W przepisach projektu wyraźnie uwypuklono, że pracami Komisji Lekarskiej kierować będzie Przewodniczący wskazany przez Rzecznika Praw Pacjenta. Przewodniczącym będzie lekarz tej samej specjalności, co lekarz, który wydał opinię albo orzeczenie kwestionowane przez pacjenta. W projekcie wskazano także katalog zadań Przewodniczącego Komisji, wśród których należy wskazać na możliwość zarządzenia badania pacjenta, wystąpienia o przekazanie dokumentacji pacjenta koniecznej do wydania orzeczenia oraz zarządzenia przesłania członkom Komisji kopii tej dokumentacji. Przekazanie dokumentacji medycznej Komisji Lekarskiej nastąpić będzie musiało bezzwłocznie i odbywać się będzie w szczególności w sposób określony w art. 27 pkt 3, tj. wydania oryginału dokumentacji za pokwitowaniem odbioru i z zastrzeżeniem zwrotu po wykorzystaniu.
W projekcie nie przewidziano obowiązku uczestnictwa pacjenta lub jego przedstawiciela ustawowego w posiedzeniu Komisji Lekarskiej. Wyjątek ma stanowić sytuacja, gdy Przewodniczący Komisji zarządzi przeprowadzenie badania pacjenta. Wówczas w takim przypadku niestawiennictwo pacjenta na badanie spowoduje wydanie orzeczenia przez Komisję wyłącznie na podstawie dokumentacji medycznej. W celu zachowania terminu do wydania orzeczenia przez Komisję w projekcie określono, że Przewodniczący zarządzając badanie pacjenta zobowiązany będzie wyznaczyć jego datę na dzień przypadający nie później niż 21 dni od daty wpływu sprzeciwu. Jednocześnie w rozporządzeniu przewidziano, że w przypadku, gdy stan zdrowia osoby, w stosunku do której ma być wydane orzeczenie uniemożliwia osobiste zgłoszenie się na badanie, istnieje możliwość przeprowadzenia badania w miejscu pobytu pacjenta. Podmiotem odpowiedzialnym za obsługę organizacyjną i techniczną Komisji będzie Biuro Rzecznika Praw Pacjenta.