W aktualnie obowiązującym stanie prawnym, przepisów ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznym nie stosuje się do przychodów z działalności rolniczej, z wyjątkiem przychodów z działów specjalnych produkcji rolnej. Do działów specjalnych produkcji rolnej zalicza się: uprawy w szklarniach i ogrzewanych tunelach foliowych, uprawy grzybów i ich grzybni, uprawy „in vitro”, fermową hodowlę i chów drobiu rzeźnego i nieśnego, wylęgarnie drobiu, hodowlę i chów zwierząt futerkowych i laboratoryjnych, hodowlę dżdżownic, entomofagów, jedwabników, prowadzenie pasiek oraz hodowlę i chów innych zwierząt poza gospodarstwem rolnym. Nie stanowią działów specjalnych produkcji rolnej uprawy, hodowla i chów zwierząt w rozmiarach nieprzekraczających wielkości określonych w załączniku nr 2 do ustawy. Oznacza to, że dochody z prowadzonych upraw, chowu i hodowli w rozmiarach nieprzekraczających tych wielkości nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym. Jeżeli natomiast rozmiary działów specjalnych produkcji rolnej przekraczają wielkości określone w załączniku nr 2 do ustawy, opodatkowaniu podlegają dochody uzyskane w roku podatkowym z całej powierzchni upraw lub wszystkich jednostek produkcji.
U osób fizycznych prowadzących działy specjalne produkcji rolnej dochód z tego źródła może być ustalany na podstawie ksiąg podatkowych lub przy zastosowaniu norm szacunkowych dochodu z określonej powierzchni upraw lub jednostki produkcji zwierzęcej. Jeżeli w roku poprzedzającym rok podatkowy przychody z działów specjalnych wyniosły, co najmniej równowartość 1.200 000 euro, osoby fizyczne osiągające te przychody są obowiązane do prowadzenia ksiąg rachunkowych. U tych podatników za dochód z działów specjalnych uważa się dochód wykazany na podstawie prawidłowo prowadzonych ksiąg, zmniejszony o dochody wolne od podatku i zwiększony o wydatki nie stanowiące kosztów uzyskania przychodów, zaliczone uprzednio w ciężar kosztów uzyskania przychodów. Natomiast w przypadku, gdy przychody z działów specjalnych za poprzedni rok podatkowy wyniosły mniej niż równowartość 1.200.000 euro, to wówczas podatnik może wybrać sposób ustalania dochodu z tego źródła: na podstawie zaprowadzonej podatkowej księgi przychodów i rozchodów albo przy zastosowaniu norm szacunkowych dochodu.
Jeśli podatnik nie prowadzi ksiąg podatkowych, dochód z działów specjalnych produkcji rolnej ustala się przy zastosowaniu norm szacunkowych dochodu. Normy szacunkowe dochodu dla poszczególnych rodzajów działów specjalnych określa załącznik nr 2 do ustawy. Podstawę opodatkowania, określaną przy zastosowaniu norm szacunkowych dochodu, stanowi dochód wynikający z iloczynu właściwej dla danego rodzaju produkcji działu specjalnego normy szacunkowej dochodu i ilości jednostek produkcji, których ta norma dotyczy.
Osoby fizyczne, osiągające dochody z działów specjalnych produkcji rolnej, są obowiązane składać w terminie do dnia 30 listopada roku poprzedzającego rok podatkowy urzędowi skarbowemu deklarację według ustalonego wzoru o rodzajach i rozmiarach zamierzonej produkcji w roku następnym. Jeżeli dochód z działów specjalnych jest ustalany na podstawie ksiąg, podatnicy w składanej w urzędzie skarbowym deklaracji, określają również wysokość przewidywanego dochodu w roku następnym. Osoby te są również obowiązane zawiadomić właściwego naczelnika urzędu skarbowego o zaistnieniu zmian w prowadzonej produkcji w stosunku do podanej w deklaracji, zaprzestaniu w ciągu roku eksploatacji obiektów umożliwiających całoroczny cykl produkcji, a w przypadku rozpoczęcia w ciągu roku prowadzenia działów specjalnych produkcji rolnej, oprócz zawiadomienia o rozpoczęciu
prowadzenia tej działalności składają również deklaracje o rodzajach i rozmiarach zamierzonej produkcji w tym roku. Podatnicy mają obowiązek wpłacać do kasy lub na rachunek urzędu skarbowego zaliczki miesięczne na podatek dochodowy w wysokości ustalonej decyzją naczelnika urzędu skarbowego obniżone o kwotę składki na ubezpieczenie zdrowotne opłaconej w tym
miesiącu. Zaliczki miesięczne za okres od stycznia do listopada uiszcza się w terminie do dnia
20 każdego miesiąca za miesiąc poprzedni. Zaliczkę za grudzień uiszcza się w terminie do
dnia 20 grudnia.
