Hiszpania i Włochy nie tylko nie przystąpiły do wzmocnionej współpracy na tym polu, ale wręcz wniosły do Trybunału Sprawiedliwości UE skargi kwestionujące legalność tej współpracy. W Polsce szczególnie ostra reakcja nastąpiła ze strony środowiska rzeczników patentowych. Rzecznicy zarzucili tej regulacji m.in. brak możliwości zapewnienia zrównoważonego rozwoju gospodarczego państw członkowskich oraz brak minimalnego zabezpieczenia uzasadnionych interesów polskich przedsiębiorców, zwłaszcza małych i średnich. Ze strony przeciwników pakietu patentowego płyną ostrzeżenia, że zaprojektowane rozwiązania uprzywilejowują gospodarki i podmioty z państw dysponujących silnym potencjałem rozwoju technologicznego oraz znaczącymi środkami na badania i rozwój, natomiast dyskryminują podmioty z państw takich jak Polska, dysponujących znacznie skromniejszym zasobem środków, publicznych i prywatnych na badania i rozwój.
Tymczasem zwolennicy jednolitego systemu patentowego podnoszą, że system ten jest tworzony z myślą o sektorach innowacyjnych, które na tym rozwiązaniu zyskają. Przede wszystkim szybciej uzyskają ochronę patentową, co otworzy im możliwość eksportu na zagraniczne rynki. Poza tym będą mogli taniej i kompleksowo uzyskać ochronę dla swoich rozwiązań, gdyż nie będą już musieli wnioskować o przyznanie patentu w każdym państwie osobno. Ponadto zdecydowanie skróci się procedura przyznawania patentów – jeden wniosek zapewnić ma ochronę we wszystkich państwach, które przystąpiły do jednolitego systemu patentowego. Zatem proponowany system patentowy ma być szansą na wzrost innowacyjności polskich przedsiębiorstw i ich większego zaawansowania technologicznego.
Przeciwnicy JPE kwestionują również wartość automatycznych tłumaczeń. Rzecznicy patentowi powołują się w szczególności na zasadę prawa patentowego, zgodnie z którą prawa wyłączne przyznawane są w zamian za należyte ujawnienie wynalazków w języku obowiązującym na danym terytorium. Rzecznicy wskazują, że publikacja w języku obcym nie zapewnia realizacji tej zasady, a przewidywane środki zaradcze takie jak tłumaczenia automatyczne czy obowiązek przedłożenia tłumaczenia ręcznego dopiero w razie sporu o naruszenie patentu uznają za niewystarczające, tym bardziej że tłumaczenia nie będą miały mocy prawnej.
W odpowiedzi na ten argument zwolennicy JPE wskazują, że dostępność informacji patentowej w języku angielskim nie może być postrzegana jako ograniczenie możliwości korzystania z takiej informacji. Zwyczajowo bowiem w nauce i badaniach korzysta się przede wszystkim z języka angielskiego.
Co więcej, entuzjaści JPE wskazują, że przedsiębiorcy działający zarówno w kraju jak i za granicą i tak muszą sprawdzać jakie patenty obowiązują na rynku. Już teraz eksporterzy na bieżąco sprawdzają, jakie patenty obowiązują poza granicami Polski. Jednolity system patentowy zapewni też przedsiębiorcom narzędzie w postaci bazy patentów w całej UE, w której szybko i bezpłatnie sprawdzą informację patentową.
Dodatkowym argumentem przeciwników JPE są zagrożenia wynikające z przewidywanego gwałtownego wzrostu liczby patentów. Wzrost ten wynikać ma z tego, że JPE będzie automatycznie skuteczny w 25 państwach UE bez konieczności walidacji. Zdaniem przeciwników jednolitego patentu polscy przedsiębiorcy nie będą w stanie nawiązać konkurencji w dziedzinach nowoczesnych technologii, a monopole patentowe znacząco pogorszą warunki prowadzenia działalności gospodarczej, co z kolei ujemnie wpłynie na zdolność konkurencyjną gospodarki polskiej i jej zdolność eksportową.
Z kolei zwolennicy jednolitego systemu ochrony patentowej podnoszą, że jego ustanowienie przyczyni się do obniżenia kosztów uzyskania patentu w UE poprzez eliminację kosztów walidacji w poszczególnych krajach, kosztów tłumaczeń, kosztów lokalnego przedstawiciela oraz kosztów oficjalnych krajowych publikacji. Na nowym systemie jednolitej ochrony patentowej skorzystają przede wszystkim małe i średnie przedsiębiorstwa – system będzie tańszy, a zatem bardziej dla nich dostępny. To z kolei może zachęcić polskie podmioty gospodarcze do zwiększenia aktywności innowacyjnej i przyczynić się do podniesienia ich konkurencyjności na rynku wewnętrznym, jak również do zwiększenia zainteresowania tych podmiotów ochroną swoich rozwiązań technicznych w EU.
