W konsekwencji, nadanie art. 21 ust. 1 pkt 90 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych nowego brzmienia przez art. 2 nowelizacji nie zmieniło zakresu omawianego zwolnienia. W związku z wejściem w życie przepisów nowelizacji, odrębnymi przepisami, do których odsyła art. 21 ust. 1 pkt 90 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych są w szczególności przepisy rozporządzenia Ministra Edukacji Narodowej oraz Ministra Pracy i Polityki Socjalnej z dnia 12 października 1993 r. w sprawie zasad i warunków podnoszenia kwalifikacji zawodowych i wykształcenia ogólnego dorosłych, obowiązujące na mocy art. 3 nowelizacji, jak i art. 1033 Kodeksu pracy.
Zgodnie z art. 3 nowelizacji, do pracowników, którzy rozpoczęli podnoszenie kwalifikacji zawodowych przed dniem wejścia w życie nowelizacji, tj. przed dniem 16 lipca 2010 r., należy stosować przepisy regulujące zasady i warunki podnoszenia kwalifikacji zawodowych przez pracowników obowiązujące przed dniem 11 kwietnia 2010 r., czyli przepisy ww. rozporządzenia Ministra Edukacji Narodowej oraz Ministra Pracy i Polityki Socjalnej z dnia 12 października 1993 r. Natomiast, jak stanowi art. 102 Kodeksu pracy, kwalifikacje zawodowe pracowników, wymagane do wykonywania pracy określonego rodzaju lub na określonym stanowisku, są ustalane w przepisach wewnątrzzakładowych – np. w układzie zbiorowym pracy lub w przepisach szczególnych. Biorąc powyższe pod uwagę, to pracodawca – co do zasady – określa, jakich kwalifikacji zawodowych oczekuje od pracownika przy wykonywaniu pracy określonego rodzaju lub na danym stanowisku. Oznacza to, że w pojęciu kwalifikacji zawodowych mogą zawierać się m.in. wymagania dotyczące posiadania wiedzy ogólnej przez pracownika. Przyznanie przez pracodawcę dodatkowych świadczeń na podstawie art. 1033 Kodeksu pracy – np. w postaci pokrycia opłaty za kształcenie, przejazd, podręczniki i zakwaterowanie – oznacza, że są one przyznane pracownikowi na podstawie odrębnych przepisów.
„Odrębnymi przepisami” dotyczącymi podnoszenia kwalifikacji zawodowych, o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 90 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, nie jest natomiast art. 1036 Kodeksu pracy, ponieważ przepis ten nie tylko nie przewiduje możliwości przyznania pracownikowi płatnych świadczeń, ale – przede wszystkim – nie dotyczy pracowników podnoszących kwalifikacje zawodowe w rozumieniu Kodeksu pracy.
W konsekwencji, świadczenia przyznane na podstawie tej regulacji nie mieszczą się w zakresie zwolnienia określonego w art. 21 ust. 1 pkt 90 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
