Zasadą jest, że podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, o czym stanowi art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i ludzi (tekst jedn. Dz.U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054, z późn. zm., dalej: ustawa o VAT).
Oznacza to, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje tylko czynnym podatnikom VAT oraz tylko w przypadku, gdy dokonywane zakupy mają związek z transakcjami opodatkowanymi podatnika, tj. których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).
Podatnik nie może zatem dokonać obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z usługami i towarami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.
Jeśli u podatnika występuje niedobór towarów, nabyte towary nie będą wykorzystane do czynności opodatkowanych, a jest to warunek konieczny do dokonania odliczenia. Powstaje w związku z tym pytanie, czy podatnik powinien dokonać korekty podatku. Należy w takim wypadku odróżnić dwie sytuacje:
• gdy niedobory powstały z winy podatnika,
• gdy niedobory w towarach są niezawinione.
Niedobory zawinione są to niedobory, które powstały na skutek niedopełnienia obowiązków przez osobę materialnie odpowiedzialną za powierzone jej mienie. Natomiast niedobory niezawinione to te, które powstały z przyczyn niezależnych od osób materialnie odpowiedzialnych. Niedobory te mogą powstać na skutek zdarzeń losowych np.: pożaru, kradzieży, powodzi, zalania, jak również wskutek transportu, braku prądu, złych warunków przechowywania itp. Są to przyczyny, na które osoba materialnie odpowiedzialna nie miała żadnego wpływu.
Jeżeli podatnik dołożył należytej staranności, aby uniknąć niedoborów, a mimo to one powstały w takiej sytuacji utrata towaru następuje z przyczyn niezależnych od podatnika. W takim wypadku podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT naliczonego i nie musi dokonywać korekty odliczonego podatku. Pogląd ten znajduje potwierdzenie zarówno w interpretacjach podatkowych, jak i w orzecznictwie sądowym. Np. w interpretacji podatkowej z dnia 30 lipca 2010 r. (ILPP1/443-536/10-4/MK) Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu powołał się na wyrok Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (sygn. akt C-37/95), w którym Trybunał stwierdził, że w sytuacji kiedy nabycie towarów i usług zostało poczynione z zamiarem wykorzystania ich do działalności opodatkowanej, ale z powodów pozostających poza kontrolą podatnika, nie wykorzystał on nabytych towarów i usług w prowadzeniu tej działalności, prawo podatnika do odliczenia podatku VAT zostaje zachowane.
Oznacza to zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu, że w sytuacji, gdy zakup danego towaru przez podatnika jest dokonany z zamiarem wykorzystania tego towaru do działalności opodatkowanej VAT, to pomimo utraty danego towaru z przyczyn od niego niezależnych, tj. w sposób niezawiniony, czy jak to określił ETS „z powodów pozostających poza kontrolą podatnika”, jego prawo do odliczenia w związku z w/w nabyciem zostaje zachowane, a tym samym nie ma podstaw do dokonywania korekt odliczonego podatku.
Na zasadzie przeciwieństwa natomiast, w sytuacji, gdy z przyczyn od podatnika zależnych, w tym przypadku w wyniku niedoborów zawinionych nie dochodzi do wykorzystania nabytych towarów do działalności opodatkowanej, prawo podatnika do odliczenia zostaje utracone. W takiej sytuacji odliczona kwota podatku z tytułu nabycia towarów, które ostatecznie nie zostały wykorzystane do działalności opodatkowanej powinna być skorygowana – stwierdził Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu.
W wyroku z dnia z dnia 3 lutego 2011 r., sygn. akt I SA/Po 918/10 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu stwierdził, że podatnik mógł być zobowiązany do dokonania stosownej korekty podatku, ponieważ sporne towary uznane zostały za niedobory zawinione. W takim przypadku towary te niewątpliwie bowiem nie zostały wykorzystane do działalności gospodarczej, w związku z czym nie towarzyszyło im prawo do potrącenia towarzyszącego im podatku naliczonego, gdyż post factum zmianie uległ ich charakter (przeznaczenie). Jednocześnie jednak WSA w Poznaniu podkreślił, że uwaga ta nie dotyczy niedoborów niezawinionych, ponieważ z brzmienia przepisu art. 185 ust. 2 Dyrektywy 112 r. wynika, że nie powodują konieczności korekty udowodnione albo potwierdzone przypadki zniszczenia, utraty lub kradzieży własności (składników majątku).
Należy też podkreślić, że niedobory muszą być przez podatnika we właściwy sposób udokumentowane, aby można było stwierdzić, czy są to niedobory zawinione, czy też nie. Jest to bowiem niezbędne do ustalenia, czy podatnik musi dokonać korekty podatku, czy też nie.