Przeciwnicy JPE kwestionują te zalety wynikające z obniżenia kosztów uzyskania ochrony patentowej. Ich zdaniem oszczędności w tym zakresie przypadać będą głównie tym gospodarkom, które uzyskują największe liczby patentów, natomiast po stronie podmiotów polskich będą znikome, tak jak znikoma jest liczba uzyskiwanych przez nasze podmioty patentów europejskich. Efektem zwielokrotnionej liczby patentów będą też znacząco wyższe wydatki na nabywanie licencji, zarówno w sektorze prywatnym, jak i publicznym.
Według przeciwników pakietu patentowego, na odrębną krytykę zasługuje projekt porozumienia o JSP. W tym kontekście zwraca się w szczególności uwagę na obciążenia i koszty związane z prowadzeniem postępowań za granicą, w obcym języku, przy udziale zagranicznych pełnomocników. Zdaniem przeciwników tego rozwiązania, nawet jeśli w Polsce zostanie utworzony oddział lokalny sądu pierwszej instancji, to niektóre sprawy będą zastrzeżone do kompetencji oddziałów centralnych (w Monachium, Paryżu i Londynie), a instancja apelacyjna ma się mieścić w Luksemburgu.
Entuzjaści pakietu patentowego odpierają tę krytykę wskazując, że JSP ma być wyspecjalizowanym sądem wspólnym dla państw-stron negocjowanej umowy. Celem jego powołania jest zapewnienie efektywności pakietu patentowego poprzez jednolitą regulację sytuacji prawej podmiotów posiadających patenty, ale też tych firm, które uczestniczą w obrocie. Orzeczenia JSP będą skuteczne na terytorium wszystkich państw-stron porozumienia, a jego kadra sądowa ma być przeszkolona i wyspecjalizowana w zakresie ochrony patentowej.
Ponadto, zgodnie z komunikatem Komisji Europejskiej z dnia 3 kwietnia 2007 r. łączny koszt równoległego prowadzenia sporu sądowego tylko w czterech państwach członkowskich UE, w których prowadzi się większość spraw patentowych (tj. w Niemczech, Francji, Wielkiej Brytanii i Holandii) wynosi obecnie od 310 tys. euro do prawie 2 mln euro w pierwszej instancji i od 320 tys. euro do 1,4 mln euro w drugiej. Jak nietrudno się domyślić kosztowność systemu rozstrzygania sporów w powiązaniu z brakiem jednolitego tytułu prawnego zniechęca w szczególności małe i średnie przedsiębiorstwa do korzystania z systemu patentowego.
Wreszcie, zdaniem przeciwników pakietu patentowego jego wejście w życie stanowić będzie trwałą barierę rozwoju przedsiębiorczości i znacząco ograniczy polskie szanse na zmniejszenie dystansu wobec państw wysoko rozwiniętych. Zamiast instrumentów wspierających innowacyjność, pojawią się dodatkowe czynniki zwiększające ryzyko gospodarcze i koszty.
Na ten argument zwolennicy pakietu patentowego również mają swoją odpowiedź. Ich zdaniem JPE jest potrzebny europejskim przedsiębiorcom ze względu na możliwość „dzielenia się wiedzą”. Łatwo dostępna informacja nt. prowadzonych badań ułatwi opracowywanie nowych pomysłów badawczo-wynalazczych, które potem będą mogły być tanio opatentowane, co służy realizacji tzw. „piątej swobody unijnej” – swobody przepływu wiedzy. Rozprzestrzenianie informacji technicznej stymuluje też kreatywność, technologiczne badania, ocenę ryzyka, itp.
Oba rozporządzenia (podstawowe i w sprawie tłumaczeń) będzie można stosować od 1 stycznia 2014 r. lub od dnia wejścia w życie Porozumienia w sprawie Jednolitego Sądu Patentowego, w zależności od tego, która data jest późniejsza. Z kolei, porozumienie w sprawie Jednolitego Sądu Patentowego wejdzie w życie 1 stycznia 2014 r. lub po tym, jak ratyfikuje je co najmniej 13 państw stron porozumienia, pod warunkiem, że wśród nich znajdą się Wielka Brytania, Francja i Niemcy. Do systemu nie przystąpią Hiszpania i Włochy, choć będą mogły to zrobić w dowolnym momencie. Niemniej jednak, nawet po wejściu w życie pakietu patentowego przedsiębiorcy będą mieć swobodny wybór między trzema systemami ochrony wynalazków (tworzonego jednolitego patentu, obowiązującego dziś patentu europejskiego lub krajowego systemu patentowego) tak, aby każdy przedsiębiorca mógł dopasować system do swoich konkretnych potrzeb.
