Do Naczelnego Sądu Administracyjnego zaskarżono wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach. Jednakże Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalił zażalenie spółki z.o.o na decyzję dyrektora Izby Celnej w Katowicach w przedmiocie prawa podatkowego. Dyrektor Izby Celnej zaskarżoną decyzją, utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Celnego w Bielsku-Białej, uznające stanowisko zawarte w zapytaniu spółki za nieprawidłowe. Spółka zwróciła się z wnioskiem o udzielenie pisemnej interpretacji zastosowania przepisu dotyczącego obowiązku uzgadniania z naczelnikiem urzędu celnego wzoru oraz sposobu prowadzenia ewidencji nabywanych wyrobów akcyzowych. Według spółki obowiązek ten został nałożony bez upoważnienia ustawowego. Ponadto stwierdziła, że kwestionowany przepis rozporządzenia Ministra Finansów jest na tyle niejasny, że nie ma możliwości prawidłowego stosowania. Naczelnik Urzędu Celnego nie zgodził się z taką argumentacją i uznał stanowisko spółki na nieprawidłowe.
Według pytającego Naczelnego Sądu Administracyjnego Minister Finansów w rozporządzeniu nałożył na podatników podatku akcyzowego nowe obowiązki. W upoważnieniu do wydania rozporządzenia zawartego w ustawie o podatku akcyzowym nie nałożono na podatnika obowiązku uzgodnienia z naczelnikiem urzędu celnego sposobu prowadzenia ewidencji i konieczności uzyskiwania pisemnego zatwierdzenia ewidencji. W związku z tym NSA powziął wątpliwości, czy rozporządzenie jest zgodne z powyższą ustawą i konstytucją.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że par. 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 6 kwietnia 2004 r. w sprawie wzoru zgłoszenia o planowanym nabyciu wewnątrzwspólnotowym, wzoru deklaracji uproszczonej oraz sposobu prowadzenia ewidencji nabywanych wyrobów akcyzowych jest zgodny z art. 55 ust. 3 ustawy z dnia 23 stycznia 2004 r. o podatku akcyzowym i art. 92 ust. 1 konstytucji oraz z art. 2 i art. 217 konstytucji.
Zgodnie z art. 55 ust. 3 ustawy o podatku akcyzowym Minister Finansów został upoważniony do określenia w drodze rozporządzenia m.in. sposobu prowadzenia ewidencji wyrobów akcyzowych zharmonizowanych. Zakwestionowany w pytaniu prawnym par. 8 rozporządzenia Ministra Finansów wprowadził obowiązek uzgodnienia, a następnie pisemnego zatwierdzenia przez naczelnika urzędu celnego wzoru ewidencji, czyli sposobu jej prowadzenia oraz – w przypadku stosowania elektronicznego przetwarzania danych, o którym mowa w par. 7 rozporządzenia – programu komputerowego. Trybunał Konstytucyjny podkreślił, że sposób prowadzenia ewidencji to nie tylko elementy statyczne, które ewidencja ta powinna zawierać oraz forma jej prowadzenia, ale również określony tryb postępowania gwarantujący jej formalną poprawność. Nie można, zatem uznać, że par. 8 rozporządzenia nakładał na podatnika dodatkowe obowiązki niezwiązane ze sposobem prowadzenia ewidencji, a rozporządzenie wykroczyło poza granice upoważnienia zawartego w art. 55 ust. 3 ustawy o podatku akcyzowym.
Trybunał nie zgodził się ze stanowiskiem sądu pytającego, że zaskarżony przepis par. 8 rozporządzenia był niejasny i wieloznaczny, a podatnik nie mógł przewidzieć konsekwencji prawnych swojego zachowania. Trybunał uznał, że skoro rozporządzenie Ministra Finansów określiło dokładnie elementy, które ewidencja powinna zawierać oraz dwie formy jej prowadzenia rola naczelnika urzędu celnego sprowadzała się jedynie do sprawdzenia czy przedstawiony wzór ewidencji zawiera wszystkie wymagane prawem elementy. Eliminacja nieprawidłowości przed przystąpieniem do prowadzenia ewidencji, chroniła podatników przed ewentualnymi konsekwencjami wynikającymi ze stwierdzenia tych nieprawidłowości w toku wykonywania przez organ podatkowy czynności w ramach kontroli podatkowej.
