Postępowanie kontrolne zakończono wydaniem dwudziestu dziewięciu decyzji w kwestii zobowiązań podatkowych, na podstawie których wydano tytuły wykonawcze i nakazano ich egzekucję. W związku z tym skarżąca spółka została poinformowana, że zajęcie zabezpieczające wierzytelności z rachunku bankowego przekształciło się w zajęcie egzekucyjne. Na jego podstawie wyegzekwowano w całości zaległości podatkowe wraz z odsetkami. Skarżąca spółka wniosła zarzuty w sprawie egzekucji. Przed rozpatrzeniem tych zarzutów organ egzekucyjny na wniosek wierzyciela wydał postanowienia w sprawie umorzenia administracyjnego postępowania egzekucyjnego, uchylenia czynności egzekucyjnych oraz umorzenia postępowania dotyczącego zajęcia przez wierzyciela stanowiska w przedmiocie zgłoszonych przez skarżącą spółkę zarzutów. Ta wniosła zażalenie na wszystkie trzy postanowienia w efekcie czego zostały one w całości uchylone, a rozpatrywana sprawa została przekazana organowi I instancji do ponownego rozstrzygnięcia. W wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy naczelnik urzędu skarbowego w charakterze organu egzekucyjnego uznał za nieuzasadnione zarzuty zgłoszone przez skarżącą spółkę. Dyrektor izby skarbowej utrzymał w mocy to postanowienie. WSA i NSA podzieliły opinię dyrektora izby skarbowej.
Według skarżącej spółki kwestionowany przepis narusza prawo do równego opodatkowania poprzez nieuzasadnione doprowadzenie do zróżnicowania okresów nienaliczania odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych, uzależniając okresy nienaliczania odsetek za zwłokę od rodzaju organu administracji prowadzącego postępowanie i rodzaju postępowania, a tym samym doprowadzając do zawyżenia wysokości odsetek za zwłokę. Ponadto narusza prawo do równej ochrony własności i innych praw majątkowych poprzez zwiększenie uszczuplenia majątku podatnika zobowiązanego do zapłaty odsetek za zwłokę obliczonych bez uwzględniania okresów ich nienaliczania – podkreśla skarżąca spółka.
Zakwestionowana regulacja w ocenie skarżącej spółki narusza zasadę równości w ten sposób, że podmioty mające wspólną cechę istotną zostali zróżnicowani według nieadekwatnego kryterium, jakim był rodzaj organu wszczynającego i prowadzącego postępowanie oraz rodzaj tego postępowania w sytuacji, gdy wszczęcie oraz prowadzenie postępowania kontrolnego czy też postępowania podatkowego jest wynikiem arbitralnej i przypadkowej decyzji administracji skarbowej i podatnik na taki stan rzeczy nie ma żadnego wpływu.
W opinii skarżącej spółki kwestionowany przepis narusza również zasadę sprawiedliwości społecznej poprzez niesprawiedliwe zróżnicowanie sytuacji podatników. W stosunku do jednych z nich wyłączone są okresy nienaliczania odsetek za zwłokę, a w stosunku do innych, którzy także posiadają zaległości podatkowe, ale z powodu poddania ich innej procedurze, prowadzonej przez inny organ administracji podatkowej, nie nalicza się odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych.
Zakwestionowana regulacja narusza zasadę zaufania do organów państwa poprzez doprowadzenie do powstania nieuzasadnionych korzyści dla wierzyciela podatkowego oraz doprowadzenie do sytuacji, w której niektóre podmioty pozostają w wydłużającym się stanie niepewności co do wysokości należności podatkowych wyrażających się w odsetkach za zwłokę. Jest ona także sprzeczna z zasadą proporcjonalności gdyż ogranicza prawa i wolności konstytucyjne w postaci prawa do równego opodatkowania oraz prawa do równej ochrony własności i innych praw majątkowych, poprzez dobór środków i metod, które są nieadekwatne oraz zbyt uciążliwe w stosunku do celu, który zamierza się osiągnąć.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych, w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 konstytucji. Trybunał umorzył postępowanie ze względu na niedopuszczalność wydania wyroku.
W rozpoznanej sprawie zarzut niekonstytucyjnej ingerencji w prawa majątkowe skarżącej spółki dotyczył nie samego nałożenia podatku, lecz nałożenia obciążeń dodatkowych, wykraczających poza granice podatku. Trybunał stwierdził, że choć środki pieniężne zgromadzone na rachunku bankowym nie stanowią, w rozumieniu prawa cywilnego, własności posiadacza rachunku, to jednak – zgodnie z art. 726 Kodeksu cywilnego – na każde jego żądanie – bank ma obowiązek ich zwrotu, w całości lub w części. Oznacza to, że posiadaczowi rachunku przysługuje wobec banku wierzytelność, będąca niewątpliwie prawem majątkowym, objętym zakresem art. 64 konstytucji. Znajduje to pełne potwierdzenie w przepisach prawa publicznego, które zajęcie rachunków bankowych dłużnika traktują jako zabezpieczenie równoznaczne z zajęciem innych przysługujących mu praw majątkowych.
Trybunał wskazał, że przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłokę także za okres zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego na mieniu podatnika, oraz za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za wymienione okresy naliczane.
Ponadto, Trybunał zauważył, że zróżnicowanie sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ dokonuje weryfikacji, stawiało w gorszej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej, pozbawiając ich prawa nienaliczania odsetek za okres trwającego na ich majątku zabezpieczenia zobowiązania podatkowego. Trybunał uznał to zróżnicowanie za nieuzasadnione i arbitralne. Nie jest ono uzasadnione koniecznością realizacji ważnego interesu publicznego.
Trybunał Konstytucyjny uznał za uzasadniony interes publiczny egzekwowanie danin publicznych przez administrację podatkową za pomocą środków przewidzianych przez prawo. Zwraca jednak uwagę, że realizacja celu, jakim jest pobranie podatku, nie może przy okazji naruszać innych wartości konstytucyjnych.