Małgorzata N.-W. była wspólnikiem dwuosobowej spółki cywilnej. Spółka prowadziła działalność gospodarczą i była zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług. Decyzję te podtrzymał dyrektor izby skarbowej. W 2005 r. dyrektor urzędu kontroli skarbowej prowadził postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za 2001 r. W 2006 r. spółka złożyła zgłoszenie o zaprzestaniu wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług z uwagi na likwidacje spółki. W związku z tym dyrektor urzędu kontroli skarbowej umorzył postępowanie kontrolne. Jednocześnie doręczył byłym wspólnikom informację, że podatek należny w poszczególnych miesiącach 2001 r. został przez spółkę zawyżony. Małgorzata N.-W. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty, a następnie kolejne wnioski dotyczące nadpłaty w następnych latach. Naczelnik urzędu skarbowego umorzył te postępowania jako bezprzedmiotowe wskazując, że uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz do korekty deklaracji przysługuje podatnikowi. Wskutek zaprzestania działalności i likwidacji spółki prawo do zwrotu nadpłaty nie przysługuje jej byłym wspólnikom nie są, bowiem następcami prawnymi podatnika. Zdaniem pytającego sądu możliwe jest określenie i wyegzekwowanie zobowiązań podatkowych od byłych wspólników. Ustawodawca nie uwzględnił jednak okoliczności, w której określenie zobowiązania podatkowego po rozwiązaniu spółki cywilnej lub tuż przed rozwiązaniem doprowadzić może do sytuacji powstania jednocześnie zaległości podatkowej jak i nadpłaty. Ustawodawca powinien, więc w każdym wypadku zadbać o właściwą równowagę między interesem publicznym a prawem jednostki. W tym wypadku zdaniem pytającego sądu ograniczenie prawa własności zostało wprowadzone mimo, że interes publiczny jest dostatecznie chroniony.
W wyroku z 10 marca 2009 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 75 par. 2 pkt 1 lit. b i par. 3 oraz art. 81 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa w zakresie, w jakim nie regulują trybu złożenia korekty deklaracji i wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług przez byłych wspólników rozwiązanej spółki cywilnej będącej podatnikiem tego podatku, są niezgodne z art. 2 w związku z art. 64 ust. 1 konstytucji i nie są niezgodne z art. 64 ust. 3 konstytucji.
Trybunał wskazał na różnice w sposobie traktowania spółki cywilnej, w ramach której wspólnicy prowadzą wspólną działalność gospodarczą, na gruncie prawa cywilnego i podatkowego. Niezależnie od braku zdolności prawnej na tle prawa cywilnego spółka ta jest bowiem uznawana za podatnika podatku VAT. Kontrowersje, jakie powstają, ujawniają się najdobitniej w kontekście rozwiązania spółki. Przepisy kodeksu cywilnego nie wyodrębniają i nie regulują precyzyjnie fazy likwidacji spółki cywilnej. W praktyce funkcjonowania organów podatkowych przyjęta jest więc interpretacja, w myśl której spółka traci swój byt prawny – jako podatnik podatku VAT – z chwilą zaistnienia przyczyny rozwiązania spółki. Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej i ustawy o VAT na wspólnikach rozwiązanej spółki cywilnej ciąży odpowiedzialność za zobowiązania podatkowe spółki, a także obowiązek sporządzenia tzw. spisu z natury i zapłaty podatku VAT od remanentu likwidacyjnego. Nie mają oni natomiast możliwości złożenia korekty deklaracji i wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku VAT za okres, w którym spółka prowadziła działalność. Według Trybunału rozwiązanie takie narusza zasadę sprawiedliwości społecznej, rozpatrywaną w powiązaniu z wyrażonymi w art. 64 ust. 1 konstytucji gwarancjami ochrony własności i innych praw majątkowych. Istniejąca niespójność rozwiązań prawa cywilnego i podatkowego oraz asymetria praw i obowiązków stosunku prawno-podatkowego powodują bowiem, że wspólnicy – jako osoby ponoszące ekonomiczny ciężar podatku i będące współwłaścicielami majątku spółki – nie mają możliwości odzyskania nienależnego świadczenia podatkowego.
