Zgodnie z treścią art. 33 ustawy o szkolnictwie wyższym, Minister właściwy do spraw szkolnictwa wyższego może żądać informacji i wyjaśnień od organów uczelni oraz założyciela uczelni niepublicznej, a także dokonywać kontroli działalności uczelni. Uprawnienia ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego w zakresie nadzoru sprawują odpowiednio:
- Minister Obrony Narodowej – w odniesieniu do uczelni wojskowych,
- Minister właściwy do spraw wewnętrznych – w odniesieniu do uczelni służb państwowych,
- Minister właściwy do spraw kultury i ochrony dziedzictwa narodowego – w odniesieniu do uczelni artystycznych,
- Minister właściwy do spraw zdrowia – w odniesieniu do uczelni medycznych,
- Minister właściwy do spraw gospodarki morskiej – w odniesieniu do uczelni morskich.
Publiczne uczelnie teologiczne i wydziały teologiczne uczelni publicznych znajdują się także, w zakresie określonym przez umowę międzynarodową zawartą ze Stolicą Apostolską oraz ustawy regulujące stosunki między Rzeczpospolitą Polską a innymi kościołami i związkami wyznaniowymi oraz przez statuty tych uczelni, pod nadzorem władz kościołów i związków wyznaniowych. Kontrola, obejmuje badanie zgodności działania organów uczelni z przepisami prawa, statutem oraz uzyskanymi uprawnieniami, a w przypadku uczelni niepublicznej – również z treścią udzielonego pozwolenia na jej utworzenie, a także prawidłowości wydatkowania środków publicznych. Przedmiotem kontroli może być również badanie warunków realizacji procesu dydaktycznego. Z przeprowadzonej kontroli sporządza się protokół, który może zawierać wnioski i zalecenia pokontrolne.
