Projektodawca wprowadza do Kodeksu karnego wykonawczego nowe przepisy, które określą szczegółowo tryb postępowania organów wymiaru sprawiedliwości w przypadku przebywania w jednostce penitencjarnej skazanego lub tymczasowo aresztowanego biorącego jednocześnie udział w postępowaniu karnym, w związku z którym wystąpiło zagrożenie dla jego zdrowia lub życia. Co istotne, projekt zakłada ścisłą współpracę zarówno sądów i prokuratur, jak i Służby Więziennej w zagwarantowaniu bezpieczeństwa tej szczególnej kategorii osadzonych. Projekt nowelizacji do Kkw nową instytucję szczególnej ochrony skazanych. Objęci nią zostaną wszyscy skazani, uczestniczący jako oskarżeni, świadkowie lub pokrzywdzeni w takim postępowaniem karnym, które niesie dla nich szczególne zagrożenie życia lub zdrowia. Szczególna ochrona polegać będzie na przeprowadzaniu stałej kontroli stanu zdrowia skazanego, objęciu go stałą opieką psychologiczną, codziennym przeprowadzaniu jego kontroli osobistej i kontroli cel i wszystkich innych pomieszczeń, w których przebywa, a także przeprowadzaniu stałego nadzoru i cenzury jego korespondencji i nadzoru nad przeprowadzanymi widzeniami. W trakcie pobytu w zakładzie karnym szczególnie chronieni skazani będą co najmniej raz dziennie przeszukiwani. Podobnie postępować się będzie z celami i innymi pomieszczeniami, w których będą oni przebywać. Kontrola osobista, czy też kontrola celi będzie wykonywana systematycznie i niezależnie od zachowania skazanego. Również jego korespondencja, bez względu na rodzaj jednostki penitencjarnej, w której przebywa będzie poddana stałemu nadzorowi i cenzurze.
Projektowany przepis § 2 art. 88d Kkw, umożliwia dodatkowo skazanym szczególnie chronionym fakultatywne skorzystanie z ochrony osobistej, gwarantowanej ustawą o świadku koronnym. Jednakże mając na względzie obostrzenia wynikające ze stosowania takiej ochrony, a znajdujące swoje odzwierciedlenie w zindywidualizowanym programie ochrony, zgodnie z regulacjami wynikającymi z ustawy o świadku koronnym, możliwość skorzystania z tej formy ochrony uzależnia się wprost od zgody skazanego. status skazanego szczególnie chronionego można będzie uzyskać albo na wniosek właściwego sądu lub prokuratora, albo na wniosek samego skazanego. W przypadku wniosku złożonego przez osadzonego, dyrektor zakładu karnego przed podjęciem decyzji o objęciu szczególną ochroną będzie zasięgał opinii organu prowadzącego postępowanie karne. W ten sposób subiektywne odczucie skazanego o grożącym mu niebezpieczeństwie zostanie poddane weryfikacji przez organy wymiaru sprawiedliwości. Decyzja dyrektora jednostki penitencjarnej o objęciu danego skazanego szczególną ochroną będzie mogła zostać zaskarżona przez skazanego do sądu penitencjarnego.
Określono także czas przebywania skazanego w warunkach szczególnej ochrony. Założono, że czas stosowania szczególnych warunków osadzenia uzależniony będzie od wniosku właściwego organu prowadzącego postępowanie karne albo wniosku samego skazanego – tym samym będzie on mógł być modyfikowany w zależności od stopnia zagrożenia dla skazanego. Wniosek skazanego zostanie poddany ocenie właściwego organu prowadzącego postępowanie karne.
Ponadto szczególnej regulacji poddano zasady transportowania skazanych objętych szczególną ochroną. Projektodawca przewidział, że szczególna ochrona stosowana jest także w przypadku przetransportowania takiego skazanego do innego zakładu karnego. Dyrektor zakładu karnego, w którym skazany przebywa, będzie informował dyrektora zakładu karnego, do którego skazany zostanie przeniesiony o obowiązku objęcia go szczególną ochroną oraz o dotychczasowych warunkach osadzenia i przyczynach jego zastosowania. W ten sposób zapewniona zostanie ciągłość ochrony bezpieczeństwa osobistego skazanego. Przewidziano również sytuację, gdy skazany po zakończonym już postępowaniu karnym będzie nadal objęty szczególną ochroną. Wówczas organem właściwym w zakresie składania wniosków o objęcie skazanego szczególną ochroną bądź też cofnięcia takiej ochrony będzie sędzia penitencjarny.
