Do podstawowych, systemowych zmian zaproponowanych w niniejszym projekcie należy zaliczyć modernizację służby w podstawowych obszarach. Zmiany dotyczą sprawnej obsługi ruchu towarowego na zewnętrznej granicy RP i bezpieczeństwa obywateli, z jednoczesnym zachowaniem wykonywania zadań z zakresu dozoru i kontroli celnej, a także zwalczania przestępstw skarbowych oraz zapewnienia ułatwień dla przedsiębiorców legalnie wykonujących działalność w zakresie obrotu towarowego oraz podlegających opodatkowaniu podatkiem akcyzowym. Do zmian należy również zaliczyć dostosowanie regulacji zawartych w prawie krajowym do zmian, które wystąpiły w prawie wspólnotowym oraz konieczności wykonania zobowiązań dotyczących współpracy międzynarodowej wynikających z III filara Unii Europejskiej. Ponadto doprecyzowano i uzupełnieniowo obowiązujące unormowania prawne w celu stworzenia regulacji mającej charakter pragmatyki służbowej dla funkcjonariuszy Służby Celnej, w tym wprowadzenie rozwiązań prawnych mających wzmocnić status funkcjonariusza Służby Celnej, powstrzymać fluktuację kadr, zatrzymując w szeregach Służby Celnej dobrze wykształconych i kompetentnych funkcjonariuszy i pracowników, a także zachęcając do podjęcia służby osoby spełniające te wymogi, a poszukujące zatrudnienia.
Jednym z założeń projektu jest wdrożenie jednolitego trybu postępowania przy wydawaniu pozwoleń na stosowanie ułatwień i uproszczeń w prawie celnym, który łączy elementy postępowania w sprawach celnych i kontroli celnej w celu skrócenia czasu wydawania pozwoleń na stosowanie procedur uproszczonych oraz świadectwa upoważnionego przedsiębiorcy i wprowadzenie zasady postępowania ukierunkowanego na współpracę z przedsiębiorcą. Potrzeba tych zmian jest związana z wprowadzaniem nowych instytucji prawa celnego, takich jak Upoważniony Przedsiębiorca (AEO) oraz Jednolite Pozwolenie Europejskie oraz związaną z tym faktem zmianą zasad wydawania i wymiany już udzielonych pozwoleń na stosowanie tzw. procedur uproszczonych.
Projektowane w ustawie zmiany dotyczą także stworzenia jednolitego trybu kontroli fizycznej towarów wykonywanej przez Służbę Celną. Aktualnie obowiązująca ustawa o Służbie Celnej przewiduje dwa tryby wykonywania kontroli: kontrola polegająca na fizycznym nadzorowaniu obrotu towarami oraz kontrola ich produkcji lub przetwarzania. Wskazać należy, że w przypadku obydwu sposobów wykonywania kontroli nie mamy do czynienia, co do zasady, z kontrolą dokumentacji, lecz z kontrolą ilości towarów, od których nie zostały jeszcze uiszczone należności publicznoprawne. Sposoby wykonywania tej kontroli zostały zróżnicowane proceduralnie ze względu na rodzaj towarów podlegających kontroli: jeden został przewidziany dla obrotu wyrobami akcyzowymi, drugi dla kontroli obrotu towarowego z krajami trzecimi, w tym wyrobami akcyzowymi. Pomimo istnienia odrębnych regulacji prawnych zasady wykonywania tych kontroli były bardzo zbliżone – ich wykonywanie opierało się na zasadzie kontroli towarów, co wymuszało zbliżone, aczkolwiek różniące się rozwiązania. Dodatkowym impulsem do ujednolicenia tych trybów było wprowadzenie w zakresie kontroli wykonywania obrotu wyrobami akcyzowymi z dniem 1 maja 2004 r. rozwiązań przewidzianych w Dyrektywie Rady 92/12/EWG z dnia 25 lutego 1992 r. w sprawie ogólnych warunków dotyczących wyrobów objętych podatkiem akcyzowym, ich przechowywania, przepływu oraz kontrolowania, który to akt wprowadzał na szczeblu Wspólnot Europejskich rozwiązania analogiczne do występujących w prawie celnym. Elementem, który przemawia również za prowadzeniem jednolitego trybu jest wykonywanie tych kontroli przez ten sam organ administracji – naczelnika urzędu celnego. Przyjęcie projektowanego rozwiązania zapewni zwiększenie efektywności i skuteczności kontroli dotyczących obrotu towarowego poprzez ujednolicenie procedur kontrolnych oraz oparcie całości działań kontrolnych na analizie ryzyka oraz dodatkowo zwiększy elastyczność kadrową, jak również będzie sprzyjać wypracowywaniu jednolitych standardów wykonywania. Oparcie całości zadań kontrolnych na analizie ryzyka pozwoli na ograniczenie kontroli wykonywanych obecnie w formie stałych nadzorów i wykorzystanie zaangażowanego w ich sprawowanie potencjału kadrowego w kontrolach działalności o wysokim stopniu ryzyka i działalności wykonywanej bez zachowania warunków oraz form określonych przepisami prawa. Wyraźne rozdzielono zasady wykonywania tzw. powtórnej kontroli celnej od zasad wykonywania dozoru celnego oraz kontroli wyrobów w procedurze zawieszenia poboru akcyzy. W tym zakresie znacząco uproszczono sposób wykonywania kontroli, bowiem oprócz uprawnień kontrolujących i obowiązków kontrolowanych oraz odrębnego określenia miejsc wykonywania kontroli pozostałe elementy procedury wykonywania kontroli zostały oparte na rozwiązaniach przyjętych w Dziale VI – Ordynacji Podatkowej – Kontrola Podatkowa. Biorąc pod uwagę, iż w obecnym stanie prawnym naczelnik urzędu celnego realizował powtórną kontrolę celną i kontrolę podatkową w odrębnych trybach, zmiana ta powinna przyczynić się do lepszego wykorzystania posiadanych przez ten organ zasobów ludzkich.
W projekcie stworzono podstawy prawne do skutecznej ochrony granicy morskiej RP, jako granicy celnej Unii Europejskiej. Urzeczywistnieniu tego ma służyć wprowadzenie ustawowej regulacji umożliwiającej samodzielne zatrzymywanie środków transportu morskiego do kontroli przez funkcjonariuszy Służby Celnej, nadanie bandery jednostkom pływającym Służby Celnej oraz wprowadzenie delegacji ustawowej umożliwiającej wydanie aktów wykonawczych dotyczących jednolitego oznakowania identyfikującego łodzie patrolowe Służby Celnej. Projektowane zmiany pozwolą na realizację przez Służbę Celną jej ustawowych zadań w zakresie zwalczania przestępczości transgranicznej, w tym celnej, skarbowej, dewizowej oraz przeciwdziałaniu zagrożeniom społeczeństwa i rynku w szczególności w zakresie przemytu: papierosów, alkoholu, narkotyków, dzieł sztuki, broni, materiałów rozszczepialnych, odpadów ekologicznych oraz własności intelektualnej. Zostały zaprojektowane rozwiązania zwiększające bezpieczeństwo funkcjonariuszy celnych realizujących niektóre zadania ustawowe, przez przyznanie im prawa użycia broni palnej. Uprawnienie to zostało ograniczone wyłącznie do funkcjonariuszy celnych, których służba wiąże się z bezpośrednim zagrożeniem dla życia i zdrowia.
