Wprowadzone na mocy ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych przepisy zmieniające w zakresie systemu jednostek sektora finansów publicznych miały m.in. na celu nie likwidację tego rodzaju działalności, ale przekształcenie dotychczasowych warsztatów szkolnych działających jako gospodarstwa pomocnicze w jednostki budżetowe prowadzące taką samą działalność oświatową pod względem merytorycznym. W opisanym przypadku należy zastosować § 66 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 29 czerwca 2006 r. w sprawie gospodarki finansowej jednostek budżetowych, zakładów budżetowych i gospodarstw pomocniczych oraz trybu postępowania przy przekształcaniu w inną formę organizacyjno – prawną (Dz. U. Nr 116, poz. 783, z późn. zm.). Z przepisów tego rozporządzenia wynika, że likwidacja gospodarstwa pomocniczego w celu jego przekształcenia w inna formę polega wyłącznie na zamknięciu rachunku bankowego oraz ustalenia i przejęciu przez jednostkę budżetową należności, zobowiązań i środków pieniężnych pozostałych na rachunku bankowym. Likwidacja gospodarstwa pomocniczego w celu jego przekształcenia w jednostkę budżetową nie oznacza zakończenia jego działalności w rozumieniu ustawy o systemie oświaty, ponieważ nie dochodzi do zakończenia działalności szkoły lub placówki. Likwidacji ulega tylko dotychczasowa forma gospodarki finansowej.
Należy podkreślić, że zgodnie z rozporządzeniem Ministra Edukacji Narodowej z dnia 21 maja 2001 r. w sprawie ramowych statutów publicznego przedszkola oraz publicznych szkół (Dz. U. Nr 61, poz. 624 z późn. zm. ) statut szkoły publicznej prowadzącej kształcenie zawodowe określa organizację warsztatów szkolnych dla realizacji zajęć praktycznych, jeżeli szkoła takie warsztaty posiada. Zatem warsztaty szkolne są integralną częścią szkoły.
Jednostki samorządu terytorialnego, jako organy prowadzące szkoły i placówki publiczne, otrzymują z budżetu państwa część oświatową subwencji ogólnej przeznaczoną na finansowanie zadań szkolnych, w tym także na funkcjonowanie warsztatów szkolnych. W sytuacji, gdy organ prowadzący szkołę zamierza dokonać likwidacji warsztatów szkolnych danej szkoły, wówczas ma zastosowanie art. 59 ust. 6 ustawy z dnia 7 września 1991 r. o systemie oświaty (Dz. U. z 2004 r. Nr 256, poz. 2572 z późn. zm.). Oznacza to, że organ prowadzący musi spełnić wymogi określone w ust. 1 przytoczonego artykułu, a w przypadku organu będącego jednostką samorządu terytorialnego, również ust. 2. W związku z tym, stosując odpowiednio art. 59 ustawy, warsztaty szkolne mogą być zlikwidowane przez organ prowadzący, po zapewnieniu uczniom innego miejsca odbywania zajęć praktycznych np. w centrum kształcenia praktycznego, u pracodawcy lub w pracowni ćwiczeń praktycznych.
Ponadto warto podkreślić, iż w wyniku likwidacji dotychczasowej formy gospodarki finansowej, czyli gospodarstwa pomocniczego do prowadzenia działalności usługowej lub produkcyjnej przez warsztaty publicznych szkół prowadzących kształcenie zawodowe mogą mieć zastosowanie zapisy dotyczące wydzielonych rachunków, zawarte w art. 223 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz. 1240). Zgodnie z tymi przepisami samorządowe jednostki budżetowe prowadzące działalność określoną w ustawie o systemie oświaty mogą gromadzić na wydzielonym rachunku dochody określone w uchwale przez organ stanowiący jednostki samorządu terytorialnego. W tej uchwale organ stanowiący jednostki samorządu terytorialnego może również określić, między innymi, źródła z których dochody są gromadzone na wydzielonym rachunku oraz przeznaczenie dochodów, z tym, że dochody te wraz z odsetkami nie mogą być przeznaczone na finansowanie wynagrodzeń osobowych. Z kolei zgodnie z art. 11 ust. 1 ustawy o finansach publicznych jednostkami budżetowymi są jednostki organizacyjne sektora finansów publicznych nieposiadające osobowości prawnej, które pokrywają swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadzają na rachunek odpowiednio dochodów budżetu państwa albo budżetu jednostki samorządu terytorialnego.
