Zaznaczmy już na wstępie, że w przypadku wyłączenia pracownika jego bezpośredni przełożony wyznacza innego pracownika do prowadzenia sprawy. Wyłączony pracownik powinien jednak podejmować tylko czynności niecierpiące zwłoki ze względu na interes społeczny lub ważny interes stron.
Zgodnie z treścią art. 24 Kodeksu postępowania administracyjnego, pracownik organu administracji publicznej podlega wyłączeniu od udziału w postępowaniu w sprawie:
- w której jest stroną albo pozostaje z jedną ze stron w takim stosunku prawnym, że wynik sprawy może mieć wpływ na jego prawa lub obowiązki;
- swego małżonka oraz krewnych i powinowatych do drugiego stopnia;
- osoby związanej z nim z tytułu przysposobienia, opieki lub kurateli;
- w której był świadkiem lub biegłym albo był lub jest przedstawicielem jednej ze stron, albo w której przedstawicielem strony jest jedna z osób wymienionych w pkt 2 i 3;
- w której brał udział w wydaniu zaskarżonej decyzji;
- z powodu której wszczęto przeciw niemu dochodzenie służbowe, postępowanie dyscyplinarne lub karne;
- w której jedną ze stron jest osoba pozostająca wobec niego w stosunku nadrzędności służbowej.
Pamiętajmy jednak, że powody wyłączenia pracownika od udziału w postępowaniu trwają także po ustaniu małżeństwa, przysposobienia, opieki lub kurateli. Bezpośredni przełożony pracownika jest obowiązany na jego żądanie lub na żądanie strony albo z urzędu wyłączyć go od udziału w postępowaniu, jeżeli zostanie uprawdopodobnione istnienie okoliczności niewymienionych na wstępie, które mogą wywołać wątpliwość co do bezstronności pracownika. Wystarczające jest zatem wyłącznie uprawdopodobnienie, a nie udowodnienie, istnienia okoliczności, które mogą wywołać, a nie wywołują, wątpliwość co do bezstronności pracownika. W konsekwencji, dla wyłączenia pracownika w oparciu o omawianą podstawę prawną wymagane jest wyłącznie wykazanie, że mogą istnieć wątpliwości co do jego bezstronności, a nie, że jest on rzeczywiście stronniczy. Uprawdopodobnienie nie czyni pewnym, lecz tylko wiarygodnym (prawdopodobnym), twierdzenie o istnieniu określonej okoliczności. Taką okolicznością może być ewentualny spór między skarżącym a pracownikiem organu o istnienie wzajemnych zobowiązań, pod warunkiem, ze taki spór istniał w czasie poprowadzonego postępowania administracyjnego.
Jak zaznaczył WSA w Warszawie w wyroku z dnia 7 marca 2013 r. (sygn. akt I OSK 1186/12), nie można uznać, by zwrot "pracownik organu" w znaczeniu, o jakim mowa w art. 24 KPA, obejmował także osobę będącą personalną obsadą organu. Piastun organu nie działa w sprawie jako pracownik organu, lecz wykonuje kompetencje przypisane organowi, których realizacja oparta jest na obowiązku, a nie uprawnieniu (z wyjątkiem, gdy przepis prawa podjęcie określonego działania pozostawia uznaniu organu administracji publicznej). Kompetencje przypisane przez ustawodawcę konkretnemu organowi nie mogą być bez wyraźnej podstawy prawnej przeniesione na inny organ. Osoba piastująca funkcję organu administracji publicznej – co do zasady – nie podlega wyłączeniu w trybie przypisanym pracownikom organu. Z uwagi na swą ustrojową i procesową pozycję piastun funkcji monokratycznego organu administracji publicznej podlega wyłączeniu zgodnie z przepisami o wyłączeniu organu w postępowaniu administracyjnym, a nie o wyłączeniu pracowników organu.