Do postępowania w sprawie zwrotu należności dłużnika alimentacyjnego z tytułu świadczeń wypłaconych z funduszu alimentacyjnego, znajdują częściowo zastosowanie przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2000 r. Nr 9, poz. 60, z późn. zm.). Zgodnie z art. 2 § 2 tejże ustawy, w sytuacji, gdy odrębne przepisy nie stanowią inaczej, przepisy działu III stosuje się również do opłat oraz niepodatkowych należności budżetu państwa, do których ustalenia lub określenia uprawnione są inne niż wymienione w § 1 pkt 1 organy. Kwestia dotycząca sposobu zaliczania kwot zwróconych przez dłużnika należności z tytułu świadczeń wypłaconych z funduszu alimentacyjnego na poczet zwrotu kwoty głównej i ustawowych odsetek nie jest szczegółowo uregulowana w ustawie o pomocy osobom uprawnionym do alimentów, jak też w przepisach aktów wykonawczych do niej. Zatem zgodnie z odpowiednio stosowanym art. 55 § 2 działu III ordynacji podatkowej, jeśli dokonana wpłata nie pokrywa pełnej należności dłużnika alimentacyjnego z tytułu świadczeń wypłaconych z funduszu alimentacyjnego – łącznie z ustawowymi odsetkami – to wpłatę tę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty należności oraz kwoty odsetek w stosunku, w jakim, w dniu wpłaty, pozostaje kwota należności do kwoty odsetek. Po dokonaniu rozliczenia zgodnie z tą zasadą otrzymane kwoty otrzymane organ właściwy wierzyciela rozdysponowuje zgodnie z art. 27 ust. 4 i 5 ustawy o pomocy państwa osobom uprawnionym do alimentów tj. 60% i ustawowe odsetki podlegają zwrotowi do budżetu państwa, 20% jest dochodem gminy wierzyciela, a 20% dochodem gminy dłużnika.
W sytuacji, gdy nie można zidentyfikować organu właściwego dłużnika co oznacza, że nie jest możliwe prowadzenie działań wobec dłużnika alimentacyjnego – np. w sytuacji gdy dłużnik alimentacyjny zamieszkuje za granicą, przebywa w zakładzie karnym lub nieznane jest miejsce jego zamieszkania – dochód z tytułu wyegzekwowanych od dłużnika środków, który przypadłby organowi właściwemu dłużnika, przekazywany jest na dochód budżetu państwa. Jeśli natomiast, zgodnie z art. 28 ust. 1 i 2 ustawy o pomocy osobom uprawnionym do alimentów, prowadzona egzekucja dotyczy zwrotu należności powstałej z tytułu wypłaconej wierzycielowi zaliczki alimentacyjnej, wówczas podział wyegzekwowanych kwot dokonywany jest w trybie dotychczasowych przepisów tj. art. 12 ust. 2 ustawy o postępowaniu wobec dłużników alimentacyjnych oraz zaliczce alimentacyjnej (Dz. U. z 2005 roku, Nr 168, poz. 732 z późn. zm.) – wynika to z treści art. 43 ustawy o pomocy osobom uprawnionym do alimentów.
