Na skutek tej decyzji wpłacone w 1997 roku przez podatnika należności stały się nadpłatą w rozumieniu art. 29 ust. 1 ustawy 19 grudnia 1980 roku o zobowiązaniach podatkowych, a kwoty wpłacone w 1998 r. w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku – Ordynacja podatkowa. Nadpłaty te wraz z przypadającymi od nich odsetkami oraz odsetki wpłacone uprzednio przez podatnika od zaległości podatkowych zostały zwrócone na rachunek bankowy. Maria R. zwróciła się z wnioskiem do urzędu skarbowego o zwrot niecałkowicie zapłaconych odsetek tj. wypłaty oprocentowania od wpłaconych przez stronę odsetek za zwłokę od kwoty należności głównej. Organ pierwszej instancji odmówił zapłaty tego oprocentowania. Od tej decyzji Maria R. wniosła odwołanie do dyrektora izby skarbowej, który utrzymał decyzję I instancji. Wojewódzki sąd administracyjny, do którego odwołała się Maria R., uchylił zaskarżoną decyzję. Naczelny Sąd Administracyjny, do którego odwołał się dyrektor izby skarbowej, uchylił wyrok wojewódzkiego sądu administracyjnego i skargę Marii R. oddalił.
NSA przychylił się do takiej interpretacji art. 72 § 1 ordynacji podatkowej – w brzmieniu obowiązującym do czasu jego nowelizacji z 2001 r., zgodnie z którą obowiązek naliczania oprocentowania od nadpłat podatku nie obejmował odsetek za zwłokę. Według NSA nie było podstaw do traktowania odsetek za zwłokę jako elementu nadpłaty, ponieważ przepis ten w swej treści odsyłał do pojęcia podatku, którego definicja zawarta w art. 6 ordynacji podatkowej nie obejmowała odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej. Jednocześnie NSA nie podzielił wyrażonego przez wojewódzki sąd administracyjny poglądu, że nowelizacja art. 72 § 1 ordynacji podatkowej miała charakter wyjaśniający. W opinii NSA nowelizacja ta wprowadziła nowość normatywną, co oznacza że dopiero od dnia jej wejścia w życie, podatnikom przysługuje oprocentowanie od nienależnie uiszczonych odsetek za zwłokę.
Według skarżących zgodnie z konstytucją każdy ma prawo do wynagrodzenia za szkodę, jaka została mu wyrządzona przez niezgodne z prawem działanie organu władzy publicznej. Ponadto prawo do zwrotu nadpłaty wraz z prawem do zapłaty oprocentowania od całej kwoty pobranego nienależnie świadczenia jest rodzajem roszczenia o zwrot oprocentowania od całej kwoty pobranego nienależnie świadczenia. Równe traktowanie obywateli zgodnie z konstytucją powinno spowodować, że jako nadpłatę powinny być także potraktowane odsetki za zwłokę, a właściwie kwoty zaliczone błędnie na poczet odsetek za zwłokę.
W dniu 21 lipca 2010 r. o godz. 8.30 Trybunał Konstytucyjny na podstawie art. 59 ust. 2 ustawy z 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym oraz § 48 Uchwały Zgromadzenia Ogólnego Sędziów Trybunału Konstytucyjnego z 3 października 2006 r. w sprawie Regulaminu Trybunału Konstytucyjnego ogłosił wyrok wydany na posiedzeniu niejawnym w sprawie połączonych skarg konstytucyjnych Marii R. i Gabriela R. dotyczących nadpłaty podatku. Zadaniem TK było rozstrzygnięcie w sprawie zgodności art. 29 ust. 1, ust. 2 i ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 roku o zobowiązaniach podatkowych, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 1997 roku w związku z art. 330 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacji podatkowej, art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku – Ordynacja podatkowa, w brzmieniu obowiązującym do dnia 4 czerwca 2001 roku, art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku – Ordynacja podatkowa, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2002 roku, art. 78 § 1 i § 3 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku – Ordynacja podatkowa, w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2003 r. z art. 77 ust. 1, art. 64 ust. 1 i ust. 2, art. 32, art. 31 ust. 3 w związku z art. 2 konstytucji.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa w brzmieniu obowiązującym do 4 czerwca 2001 r., w zakresie, w jakim przepis ten przez uznanie za nadpłatę kwoty nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku z pominięciem kwoty nienależnie zapłaconych odsetek za zwłokę, pozbawia podatnika oprocentowania od kwoty wpłaconej na poczet odsetek za zwłokę od nienależnej zaległości podatkowej uiszczonej na podstawie niezgodnej z prawem decyzji podatkowej, jest niezgodny z art. 77 ust. 1 oraz art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji. W pozostałym zakresie Trybunał umorzył postępowanie.