Po zakończeniu roku podatkowego podatnicy są obowiązani składać urzędom skarbowym zeznanie, według ustalonego wzoru, o wysokości osiągniętego łącznego dochodu (poniesionej straty) w roku podatkowym, w terminie do dnia 30 kwietnia roku następującego po roku podatkowym, a także wpłacić różnicę między podatkiem należnym od dochodu wynikającego z zeznania, a sumą należnych za dany rok zaliczek. Jest to zeznanie PIT-36 lub PIT-36L jeżeli podatnik, który dochód z działów specjalnych produkcji rolnej ustalał na podstawie ksiąg, wybrał opodatkowanie według 19% stawki podatku.
Ponieważ ustalanie dochodu z działów specjalnych produkcji rolnej przy zastosowaniu norm szacunkowych nie wiąże się z rzeczywistym dochodem czy też przychodem osiąganym z tej działalności, a w konsekwencji nie oddaje również rzeczywistych rozmiarów tej działalności, zaproponowano odejście od tego sposobu ustalania dochodu z działów specjalnych produkcji rolnej.
Przepisy projektu wprowadzają generalną zasadę zgodnie, z którą dochód z działów specjalnych produkcji rolnej ustalany będzie na podstawie rzeczywistych dochodów przy zastosowaniu ksiąg rachunkowych lub podatkowej księgi przychodów i rozchodów, tak jak przy prowadzeniu działalności gospodarczej. Już w aktualnym stanie prawnym podatnicy prowadzący działy specjalne produkcji rolnej i prowadzący podatkową księgę przychodów i rozchodów lub księgi rachunkowe ustalają przychody, koszty ich uzyskania uwzględniające odpisy amortyzacyjne, straty z lat ubiegłych, tak jak w działalności gospodarczej. W projekcie ustawy zaproponowano dalsze zrównanie zasad opodatkowania działów specjalnych produkcji rolnej z działalnością gospodarczą. W tym celu proponuje się umożliwienie dokonywania odliczenia od dochodów wydatków na nabycie nowych technologii, wybór kwartalnego sposobu wpłacania zaliczek i uproszczonego sposobu wpłacania zaliczek na podatek dochodowy, jednorazowe odpisy amortyzacyjne do wysokości 100 tys. euro. w latach 2009-2010. Natomiast od 2011 r. kwota odpisów wróci do poziomu 50 tys. euro. W związku z powyższym, w projekcie proponuje się zmiany, które mają charakter doprecyzowujący i polegają na wyraźnym wskazaniu, że przy opodatkowaniu działów specjalnych produkcji rolnej stosuje się takie same zasady jak przy opodatkowaniu dochodów z działalności gospodarczej np. w zakresie kosztów uzyskania przychodów i odpisów amortyzacyjnych.
Dodatkowo w projekcie ustawy zaproponowano na zasadzie wyboru, wprowadzenie możliwości opodatkowania przychodów z działów specjalnych produkcji rolnej ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych na podstawie przepisów ustawy z dnia 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne. Objęcie podatników prowadzących działy specjalne produkcji rolnej opodatkowaniem w formie ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych oznacza, że prawo do zryczałtowanej formy opodatkowania ograniczone będzie limitem przychodów ustalonym w ustawie o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne. Obecnie jest to 150.000 euro.
Opodatkowanie ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych podatnicy prowadzący działy specjalne produkcji rolnej będą wybierali składając stosowne oświadczenie. Opodatkowaniu podlegał będzie przychód, bez potrącania kosztów jego uzyskania wykazany w prowadzonej ewidencji przychodów. Po zakończeniu roku podatkowego, podatnicy obowiązani będą do złożenia zeznania rocznego. Zaproponowano, aby stawka ryczałtu wynosiła 5,5% przychodów z działów specjalnych produkcji rolnej. Fakultatywny charakter opodatkowania ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych oznacza, że podatnicy prowadzący działy specjalne produkcji rolnej nadal zachowują prawo do ustalania dochodu z tego tytułu na podstawie prowadzonych ksiąg podatkowych i uiszczania podatku na ogólnych zasadach według progresywnej skali podatkowej lub według 19% stawki podatku.
