Konieczność zmian wprowadzonych do ustawy wynika z nowych przepisów obowiązujących w Unii Europejskiej. Jedno z rozporządzeń (nr 73/2009) nie przewiduje możliwości wsparcia upraw roślin energetycznych, w związku z tym uchylono przepisy regulujące ubieganie się o płatności do tych roślin. Równocześnie utrzymano w mocy dotychczasowe przepisy, które regulują sprawy związane z przetwarzaniem roślin na cele energetyczne w zakresie wykraczającym poza przyznawanie płatności do upraw tych roślin. Zniesiono także pomoc de minimis dla rzepaku.
Zgodnie z obowiązującym prawem Unii Europejskiej, nowe państwa członkowskie stosujące system jednolitej płatności obszarowej mogą wykorzystać do 10% środków finansowych, które pochodzą z tych płatności, na wsparcie specjalne. W związku z tym do projektu ustawy wprowadzono zapis na podstawie, którego rolnicy utrzymujący krowy i owce oraz rolnicy uprawiający rośliny strączkowe i motylkowate drobnonasienne otrzymają dofinansowanie specjalne. Płatności te będą realizowane w formie rocznej wypłaty do hektara ww. upraw. Natomiast wysokość płatności do krów i owiec będzie związana z liczbą tych zwierząt utrzymywanych przez producenta. Dofinansowanie ma otrzymywać rolnik, który posiada nie więcej niż 10 krów i co najmniej 10 owiec.
Wprowadzenie nowej formy pomocy ma zapobiec ograniczeniu produkcji przez gospodarstwa rolne i zachować obecne miejsca pracy i źródła utrzymania. Wsparcie zostanie skierowane do gospodarstw doświadczających trudności w zawiązku ze szczególnymi uwarunkowaniami ekonomicznymi i środowiskowymi. Przewiduje się, że pomoc dotycząca krów i owiec będzie przeznaczona dla rejonów typowo rolniczych o największym rozdrobnieniu gospodarstw oraz z największym odsetkiem gospodarstw o wielkości ekonomicznej poniżej określonego poziomu.
Projekt przewiduje również całkowite odłączenie płatności od produkcji w tzw. sektorze I – grupa upraw podstawowych, które powoduje zniesienie obowiązku uprawy wybranych gatunków roślin. Do tej pory program wsparcia w tym sektorze powiązany był z produkcją. Pomoc była przyznawana tylko wówczas, gdy na kwalifikującej się powierzchni prowadzono konkretne uprawy. Począwszy od 2010 roku całość dopłat zostanie oddzielona od produkcji. Minister rolnictwa w rozporządzeniu określi szczegółowe warunki, jakie powinny spełniać grunty nieuprawiane. Rozwiązanie to przyczyni się do poprawy warunków gospodarowania zarówno producentów w sektorach objętych wsparciem w sektorze I, tj. przede wszystkim zboża, jak również rolników prowadzących uprawy objęte jedynie jednolitą płatnością obszarową – chodzi o korzystniejsze wsparcie w przypadku zaniechania uprawy.
Zaproponowano, aby ustawa weszła w życie w dniu 15 marca 2010 roku, a więc w pierwszym dniu okresu składania wniosków o przyznanie płatności bezpośrednich za 2010 r. Proponowany termin wejścia w życie nowelizacji jest ostatecznym terminem, w którym powinny zostać ustanowione podstawy prawne do składania takich wniosków.