Sprawa trafiła w końcu do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który wyrok WSA uchylił. Stwierdził przy tym, iż:
Nie może być […] wątpliwości co do tego, że używanemu w obrębie jednego aktu normatywnego zwrotowi (pojęciu) nie należy nadawać odmiennych znaczeń. Brak jest zatem podstaw do twierdzenia, że "rażące naruszenie prawa" w rozumieniu art. 14 b § 5 pkt 2 Ord. pod. (w brzmieniu obowiązującym do dnia 30 czerwca 2007 r.) oznaczało innego rodzaju naruszenia prawa niż wskazane w art. 234 i art. 247 § 1 pkt 3 tej ustawy.
Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 stycznia 2009 roku, sygn. akt II FSK 794/08
Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie, bowiem znalazł potwierdzenie sformułowany w niej zarzut naruszenia art. 14 b § 5 pkt 2 Ord. pod. w brzmieniu obowiązującym przed 1 lipca 2007 r. Przepis ten tworzył umocowanie dla zmiany lub uchylenia z urzędu postanowienia zawierającego interpretację co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego, jeżeli rażąco naruszało ono prawo, orzecznictwo trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, w tym także jeżeli niezgodność z prawem była wynikiem zmiany przepisów.
Zdaniem sądu administracyjnego pierwszej instancji, rażące naruszenie prawa, o którym mowa, należy utożsamiać z "naruszeniem postanowieniem przepisu prawa, poprzez niezastosowanie lub niewłaściwe zastosowanie przepisów prawa, jak również interpretowanie przepisu w sposób sprzeczny z orzecznictwem Trybunału Konstytucyjnego lub orzecznictwem ETS" – tak wynikało z uzasadnienia zaskarżonego wyroku. Oznaczało to zrównanie pojęcie "rażącego naruszenia prawa" z jego "zwykłym" naruszeniem. Nietrudno zauważyć, że zaprezentowana teza zrównuje pojęcie rażącego naruszenia prawa z jego zwykłym naruszeniem, odnoszonym ponadto do błędu w postaci niezastosowania lub niewłaściwego zastosowania jakiegoś przepisu. Pomijając już fakt, że w przypadku wydania interpretacji przepisów prawa podatkowego, właściwy organ nie stosuje prawa, a jedynie ocenia sposób jego rozumienia przez wnioskodawcę, trzeba uwypuklić, że podejście to czyni zbędnym użycie przez ustawodawcę słowa "rażące".
Skoro bowiem "rażące naruszenie prawa" łączyłoby się z jakimkolwiek naruszeniem prawa, wspomniane słowo pozbawione byłoby prawnego desygnatu. Tymczasem właśnie to słowo, zgodnie z utrwalonymi już ustaleniami doktryny i orzecznictwa sądowego, wskazuje na kwalifikowany charakter naruszenia prawa, uzależniając od spełnienia tej przesłanki możliwość uruchomienia określonych działań, np. wyeliminowania z obrotu prawnego decyzji ostatecznej w trybie nadzwyczajnym. Nie może być również wątpliwości, co do tego, że używanemu w obrębie jednego aktu normatywnego zwrotowi nie należy nadawać odmiennych znaczeń. Brak jest zatem podstaw do twierdzenia, że "rażące naruszenie prawa" w rozumieniu art. 14 b § 5 pkt 2 Ordynacji podatkowej – w brzmieniu obowiązującym do dnia 30 czerwca 2007 r. oznaczało innego rodzaju naruszenia prawa niż wskazane w art. 234 i art. 247 § 1 pkt 3 tej ustawy. Doszukiwanie się takich różnic nie znajduje prawnego uzasadnienia, gdyż także w przypadku interpretacji przepisów prawa podatkowego, ustawodawca musi liczyć się z potrzebą zapewnienia niezbędnej ochrony wnioskodawcy, który uzyskał satysfakcjonujące go stanowisko właściwego organu. Uzależniając możliwość korekty wydanej interpretacji od spełnienia przesłanki rażącego, a więc kwalifikowanego naruszenia prawa, przyznał on wnioskodawcy wyższy stopień ochrony niż realizowana pod rządami znowelizowanej Ordynacji podatkowej. Nie wnikając w kwestię założeń polityki prawa, tj. preferencji chronionych przez ustawę wartości, należy podnieść, że z faktem posłużenia się w niej utrwalonym w terminologii prawnej pojęciem, łączą się określone konsekwencje, w rozważanym przypadku – zaostrzone wymagania co do możliwości zmiany lub uchylenia wydanej interpretacji.
Z uwagi na wspomniane naruszenie prawa – art. 14 b § 5 pkt 2 Ord. pod., bezprzedmiotowe stało się rozpatrywanie innych zarzutów skargi kasacyjnej. Przyznanie przez sąd administracyjny pierwszej instancji, że wskazane w zaskarżonym do niego akcie naruszenie prawa "nie mieści się w omawianym pojęciu -rażącego naruszenia prawa-" – nie odpowiada konstrukcji kojarzonej powszechnie z analizowanym określeniem, dowodzi, że zaskarżona do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu decyzja została podjęta z pogwałceniem obowiązującego trybu dokonywanej z urzędu korekty interpretacji.
