Zgodnie z nowymi przepisami, nie będzie można stosować preferencyjnej 7% stawki podatku VAT na odzież, dodatki odzieżowe dla niemowląt oraz buciki dziecięce. Jest to zgodne z przepisami unijnymi. Stawka ta ma wzrosnąć do 23%. Istotną zmianą jest również propozycja zwolnienia z obowiązku składania zabezpieczenia kwoty podatku dla podmiotów rozliczających podatek w imporcie. Rozwiązanie to jest korzystne dla importerów. Równocześnie, w celu zabezpieczenia interesów budżetu państwa, nowy przepis wprowadza obowiązek przedstawienia organowi celnemu dokumentów potwierdzających rozliczenie kwoty podatku należnego z tytułu importu w deklaracji podatkowej w ciągu 4 miesięcy po miesiącu, w którym obowiązek podatkowy powstał. W sytuacji, gdy zostanie niedotrzymany termin – podatnik straci prawo do odliczenia podatku z tytułu importu towarów w deklaracji podatkowej w odniesieniu np. do kwoty, którą miał rozliczyć w deklaracji oraz będzie musiał uiścić podatek wraz z odsetkami.
Wprowadzono również nowe zasady dotyczące rozliczania podatku w obrocie surowcami wtórnymi i złomem oraz prawami do emisji gazów cieplarnianych. W tych przypadkach obowiązek podatkowy został przeniesiony ze sprzedawcy na nabywcę. Nabywcom i usługodawcom będzie przysługiwać prawo do odliczenia podatku jako podatku naliczonego na ogólnych zasadach, który z powodu dokonania na ich rzecz dostawy lub świadczenia usług byłby dla nich podatkiem należnym. Takie rozwiązania są zgodne z prawem unijnym. Ponadto przepisy te będą służyć zwalczaniu nadużyć finansowych w sektorze handlu uprawnieniami do emisji gazów cieplarniach. Zgodnie z nowym prawem, to usługobiorca stanie się odpowiedzialny za zapłatę podatku VAT i praktycznie będzie deklarował i odliczał ten podatek.
W projekcie nowelizacji ustawy wyraźnie wskazano podatnika przy czynnościach wykonywanych przez podatników nieposiadających siedziby, miejsca zamieszkania lub stałego prowadzenia działalności na terytorium kraju. Zgodnie z nowym prawem, w tych sytuacjach podatek będzie zawsze rozliczał nabywca usługi lub nabywca towaru. Wprowadzono także przepisy na podstawie, których odstępuje się od zakazu odliczania podatku naliczonego w przypadku importu usług, gdy zapłata dokonywana będzie na rzecz podmiotów mających swą siedzibę, miejsce zamieszkania lub zarząd w tzw. rajach podatkowych. Jest to zgodne z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości UE, który uznał obecnie obowiązujące przepisy za niezgodne z prawem unijnym.
Ponadto, nowe przepisy obejmą procedury dotyczące przejścia przez rolnika ryczałtowego na rozliczanie podatku według zasad ogólnych. Odstąpiono w tym wypadku od warunku, jakim jest prowadzenie ewidencji obrotów. Przejście takie będzie możliwe po dokonaniu przez rolnika zgłoszenia rejestracyjnego.
Zaproponowano także rozszerzenie możliwości stosowania stawki zerowej VAT na dostawy oraz import środków transportu lotniczego używanych przez przewoźników lotniczych wykonujących przewozy w transporcie międzynarodowym, niezależnie od masy samolotu. W określeniu tej stawki będzie brana pod uwagę całość działalności przewoźnika, a nie tylko przewozy wykonywane określonym środkiem transportu lotniczego. Przepisy projektowanej nowelizacji ustawy zakładają, że podatnicy zarejestrowani jako podatnicy VAT UE nie będą musieli składać deklaracji podatkowych za okresy rozliczeniowe, w których zawiesili wykonywanie działalności gospodarczej.
