Należy rozróżnić dwie możliwe sytuacje. Po pierwsze, jeżeli wyrok sądu uchyla decyzję, w której źródło miała kwota wpłaconego podatku i umarza postępowanie, termin na zwrot tak powstałej nadpłaty wynosi 14 dni od dnia doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego, ze stwierdzeniem jego prawomocności, uchylającego decyzję organu podatkowego pierwszej instancji lub stwierdzającego jej nieważność. Jeżeli jednak po uchyleniu decyzji przez sąd organ ma dalej prowadzić postępowanie (sąd uchylił decyzję i nakazał ponowne rozpatrzenie sprawy) organ ma możliwość zatrzymania kwot wpłaconego podatku pomimo nieistnienia już decyzji stanowiącej podstawę do egzekucji do czasu wydania nowej decyzji przesądzającej o wysokości faktycznego zobowiązania podatkowego. Swoboda organu
w zatrzymywaniu pieniędzy podatnika jest jednak ograniczona trzymiesięcznym terminem na wydanie ponownej decyzji. Jeżeli w trakcie tego okresu organ zdąży wydać nową decyzję określającą faktyczną wysokość należności podatkowych, nadpłata, będąca różnicą pomiędzy tym, co wpłacił podatnik, a tym, co wynika z nowej decyzji, podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania nowej decyzji. Problemy zaczynają się gdy w tym okresie nie uda zakończyć się postępowania i wydać nowej decyzji, co mając na uwadze średnią długość trwania postępowań podatkowych jest nagminne. W takim wypadku, czyli w sytuacji niewydania nowej decyzji w terminie trzech miesięcy, nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie decyzji uchylonej podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki. Zwrot ma nastąpić bezzwłocznie i dotyczy całości kwoty wpłaconej lub wyegzekwowanej przez podatnika, pomimo iż nie wiadomo jeszcze jaka będzie faktyczna wysokość zobowiązania. Jest to swoista sankcja dla organów podatkowych za niezakończenie sprawy w ustawowym trzymiesięcznym terminie.
Oczywiście, organy podatkowe niechętnie dokonują zwrotów tak powstałych nadpłat. Po pierwsze dokonują szczegółowej weryfikacji czy u podatnika nie występują jakiekolwiek inne zaległości, na które kwota nadpłaty mogłaby zostać zarachowana. Sprawy nie ułatwia także redakcja samych przepisów oraz zapadłe na ich gruncie wyroki wojewódzkich sądów administracyjnych. Wskazany przepis art. 77 Ordynacji podatkowej (co potwierdziło orzecznictwo sądów) nie przewiduje żadnych sankcji dla organów podatkowych w wypadku uchybienia terminom tam wskazanym i żadnych skutków materialnoprawnych. Nie otrzymanie zwrotu nadpłaconego podatku w tym terminie skutkuje jedynie możliwością naliczania oprocentowania. Oprocentowanie jest jedynym rodzajem swoistej sankcji dla organu podatkowego (wierzyciela) za dysponowanie i przetrzymywanie nieprzysługujących mu kwot. Podatnik nawet gdy organ znaczenie przekroczy trzy miesięczny termin na wydanie nowej decyzji w jego sprawie nie ma faktycznej możliwości wyegzekwowania od organu zwrotu nadpłaty.
Kancelaria Ślązak, Zapiór i Wspólnicy Kancelaria Adwokatów i Radców Prawnych