Nowelizacja ustawy niesie za sobą duże zmiany w praktyce kontrolnej. Izba ma niespełna półtora roku na wprowadzenie ich w życie. Przepisy nowelizujące zmienią między innymi sposób dokumentowania ustaleń kontroli. Dotychczas każda kontrola planowa kończyła się trzema dokumentami – protokołem z kontroli, wystąpieniem pokontrolnym i informacją o jej wynikach. Teraz zamiast pierwszych dwóch będzie sporządzany jeden dokument – wystąpienie pokontrolne, które będzie zawierało opis ustalonego podczas kontroli stanu faktycznego oraz opis nieprawidłowości wraz z ich przyczynami, zakresem, skutkami i osobami za nie odpowiedzialnymi. W wstąpieniu zawarta będzie także ocena kontrolowanej działalności oraz wnioski i uwagi w sprawie usunięcia nieprawidłowości.
Wprowadzony zostanie również szereg zmian w praktyce postępowania kontrolnego. Kontrolerzy będą mogli np. przeprowadzić oględziny obiektów i innych składników majątku, które nie stanowią własności jednostki kontrolowanej lub znajdują się poza jej obrębem. Będą mieli również prawo zażądać wyjaśnień od byłych pracowników oraz innych osób, które na jakiejkolwiek podstawie świadczyły pracę na rzecz tej instytucji. Wszystkie zmiany dotyczące postępowania kontrolnego wchodzą w życie 2 czerwca 2012 roku.
Nowe przepisy wprowadzają kadencyjność na stanowiskach dyrektorów i wicedyrektorów. Od stycznia 2013 roku będą oni zajmowali swoje stanowiska przez 5 lat. Wybór na te posady odbywać się będzie w drodze konkursu. W ustawie zostały sprecyzowane jedyne podstawowe wymagania stawiane przed kandydatami. Pozostałe wymogi będą zawarte w ogłoszeniu o konkursie. Nowe przepisy ustalają także zasady postępowania kwalifikacyjnego na stanowiska kontrolerów.
Znowelizowana Ustawa o NIK wprowadza także reformę struktury organizacyjnej Izby. Od dnia 2 czerwca 2011 r. departamenty wykonujące zadania w zakresie organizacji i obsługi funkcjonowania NIK przestaną istnieć i zostaną zastąpione przez biura. Departamentami pozostaną jednostki, które wykonują zadania kontrolne lub wspomagają ten proces. Szczegóły zmian w zakresie organizacji wewnętrznej zawarte zostaną w statucie Najwyższej Izby Kontroli. Statut nadawany jest w drodze zarządzenia przez Marszałka Sejmu, na wniosek Prezesa NIK po zasięgnięciu opinii właściwej komisji sejmowej.
Ponadto, nie rzadziej niż raz na 3 lata zostanie przeprowadzony w Najwyższej Izbie Kontroli audyt zewnętrzny. Przeprowadzi go instytucja wybrana zgodnie z przepisami o zamówieniach publicznych na zlecenie Marszałka Sejmu. Kontroli podlegało będzie wykonanie budżetu NIK i jej gospodarka finansowa. Pierwszy audyt zewnętrzny zostanie przeprowadzony w ciągu 6 miesięcy od dnia wejścia w życie znowelizowanej ustawy, czyli do końca 2011 roku.
