Sędziowski nadzór penitencjarny został wprowadzony w Polsce w 1957 r. Do dnia 1 września 1998 r. sprawowany był zarówno przez sędziego penitencjarnego, jak i przez prokuratora. Na chwile obecną wykonuje go wyłącznie sędzia penitencjarny.
Zgodnie z treścią art. 32 i n. KKW, nadzór nad legalnością i prawidłowością wykonywania kary pozbawienia wolności, kary aresztu, tymczasowego aresztowania, zatrzymania oraz środka zabezpieczającego związanego z umieszczeniem w zakładzie zamkniętym, a także kar porządkowych i środków przymusu skutkujących pozbawienie wolności sprawuje sędzia penitencjarny. Sędzia penitencjarny wizytuje zakłady karne, areszty śledcze oraz inne miejsca, w których przebywają osoby pozbawione wolności. Ma on prawo wstępu w każdym czasie, bez ograniczeń, do tych zakładów, aresztów i miejsc oraz poruszania się po ich terenie, przeglądania dokumentów i żądania wyjaśnień od administracji tych jednostek. Sędzia penitencjarny ma prawo przeprowadzania podczas nieobecności innych osób rozmów z osobami pozbawionymi wolności oraz badania ich wniosków, skarg i próśb. Sędzia penitencjarny uchyla sprzeczną z prawem decyzję dyrektora zakładu karnego, aresztu śledczego, a także dyrektora okręgowego i Dyrektora Generalnego Służby Więziennej albo osoby kierującej innym zakładem przewidzianym w przepisach prawa karnego wykonawczego oraz komisji penitencjarnej, a także sądowego kuratora zawodowego, o ile dotyczy ona osoby pozbawionej wolności. Na decyzję sędziego skazanemu i powyższym organom przysługuje skarga do sądu penitencjarnego, w którego okręgu wydano decyzję. W wypadku stwierdzenia niezgodnego z prawem pozbawienia wolności, sędzia penitencjarny niezwłocznie zawiadamia o tym organ, do którego dyspozycji osoba pozbawiona wolności pozostaje, a w wypadku odbywania przez nią kary lub wykonywania wobec nadzoru penitencjarnego – organ, który skierował orzeczenie do wykonania, a w razie potrzeby zarządza zwolnienie takiej osoby.
Jeżeli zdaniem sędziego penitencjarnego zachodzi potrzeba wydania decyzji nie należącej do jego właściwości, a w szczególności decyzji o charakterze administracyjnym, przekazuje on swoje spostrzeżenia wraz z odpowiednimi wnioskami właściwemu organowi. Organ ten zawiadamia sędziego penitencjarnego, w terminie 14 dni albo w innym wyznaczonym przez sędziego terminie, o zajętym stanowisku. Jeżeli sędzia penitencjarny uzna to stanowisko za niezadowalające, przedstawia sprawę organowi nadrzędnemu nad organem zawiadamiającym; organ nadrzędny zawiadamia sędziego o sposobie załatwienia sprawy. W wypadku powtarzania się rażących uchybień w funkcjonowaniu zakładu karnego, aresztu śledczego lub innego miejsca, w którym przebywają osoby pozbawione wolności, albo gdy istniejące w nim warunki nie zapewniają poszanowania praw osób tam przebywających, sędzia penitencjarny występuje do właściwego organu nadrzędnego z wnioskiem o usunięcie w określonym terminie istniejących uchybień. Jeżeli w wymienionym terminie uchybienia te nie zostały usunięte, sędzia penitencjarny występuje z wnioskiem do właściwego ministra o zawieszenie działalności bądź likwidację w całości lub w części określonego zakładu, aresztu lub miejsca.
