Zgodnie z treścią art. 112 w/w aktu prawnego, podatnicy są obowiązani przechowywać ewidencje prowadzone dla celów rozliczania podatku oraz wszystkie dokumenty, w szczególności faktury, związane z tym rozliczaniem do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej, zobowiązania podatkowe, co do zasady, przedawniają się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Pamiętać jednak należy, że ordynacja przewiduje przypadki, w których bieg terminów przedawnienia ulega zawieszeniu albo przerwaniu. W takich sytuacjach termin przedawnienia będzie inny niż zazwyczaj (5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku), a w związku z tym również termin przechowywania dokumentów będzie dłuższy.
Od 1 stycznia 2014 r. sprecyzowano obowiązek przechowywania faktur. Od tej pory podatnicy przechowują:
- wystawione przez siebie lub w swoim imieniu faktury, w tym faktury wystawione ponownie,
- otrzymane faktury, w tym faktury wystawione ponownie – w podziale na okresy rozliczeniowe, w sposób zapewniający łatwe ich odszukanie oraz autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia lub otrzymania do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Wg A. Bartosiewicza „Faktury – zarówno zakupowe, jak i sprzedażowe – mają być przechowywane w podziale na okresy rozliczeniowe. Powinny to być te okresy rozliczeniowe, które w danym momencie (w którym zostały otrzymane) stosował dany podatnik (albo miesiąc, albo kwartał). Przechowywanie w podziale na okresy rozliczeniowe, w przypadku faktur papierowych, będzie oznaczać, że faktury dotyczące danego okresu rozliczeniowego będą przechowywane razem i wyraźnie oddzielone od faktur z innego okresu (będą przechowywane w odrębnej teczce bądź teczkach; w odrębnym segregatorze czy też segregatorach; względnie będą oddzielone przekładką w segregatorze gromadzącym dokumenty z więcej niż jednego okresu rozliczeniowego)”.
Podatnicy posiadający siedzibę działalności gospodarczej na terytorium kraju są obowiązani do przechowywania faktur na terytorium kraju. Powyższej zasady nie stosuje się jednak, jeżeli faktury są przechowywane poza terytorium kraju w formie elektronicznej w sposób umożliwiający organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, za pomocą środków elektronicznych, dostęp on-line do tych faktur. Podatnicy zapewniają organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, bezzwłoczny dostęp do faktur, a w przypadku faktur przechowywanych w formie elektronicznej – również bezzwłoczny ich pobór i przetwarzanie danych w nich zawartych.
Skutkiem braku dokumentacji w razie ewentualnej kontroli podatkowej (skarbowej) lub postępowania podatkowego może być oszacowanie obrotów podatnika przez organ podatkowy (kontroli skarbowej). W tym przypadku nie będzie bowiem danych pozwalających na ustalenie podstawy opodatkowania, a to zgodnie z przepisami art. 23 Ordynacji podatkowej, upoważnia organy podatkowe (skarbowe) do oszacowania podstawy opodatkowania. Jeśli podatnik nie będzie dysponował oryginałami faktur, to – choćby ich utrata była przez niego niezawiniona – organ podatkowy (organ kontroli skarbowej) zakwestionuje prawo podatnika do odliczenia.
