Najważniejsza zmiana zawarta w projekcie nowelizacji ustawy o podatku od towarów i usług polega na tym, że zasadniczo usługi będą opodatkowane w kraju, w którym siedzibę ma firma je nabywająca. Oznacza to, że miejscem opodatkowania usługi będzie – zgodnie z dyrektywą – miejsce jej rzeczywistej konsumpcji. Tego rodzaju rozwiązanie ułatwi firmom rozliczenia podatkowe. W aktualnie obowiązującym stanie prawnym miejscem opodatkowania usługi jest miejsce, w którym firma świadcząca usługę ma siedzibę. Jednakże od tej reguły są pewne wyjątki, zależne od rodzaju świadczonych usług.
Ponadto zaproponowano zmianę przepisów dotyczących tzw. informacji podsumowujących, składanych przez podmioty biorące udział w handlu wewnątrzwspólnotowym. Informacje te zawierają wykaz transakcji przeprowadzonych między firmami z różnych krajów Unii Europejskiej.
Zgodnie z projektem nowelizacji, skrócony zostanie okres , za który podatnicy mają obowiązek składać informacje podsumowujące. Okres ten zostanie skrócony z kwartału do miesiąca. Skrócony również zostanie termin składania tych informacji z 25 dnia miesiąca do 15 dnia miesiąca następującego po okresie sprawozdawczym, w którym powstał obowiązek podatkowy. Jedynie informacje podsumowujące, składane elektronicznie, będzie można nadsyłać do 25 dnia miesiąca. Nadal będzie możliwe składanie informacji podsumowujących za okresy kwartalne, ale jedynie w trzech przypadkach, szczegółowo wskazanych w projekcie. Zmiany zaproponowane w tych przepisach usprawnią wymianę informacji o transakcjach wewnątrzwspólnotowych, co z kolei przyczyni się do zwalczania procederu uchylania się od opodatkowania.
Kolejna zmiana dotyczy ubiegania się o zwrot VAT od zakupów dokonywanych w innym państwie członkowskim. Dzięki niej, przykładowo, polski podatnik ubiegający się o zwrot tego podatku, zapłaconego w innym państwie członkowskim, będzie składał elektronicznie wniosek w polskim urzędzie skarbowym. Wniosek ten zostanie przekazany do właściwego państwa członkowskiego. Uprości to procedurę zwrotu VAT. Obecnie taki wniosek trzeba składać w urzędzie skarbowym państwa UE, w którym zapłacono podatek.
Dodatkowo zaproponowano, aby przepisy ustawy zaczęły obowiązywać od 1 stycznia 2010 r., z wyjątkiem niektórych, które weszłyby w życie w innych terminach. Na przykład od 1 stycznia 2011 r. obowiązywałyby nowe zasady ustalania miejsca opodatkowania dla usług związanych m.in. z kulturą, sztuką, sportem, nauką, edukacją i rozrywką.
