydło, owce, kozy, świnie lub konie i realizacji innych zadań wynikających z polityki państwa w zakresie rolnictwa, rozwoju wsi i przetwórstwa produktów rolnych lub ze Wspólnej Polityki Rolnej. Zadania te realizowane będą przez dopłatę do odsetek od kredytów bankowych, częściową spłatę kapitału kredytu bankowego, udzielanie gwarancji i poręczeń kredytowych, określonych w planie finansowym oraz udzielanie poręczeń spłaty kredytów studenckich zaciąganych na podstawie przepisów o pożyczkach i kredytach studenckich. Zadaniem Agencji jest również udzielanie pomocy finansowej na przygotowanie wniosku o rejestrację nazw pochodzenia, oznaczeń geograficznych lub gwarantowanych tradycyjnych specjalności pierwotnych produktów rolnych. W ramach pomocy finansowej na przygotowanie wniosku o rejestrację nazw i oznaczeń geograficznych mogą być finansowane wydatki poniesione na uzyskanie informacji niezbędnych do przygotowania wniosku o rejestrację nazw pochodzenia, oznaczeń geograficznych lub gwarantowanych tradycyjnych specjalności pierwotnych produktów rolnych.
Organem Agencji jest Prezes powoływany przez Prezesa rady Ministrów na wniosek ministra właściwego do spraw rozwoju wsi i ministra właściwego do spraw finansów publicznych. Kieruje on działalnością Agencji i reprezentuje ją na zewnątrz. Wykonuje on swoje zadania przy pomocy zastępców, dyrektorów oddziałów regionalnych oraz kierowników biur powiatowych. Prezes Agencji, dyrektorzy oddziałów regionalnych i kierownicy biur powiatowych mogą wydawać decyzje administracyjne w zakresie określonym w odrębnych przepisach. W postępowaniu administracyjnym organem wyższego stopnia w rozumieniu Kodeksu postępowania administracyjnego w stosunku do dyrektorów oddziałów regionalnych jest Prezes Agencji, a w stosunku do kierowników biur powiatowych – dyrektor oddziału regionalnego.
Nabór kandydatów do zatrudnienia na wolne stanowiska pracy w Agencji jest otwarty i konkurencyjny. Ogłoszenie o naborze zamieścić należy zamieścić w Biuletynie Informacji Publicznej oraz w jednostce organizacyjnej Agencji, w której prowadzony jest nabór. Ogłoszenie o naborze powinno zawierać wymagania, jakie powinni spełniać kandydaci do zatrudnienia na wolne stanowisko pracy w Agencji, dokumenty, jakie powinni złożyć oraz termin złożenia wymaganych dokumentów. Termin składania dokumentów, określony w ogłoszeniu o naborze, nie może być krótszy niż 14 dni od dnia zamieszczenia tego ogłoszenia w Biuletynie Informacji Publicznej. Po upływie terminu do składania dokumentów, określonego w ogłoszeniu o naborze, listę kandydatów, którzy spełniają wymagania określone w tym ogłoszeniu, niezwłocznie należy zamieści w BIP oraz umieścić w miejscu powszechnie dostępnym w jednostce organizacyjnej Agencji, w której jest prowadzony nabór.
Agencja prowadzi samodzielną gospodarkę finansową. Jej przychodami są środki budżetowe określone corocznie w ustawie budżetowej w formie dotacji podmiotowych i dotacji celowych, odsetki od lokat bankowych oraz inne przychody. Prezes Agencji w porozumieniu z ministrem właściwym do spraw rozwoju wsi musi ustalić projekt rocznego planu finansowego Agencji i przekazać go ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych w trybie określonym w przepisach dotyczących prac nad projektem ustawy budżetowej. W rocznym planie finansowym Agencji może być utworzona rezerwa obejmująca środki na pokrycie nadpłat lub niedoboru środków finansowych wynikającego z niemożności ich odzyskania – powstałych przy realizacji płatności bezpośredniej, płatności cukrowej, płatności do pomidorów lub programów realizowanych z udziałem funduszy Unii Europejskiej. Z wymienionych przychodów Agencji pokrywane są koszty jej działalności – w tym wynagrodzenia jej pracowników.
