Dotychczas do postępowania kontrolnego w zakresie nie uregulowanym w ustawie o kontroli skarbowej stosowane były przepisy Ordynacji podatkowej, z wyjątkiem przepisu art. 54 § 1 ustawy, określającego okresy, w których podatnikowi nie są naliczane odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych. Podatnik był więc zobligowany do zapłaty odsetek od zaległości podatkowych w przypadkach wyszczególnionych w art. 54 § 1 Ordynacji podatkowej w przypadku kontroli i postępowania, prowadzonych przez organy kontroli skarbowej, natomiast w analogicznej sytuacji jest zwolniony z zapłaty odsetek, ponieważ kontrola i postępowanie są prowadzone przez organy podatkowe.
Oznacza to, że organy kontroli skarbowej m.in. nie ponosiły negatywnych skutków przedłużania postępowania podatkowego. Negatywnymi skutkami obciążeni byli podatnicy, którzy nie są zwolnieni z zapłaty odsetek pomimo tego, że bardzo często nie ponoszą odpowiedzialności za wydłużone okresy postępowania prowadzonego przez organy kontroli skarbowej. Ponadto, powyższa regulacja dyskryminowała podatników, którzy złożyli zabezpieczenie w postępowaniu prowadzonym przez organy kontroli skarbowej. Unormowanie wyłączające brak naliczania odsetek w sytuacjach opisanych w ustawie w przypadku postępowania prowadzonego przez organy kontroli skarbowej niesie ze sobą wątpliwość co do konstytucyjnej równości podatników wobec prawa.
Nowelizacja ustawy o kontroli skarbowej, która wejdzie w życie w dniu 1 lipca 2010 roku ujednolica prawa podatnika w przypadku postępowań prowadzonych przez organy podatkowe i organy kontroli skarbowej. Brak jest bowiem podstaw do tego, aby postępowanie prowadzone przez organ kontroli skarbowej niosło ze sobą inne skutki dla podatnika niż postępowanie prowadzone przez organy podatkowe. Dodano do art. 24 ust. 3, zgodnie z którym odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji wydanej w pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego. Jednakże, przepis ten nie będzie stosowany w sytuacji, gdy do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Przepisy nowelizujące wprowadzają ograniczenie nadmiernej i nieuzasadnionej dla podatnika sankcji, jaką jest niewątpliwie naliczanie odsetek za zwłokę m.in. w przypadku wydłużania postępowania przez organy kontroli skarbowej. Podatnicy kontrolowani przez organy podatkowe i organy kontroli skarbowej będą więc traktowani identycznie w zakresie naliczania odsetek za zwłokę.
Reasumując, nowelizacja ustawy o kontroli skarbowej ujednolici przepisy odnoszące się do praw podatnika kontrolowanego przez organy podatkowe i organy kontroli skarbowej. Dodatkowo ograniczy nierówność w zakresie naliczania odsetek za zwłokę. Wejście w życie nowelizacji ustawy zwiększy również szybkość postępowań prowadzonych przez organy kontroli skarbowej. Ponadto przepisy nowelizujące pogłębią zaufanie podatnika do organów kontroli skarbowej oraz wzmocnią prawa podatnika w przypadku kontroli przeprowadzanych przez organy kontroli skarbowej.
