Lekarz ubezpieczenia zdrowotnego wystawia skierowanie na leczenie uzdrowiskowe, biorąc pod uwagę różne czynniki szczegółowo określone w rozporządzeniu. Zgodnie z art. 1 projektowanego rozporządzenia lekarz bierze pod uwagę: aktualny stan zdrowia świadczeniobiorcy, brak przeciwwskazań do leczenia uzdrowiskowego, oczekiwany wpływ leczenia uzdrowiskowego, w szczególności warunków naturalnych (surowców leczniczych, klimatu, morza, mikroklimatu), na stan zdrowia świadczeniobiorcy, dotychczasowy przebieg i wyniki leczenia uzdrowiskowego, o ile świadczeniobiorca z takiego leczenia korzystał oraz w przypadku dorosłych – zalecaną częstotliwość korzystania z leczenia uzdrowiskowego nie więcej niż raz na 12 miesięcy. W skierowaniu lekarz ubezpieczenia zdrowotnego może określić, po uwzględnieniu powyżej wymienionych czynników miejsce i rodzaj leczenia uzdrowiskowego. Jednakże wybór miejsca i rodzaju leczenia dokonany przez lekarza ubezpieczenia zdrowotnego nie jest wiążący dla oddziału wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia. Lekarz wystawiający skierowanie zobowiązany jest do prawidłowego i czytelnego wypełnienia skierowania. Następnie skierowanie przesyła się do oddziału wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia w zamkniętej kopercie opatrzonej napisem: "SKIEROWANIE NA LECZENIE UZDROWISKOWE", umieszczonym w prawym dolnym rogu koperty pod adresem odbiorcy. Skierowanie może być przesłane przez świadczeniobiorcę wskazanego w zaświadczeniu.
Po otrzymaniu skierowania przez oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia komórka organizacyjna właściwa w zakresie lecznictwa uzdrowiskowego dokonuje jego rejestracji, nadając skierowaniu kolejny numer w rejestrze. Następnie w oddziale Narodowego Funduszu Zdrowia przeprowadzana jest weryfikacja i ewentualne potwierdzenie skierowania, a następnie doręcza je świadczeniobiorcy, jednak nie później niż 14 dni przed datą rozpoczęcia leczenia. Doręczając skierowanie na leczenie w sanatorium, oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia informuje o zasadach odpłatności za pobyt w sanatorium. Skierowanie, którego oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia nie potwierdził z powodu niewskazania przez lekarza specjalistę celowości skierowania, jest zwracane lekarzowi ubezpieczenia zdrowotnego, który je wystawił, wraz z podaniem przyczyny odmowy potwierdzenia skierowania. Oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia zawiadamia świadczeniobiorcę o niepotwierdzeniu skierowania wraz z podaniem przyczyny odmowy potwierdzenia skierowania, nie później niż 30 dni od otrzymania wniosku. Na niepotwierdzenie skierowania przez oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia nie przysługuje odwołanie. Skierowanie powinno być rozpatrzone przez oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia w terminie 30 dni od daty jego wpływu do tego oddziału. Termin ten może być przedłużony w przypadku, gdy lekarz specjalista zażąda od lekarza ubezpieczenia zdrowotnego, który wystawił skierowanie, dostarczenia w wyznaczonym terminie dokumentacji medycznej niezbędnej do ustalenia rodzaju i zakresu leczenia uzdrowiskowego, uzupełnienia lub aktualizacji tej dokumentacji oraz przeprowadzenia dodatkowych badań. Termin ten nie może być przedłużony o więcej niż o 14 dni. Zgodnie z projektem rozporządzenia skierowanie wraz z wynikami badań dodatkowych będzie ważne 12 miesięcy, licząc od dnia jego wystawienia. Ponadto oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia będzie prowadzić listę świadczeniobiorców, którzy nie uzyskali potwierdzenia skierowania z powodu braku miejsc w odpowiednich zakładach lecznictwa uzdrowiskowego.