Uczelnie bronią swojego stanowiska podkreślając, że obowiązujące przepisy przejściowe pozwalają im na pobieranie w/w opłat w stosunku do osób, które zaczęły studiować jeszcze przed rokiem akademickim 2012/ 2013. Z drugiej strony Ministerstwo oraz coraz liczniejsze grupy studenckie podkreślają, że takie zachowanie władz uczelni jest nie tylko niewłaściwe, ale co bardziej całkowicie niezgodne z prawem. Coraz więcej młodych studiujących ludzi decyduje się w z związku z tym na wystąpienie do sądu z powództwem przeciwko swojej uczelni.Zgodnie z treścią art. 99a znowelizowanej ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym uczelnia nie pobiera opłat za rejestrację na kolejny semestr lub rok studiów, egzaminy, w tym egzamin poprawkowy, egzamin komisyjny, egzamin dyplomowy, wydanie dziennika praktyk zawodowych, złożenie i ocenę pracy dyplomowej oraz wydanie suplementu do dyplomu. Taka treść powyższego artykułu powinna zatem jednoznacznie wpłynąć na rozwiązanie zaistniałego konfliktu. Niestety nie zanosi się na szybkie rozwiązanie sporu, ze względu właśnie na przytoczone we wstępie przepisy przejściowe.
W stosunku do studentów, którzy dopiero będą zaczynali swoją akademicką przygodę (będzie to zatem rocznik z października 2012 r.) nie ma większego problemu – oni opłat za wymienione egzaminy nie poniosą. Niestety w odniesieniu do studentów przyjętych przed wejściem w życie nowelizacji (słowem przypomnienia: przed 1 stycznia 2012 r. oraz w roku akademickim 2011/2012) problem jest dość spory – literalnie obowiązują ich stare zasady obowiązujące jeszcze w momencie rozpoczęcia studiów – innymi słowy studenci muszą, zdaniem uczelni, płacić za egzaminy dyplomowe. Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego prezentuje jednak odmienne stanowisko, zgodnie z którym strony zawartych przed powyższą datą umów o odpłatności za studia, powinny zawierać aneksy do tych umów przewidujące odstąpienie od opłat za wszystkie czynności wymienione w treści nowego art. 99a ustawy. Ma to być zdaniem Ministerstwa widoczny przejaw poszanowania równości wszystkich studentów. Niestety brak zawarcia takiego aneksu powoduje obowiązek wykonania dotychczasowej umowy, czyli opłacenie wskazanych egzaminów. Nie ma też prawnej możliwości zmuszania uczelni do zawierania powyższych aneksów. Równość praw wszystkich studentów zależy zatem od wyłącznej decyzji uczelni, a ta jak pokazuje praktyka nie często jest przychylna młodym żakom. Nic więc dziwnego, że coraz częściej decydują się oni wnieść sprawę na drogę postępowania sądowego.