Wzmocnieniu ulegnie koordynacyjna rola ministra spraw zagranicznych, który będzie mógł efektywniej i skuteczniej realizować politykę zagraniczną. Gruntowna zmiana dotychczas obowiązujących przepisów wynika również z aktualnych wymagań stojących przed polską administracją rządową w związku z rozpoczęciem przygotowań do prezydencji w Unii Europejskiej, która nastąpi w drugiej połowie 2011 roku. Zaproponowane zmiany w ustawie o działach administracji rządowej wyposażają ministra spraw zagranicznych w nowe mechanizmy. Mają one zapewnić większą niż do tej pory spójność i jednolitość polityki zagranicznej. Będą nimi: corocznie – do 20 grudnia każdego roku – przedkładany rządowi dokument o charakterze programowym, w którym zostaną określone kierunki i cele polityki zagranicznej. Kolejny mechanizm polega na opiniowaniu rocznych i wieloletnich planów współpracy zagranicznej poszczególnych ministrów, a także współuczestnictwo ministra spraw zagranicznych w istotnych dla interesów Polski relacjach międzynarodowych. Ostatni z zaprojektowanych mechanizmów polega na ustawowej kompetencji ministra do opracowywania i przedkładania Radzie Ministrów wieloletnich strategii dotyczących szeroko rozumianych spraw zagranicznych.
Przyjęto nadrzędną zasadę uzgadniania stanowisk poszczególnych ministrów w sprawach wymagających jednolitego stanowiska rządu wobec Unii Europejskiej. System koordynacji oparty będzie na dwóch poziomach: Rady Ministrów, zajmującej się wszystkimi sprawami związanymi z członkostwem Polski w UE oraz nowo utworzonego Komitetu ds. Europejskich, który będzie mógł działać z upoważnienia Rady Ministrów. Kluczową rolę w systemie koordynacji będzie spełniać Rada Ministrów.
Komitet ds. Europejskich – z upoważnienia Rady Ministrów, będzie uzgadniać stanowiska, a także podejmować rozstrzygnięcia w określonych w ustawie sprawach. Zaproponowany system spowoduje, że większość problemów i spornych stanowisk będzie rozwiązywana na poziomie Komitetu. Brak uzgodnienia stanowiska na Komitecie skutkować będzie przeniesieniem sprawy do rozstrzygnięcia przez Radę Ministrów.
Zgodnie z przepisami projektu Komitet ds. Europejskich zastąpi dotychczasowy Komitet Europejski Rady Ministrów. Równocześnie zaplanowano połączenie Ministerstwa Spraw Zagranicznych i Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej. Pracownicy Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej zostaną przeniesieni do Ministerstwa Spraw Zzagranicznych. W miejsce działu „integracja europejska” powstanie nowy – członkostwo Polski w Unii Europejskiej. W związku z powyższym – zgodnie z projektem ustawy, dział „sprawy zagraniczne” i dział „członkostwo Polski w UE” zostaną powierzone ministrowi spraw zagranicznych. Zaproponowano ponadto, aby w dziale „sprawy zagraniczne” skupione były wszystkie zdziałania podejmowane na rzecz kształtowania wizerunku Polski za granicą.