Zaskarżone przepisy stwarzały stan prawny, w którym podatnikowi, który uiścił nienależną kwotę podatku wraz z naliczonymi odsetkami za zwłokę, w przypadku uchylenia decyzji określającej to świadczenie (w wyniku czego ujawniała się nadpłata), przysługiwało prawo zwrotu nienależnie uiszczonych kwot wraz z oprocentowaniem liczonym jedynie od kwoty należności głównej, tj. kwoty samego podatku. Oprocentowanie, w myśl zakwestionowanych przepisów, nie obejmowało natomiast kwot uiszczonych jako nienależne odsetki za zwłokę.
W ocenie Trybunału Konstytucyjnego trudno doszukać się racjonalnych przesłanek uzasadniających wyłączenie oprocentowania nienależnie uiszczonych odsetek za zwłokę. Odsetki – obok zaległości podatkowej – stanowią element określający wysokość jednego długu podatkowego. Skoro oprocentowanie nadpłaty ma niwelować negatywne skutki ekonomiczne związane z brakiem możliwości dysponowania przez podatnika nienależnie wpłaconymi kwotami, zasadne jest, by oprocentowanie – pełniące funkcję odszkodowawczą – obejmowało zarówno należność główną, jak i naliczone od niej odsetki za zwłokę, z których wierzyciel podatkowy w sposób nieuprawniony korzystał. Oprocentowanie nadpłaty podatku stanowi niewątpliwie naprawienie szkody w zakresie utraconych korzyści. Utrata korzyści związana jest w tym przypadku bezpośrednio z pozbawieniem podatnika możliwości korzystania ze środków pieniężnych, które musiały zostać przez niego wpłacone na poczet zarówno nienależnego podatku jak i odsetek. Gdyby nie obowiązek zapłaty, który ostatecznie okazał się nieistniejący, podatnik mógłby dowolnie dysponować tą kwotą i otrzymywać z tego tytułu przychód. Z tych względów Trybunał Konstytucyjny uznał, że art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 ordynacji podatkowej jest niezgodny z art. 77 ust. 1 konstytucji.
Ponadto, Trybunał Konstytucyjny stwierdził, że ustawodawca, ograniczając definicję nadpłaty jedynie do kwoty podatku, pomijając w niej kwoty zarachowane przez organ podatkowy na poczet odsetek za zwłokę, uniemożliwił de facto podatnikowi realizację wierzytelności o zapłatę kwoty oprocentowania odsetek od rzekomych zaległości, pozbawiając ją ochrony prawnej. Do konstytucyjnej ochrony prawa majątkowego należy także ochrona możliwości realizacji tego prawa. Wobec tego Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 ordynacji podatkowej jest niezgodny z art. 64 ust. 1 konstytucji.
Trybunał Konstytucyjny uznał również, że w rozważanym przypadku brak jest również uzasadnienia ograniczenia praw określonych w art. 64 ust. 1 oraz art. 77 ust. 1 konstytucji w postaci ochrony dobra, sytuującego się wśród praw i wartości wymienionych w art. 31 ust. 3 konstytucji, ze względu na które można byłoby je ograniczyć. Wobec braku wartości, dla której realizacji ustawodawca ograniczył prawo do wynagrodzenia szkody, jaka została wyrządzona przez niezgodne z prawem działanie organu władzy publicznej, oraz prawo do ochrony innego niż własność prawa majątkowego, Trybunał uznał, że analiza dalszych, wskazanych w art. 31 ust. 3 konstytucji, warunków proporcjonalności pozbawiona jest w związku z tym wszelkiego znaczenia. W konsekwencji Trybunał orzekł, że zaskarżony przepis jest niezgodny z art. 77 ust. 1 i art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
W pozostałym zakresie Trybunał Konstytucyjny umorzył postępowanie ze względu na zbędność wyrokowania. Trybunał uznał, że cel postępowania, jakim jest wyeliminowanie z porządku prawnego niekonstytucyjnej normy, został osiągnięty, w związku ze stwierdzeniem niekonstytucyjności zakwestionowanych przepisów z art. 77 ust. 1 i art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
