Projekt nowelizacji ustawy zawiera rozwiązania dotyczące udzielania spółce PKP Przewozy Regionalne rekompensaty z tytułu niepokrytych strat, jakie ponosiła w związku ze świadczeniem pasażerskich usług przewozowych w ramach wykonywania obowiązku usług publicznych od 1.10.2001 r. do 20.04.2004 r., bowiem w tym okresie środki finansowe przeznaczane na świadczenie prowadzonych przez spółkę przewozów były niższe niż faktyczna różnica kosztów i przychodów przewoźnika. Spółka PKP PR w tych latach znacznie zminimalizowała swoją działalność, a kolejne próby dostosowania rozkładu jazdy do poziomu finansowania przewozów przez samorządy województw napotykały bariery w postaci protestów społecznych. Kwota deficytu za ten okres wyniosła 2,16 mld zł. Taka wysokość rekompensaty zostanie przekazana PKP PR z budżetu państwa: 500 mln zostanie przekazane do 31 lipca 2008 r. Zgodnie z nowelizacją 883 mln zł trafi do PKP PR do 30 listopada 2008 r., a 777 mln do 30 czerwca 2009 r. Rekompensata ta przeznaczona jest na spłatę zobowiązań PKP PR powstałych w związku ze świadczeniem usług publicznych. Źródłem oddłużenia PKP PR będą środki pobrane z podatku akcyzowego od paliw silnikowych przewidziane w ustawie o finansowaniu infrastruktury transportu lądowego na budowę, przebudowę, remonty, utrzymanie i zarządzanie infrastrukturą transportu lądowego. W ustawie założono również, że budżet państwa udzieli PKP SA 1,86 mld zł pożyczki. Zostanie ona następnie przekazana na dokapitalizowanie PKP PLK z przeznaczeniem na budowę, przebudowę, remonty, utrzymanie i zarządzanie infrastrukturą. Pożyczka ta ma zostać spłacona udziałami PKP PR i akcjami PLK SA.
Ponadto nowelizacja zakłada, że samorządy wojewódzkie będą mogły nieodpłatnie otrzymać linie kolejowe oraz odcinki tych linii, które nie mają znaczenia państwowego i nie są wykorzystywane przez Polskie Linie Kolejowe SA. Warunkiem ich przekazania będzie dalsze prowadzenie przewozów pasażerskich przez samorząd. Umowa ma obowiązywać przez dwa lata. W sytuacji, gdy na przejętej linii kolejowej nie będą wykonywane przewozy pasażerskie, samorząd będzie musiał wystąpić do ministra infrastruktury o zgodę na zmianę przeznaczenia linii. Jeżeli zgoda będzie dotyczyć innego niż pierwotnie zakładano sposobu wykorzystania linii, samorząd będzie musiał ją wykupić. Z kolei brak zgody spowoduje obowiązek zwrócenia użytkowanej linii do PKP SA lub PLK SA. Jeżeli na przejętej przez samorząd terytorialny linii, oprócz przewozów regionalnych, prowadzony jest ruch dalekobieżny i towarowy – zarządzanie tą linią będzie należało do PLK SA.
Projekt nowelizacji określa również zasady przekazywania gminom niesprzedanych budynków mieszkalnych oraz wskazuje grupę osób uprawnionych do pierwokupu kolejowych lokali mieszkalnych. Lokatorzy będą musieli złożyć tzw. oświadczenie woli o zamiarze jego nabycia. Będą musieli to zrobić w terminie 3 miesięcy od dnia otrzymania oferty zakupu lokalu. W przeciwnym wypadku PKP SA będzie mogła zasób lokalowy przekazać nieodpłatnie gminie oraz np. spółdzielni mieszkaniowej. Nieruchomości będą mogły być także przekazane bez wymaganej dokumentacji – np. odpisów z ksiąg wieczystych, dokumentacji budowy, spisów inwentaryzacyjnych, jednak wtedy PKP SA będzie musiała pokryć koszty, jakie gmina poniesie przy jej tworzeniu. Projekt zakłada również, że wraz z nieruchomością samorządy przejmują wierzytelności oraz kaucje wniesione przez najemców PKP SA. Ze sprzedaży wyłączono budynki i lokale mieszkalne zwane „koszarkami”, które zlokalizowane są na terenie pasa linii kolejowej lub w bezpośrednim jego sąsiedztwie.
Zgodnie z regulacjami samorządy terytorialne, które podejmą się współfinansowania inwestycji kolejowych będą mogły liczyć na ulgi w opłacie podstawowej dla przewoźników korzystających ze zmodernizowanych linii kolejowych. Przewidziano, że wysokość przyznanych ulg nie może przekroczyć wartości środków, jakie jednostki samorządu terytorialnego przeznaczyły na sfinansowanie lub dofinansowanie inwestycji infrastrukturalnych.
Założono również poprawę jakości obsługi pasażerów, której będzie służyć wprowadzenie wspólnego systemu dystrybucji biletów i stosowanie wspólnego biletu na przejazd. Koordynatorem tych ustaleń będzie zarządca infrastruktury kolejowej.
Reasumując, można stwierdzić, iż zmiany ustawy mające na celu oddłużenie i usamorządowienie kolejowych przewozów regionalnych stanowią szereg korzyści dla pasażerów. Z pewnością zwiększy się komfort podróży oraz poprawa jakości obsługi. Rozkłady jazdy zostaną dostosowane do potrzeb pasażerów oraz zostanie zwiększona szybkość rozkładowa – poprawa stanu infrastruktury dzięki inwestycjom PKP PLK. Ponadto nowelizacja ustaw niesie za sobą korzyści dla samorządów w postaci stworzenia optymalnej oferty przewozowej i spójnego systemu transportu publicznego w regionie. Będą mieli oni równie bezpośredni wpływ na kształt rozkładów jazdy.