Zaproponowane przepisy, mają umożliwić odejście od sprawowania stałej i opartej na planowaniu kontroli zagadnień związanych z pracą jednostek skarbowych podległych ministrowi finansów. Taki rodzaj wewnętrznej kontroli organów administracji skarbowej zostanie powierzony Generalnemu Inspektorowi Kontroli Skarbowej. Kontrola sprawowana przez niego będzie miała charakter doraźny i ma być podejmowana na podstawie informacji o ujawnionych, wymagających szybkiej reakcji, naruszeniach prawa lub zjawiskach patologicznych w jednostkach organizacyjnych kontroli skarbowej. Dotychczasowa kontrola skarbowa związana z obrotem towarowym z zagranicą i obrotem towarami przywożonymi z zagranicy przestanie funkcjonować, w zakresie, w jakim stanowi ona powielenie zadań realizowanych przez organy celne i Służbę Celną. Wprowadzona zmiana zlikwiduje zagrożenie wielokrotnego podejmowania kontroli przez różne organy w stosunku do tych samych czynności obrotu.
Wdrożono uprawnienia dla organów kontroli skarbowej, związane z kontrolą e-handlu i wykorzystywaniem internetu do prowadzenia nieujawnionej i nieopodatkowanej działalności gospodarczej. Ponieważ organy kontroli skarbowej dysponują najczęściej wyłącznie numerem rachunku bankowego podmiotu, adresem IP, nazwą domeny lub ogłoszeniem o oferowanych produktach, konieczne stało się wyposażenie tych organów w uprawnienia do występowania do instytucji finansowych o dane dotyczące wskazanego numeru bankowego. Przesłanką do wystąpienia o takie informacje będzie uprawdopodobnione przypuszczenie, że jego posiadacz uzyskuje dochody nie znajdujące pokrycia w ujawnionych źródłach przychodów albo w składanych deklaracjach podatkowych. Kontrola handlu elektronicznego będzie ważnym instrumentem w wykrywaniu i zwalczaniu podatkowej przestępczości internetowej polegającej na uchylaniu się od płacenia podatków. Dane pozyskiwane przez organy kontroli skarbowej od instytucji finansowych będą chronione analogicznie, jak informacje pozyskiwane w postępowaniu kontrolnym lub postępowaniu w sprawach o przestępstwa i wykroczenia skarbowe.
Ponadto wprowadzono przepisy na podstawie, których Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, bądź dyrektor urzędu kontroli skarbowej w związku z wszczętym postępowaniem przygotowawczym w sprawie o przestępstwa i wykroczenia oraz przestępstwa/wykroczenia skarbowe będzie mógł zwrócić się do instytucji finansowych o szerszy niż dotąd zakres informacji. Zgodnie z nowymi przepisami będą to dane dotyczące m.in.: przepływów na rachunkach, odbiorcy i nadawcy tych przepływów, celu i wysokości udzielanych pożyczek, kredytów oraz przebiegu ich spłat, rachunków papierów wartościowych, nabytych akcji lub obligacji Skarbu Państwa. Obowiązek dostarczenia powyżej wymienionych informacji, oprócz banków, będą miały: towarzystwa funduszy inwestycyjnych, zakłady ubezpieczeń, towarzystwa emerytalne. Do listy podmiotów zobowiązanych ujawniać te informacje włączono SKOK-i, ponieważ prowadzą one działalność zbliżoną do działalności bankowej.
Uproszczeniu i uelastycznieniu ulegnie także proces kontroli i audytu środków pochodzących z Unii Europejskiej. Zaprojektowana zmiana rozszerza krąg osób uprawnionych do przeprowadzania audytu o inspektorów i pracowników urzędów kontroli skarbowej, którzy będą je wykonywać na podstawie upoważnienia wydawanego przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej lub przez upoważnionego do tego dyrektora urzędu kontroli skarbowej. Zmiany te są szczególnie istotne, jeśli chodzi o audyt regionalnych programów operacyjnych w perspektywie finansowej 2007-2013. Audyty systemów zarządzania i kontroli oraz wydatków w tych programach koordynowane i przeprowadzane będą przez miejscowy urząd kontroli skarbowej, co pozwoli na sprawne i terminowe realizowanie zadań. Projekt zawiera również modyfikację statusu inspektora kontroli skarbowej, oraz przewiduje możliwość poszerzenia kadry inspektorskiej o osoby posiadające uprawnienia doradców podatkowych.
