Rozporządzenie to jest skorelowane ze zmianą rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1337 ze zm.). Celem zaproponowanych zmian jest uproszczenie obrotu tymi fakturami tak, aby faktury elektroniczne stały się realną alternatywą dla faktur papierowych. Zaproponowane zmiany stanowią propozycję unowocześnienia zasad obrotu fakturami elektronicznymi w kierunku określonym przez dyrektywę Rady 2010/45/UE, z uwzględnieniem obecnie obowiązujących przepisów dyrektywy 2006/112/WE.
Dotychczasowe kwestie objęte projektem są regulowane rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz. U. Nr 133, poz. 1119). Projekt rozporządzenia określa sposób i warunki przesyłania faktur w formie elektronicznej oraz zasady ich przechowywania oraz tryb udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej faktur przesyłanych drogą elektroniczną. Zaproponowano wykonanie upoważnienia ustawowego, zawartego w art. 106 ust. 10, jedynie w odniesieniu do przesyłania faktur w formie elektronicznej, co pozwoli na objęcie możliwością przesyłania w tej formie również faktur wystawianych „papierowo” i przesłanych np. faksem czy e-mailem.
Zważywszy na zwiększenie konkurencyjności i obniżenie kosztów prowadzenia działalności gospodarczej – za dyrektywą Rady 2010/45/UE – zrezygnowano w stosunku do obowiązującego rozporządzenia z dnia 14 lipca 2005 r. z obligatoryjnego stosowania szczególnych technologii przesyłu elektronicznego faktur. Rozporządzenie wprowadza dowolność formatu elektronicznego, w jakim może być przesłana faktura elektroniczna. Stosowanie przesyłu elektronicznego faktur wymaga nadal zgodnie z § 2 rozporządzenia i przepisami art. 232 dyrektywy uprzedniej akceptacji przez odbiorcę. Akceptacji albo jej cofnięcia można dokonać w formie papierowej lub elektronicznej. Strony muszą uzgodnić sposób przesyłania faktur w formie elektronicznej ze względu na konieczność spełnieniawymogów technicznych oraz organizacyjnych, zarówno po stronie dostawcy, jak i odbiorcy, tak aby zapewnić sposób przechowywania faktur zgodny z przepisami. Należy uwypuklić, że w przypadku akceptacji w formie elektronicznej zrezygnowano z dotychczasowych wymogów, aby stosować bezpieczny podpis elektroniczny, weryfikowany za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu lub elektroniczną wymianę danych (EDI). Wprowadzenie takiego rozwiązania powinno znacząco przyczynić się do upowszechnienia fakturowania elektronicznego.
W przypadku cofnięcia akceptacji zaproponowano – analogicznie do obowiązujących obecnie rozwiązań – aby wystawca faktury tracił prawo do przesyłania temu odbiory faktur od dnia następującego po dniu, w którym otrzymał powiadomienie od odbiorcy o wycofaniu akceptacji. Jednakże ze względu na fakt, że proces przygotowywania danych, ich sprawdzania i w końcu wystawiania faktur może w niektórych firmach, np. ze względu na istotny stopień zautomatyzowania tych czynności, utrudniać lub uniemożliwiać szybkie uwzględnienie cofnięcia akceptacji dla fakturowania elektronicznego proponuje się, aby strony mogły postanowić o innym terminie utraty prawa do przesyłania faktur elektronicznych w przypadku cofnięcia akceptacji, o ile nie będzie on dłuższy niż 30 dni.
Zgodnie z § 3 faktury mogą być przesyłane w formie elektronicznej pod warunkiem zapewnienia autentyczności pochodzenia i integralności treści faktury. Zdefiniowano także pojęcie autentyczności pochodzenia, które oznacza pewność co do tożsamości dokonującego dostawy towarów lub usługodawcy albo wystawcy faktury oraz integralności treści, które oznacza, że w fakturze nie zmieniono danych, które powinna zawierać faktura. Wskazano również, że przedmiotowe cechy faktur będą w odniesieniu do faktur przesyłanych w formie elektronicznej zachowane w przypadku wykorzystania bezpiecznego podpisu elektronicznego, weryfikowanego za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu lub elektronicznej wymiany danych (EDI). Wskazane metody zapewnienia przedmiotowych cech faktur są tylko przykładowym wyliczeniem co oznacza, że podatnik może zastosować inne, dowolne środki zapewnienia autentyczności i integralności faktury.
Dla uproszczenia i ułatwienia obrotu fakturami przesyłanymi elektronicznie dane wspólne dla poszczególnych faktur mogą zostać podane tylko raz, o ile dla każdej faktury są dostępne wszystkie te dane. Określono zasady przechowywania faktur przesłanych drogą elektroniczną w sposób analogiczny, jak w przypadku faktur przesłanych w formie papierowej. Podatnicy obowiązani są przechowywać faktury w dowolny w sposób zapewniający autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność od momentu ich wystawienia do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Zgodnie z art. 245 ust. 1 dyrektywy 2006/112/WE w rozporządzeniu wskazano także, że sposób przechowywania faktur ma zapewnić łatwe odszukanie i bezzwłoczny dostęp do faktur będących przedmiotem kontroli. Zgodnie z art. 245 ust. 2 dyrektywy 2006/112/WE wskazano, że każda faktura przesłana w formie elektronicznej może być przechowywana na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju, pod warunkiem zagwarantowania dla celów kontrolnych za pomocą środków elektronicznych pełnego dostępu on-line do tych faktur. Wprowadzenie tego wymogu ma umożliwić podatnikom przechowywanie faktur w dowolnym państwie członkowskim nie pozbawiając jednak organu podatkowego lub organu kontroli skarbowej łatwego i szybkiego dostępu do tych faktur.
Ponadto, wprowadzono tryb udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej faktur przesłanych w formie elektronicznej i przechowywanych w tej formie. Podatnik został zobowiązany do udostępnienia takich faktur w trybie umożliwiającym bezzwłoczny pobór i przetwarzanie danych w formacie tekstowym. Obowiązek ten został wprowadzony ze względu na fakt, że rozporządzenie pozostawia podatnikom dowolność wyboru formatu, w jakim elektronicznie przesyłają faktury i ewentualna mnogość stosowanych formatów mogłaby znacznie wydłużyć czas kontroli u podatnika. W rozporządzeniu zaproponowano odejście od wymogu obecnie obowiązującego, aby korekty do faktur wystawionych w formie elektronicznej były również wystawiane w tej samej formie, co powinno przyczynić się do wyeliminowania wątpliwości, w przypadkach gdy przeszkody techniczne uniemożliwiały wystawienie korekty faktury w formie elektronicznej.