Aktualnie, pomimo stworzenia podstaw prawnych do zaistnienia konkurencji, PKP Cargo nadal posiada dominującą pozycję na rynku. W 2008 roku spółka wykonała ponad 70% wszystkich przewozów kolejowych w Polsce. Dodatkowo przynależność do grupy kapitałowej PKP, zajmującej się w sposób kompleksowy transportem kolejowym, jak i zarządzaniem infrastrukturą kolejową powoduje, że spółka posiada znaczną przewagę ekonomiczną, logistyczną, organizacyjną oraz techniczną nad innymi przedsiębiorcami świadczącymi kolejowe usługi przewozu towarów. Zgodnie z polskim prawem posiadanie pozycji dominującej nie jest zakazane, niedozwolone są jednak praktyki, dzięki którym przedsiębiorca wykorzystuje swoją siłę rynkową ze szkodą dla konkurencji.
Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów zakończył kolejne dwa postępowania wszczęte na podstawie informacji otrzymanych od przedsiębiorców działających na rynku usług transportu kolejowego. W pierwszym z nich wniosek złożyła spółka CTL Logistics – konkurent PKP Cargo. Spółka zarzucała rynkowemu dominantowi stosowanie praktyk ograniczających konkurencję polegających na odmowie zawierania umów specjalnych z przedsiębiorcami uznanymi za jego konkurentów. Z materiałów zgromadzonych w toku prowadzonego postępowania wynika, że PKP Cargo wykorzystuje swoją przewagę i narzuca części kontrahentów uciążliwe warunki współpracy. Spółka świadczy usługi przewozowe na zasadach ogólnych, czyli w oparciu o umowy przewozu zawierane bez dodatkowych warunków w kasach towarowych oraz na zasadach szczególnych, które wiążą się z oferowaniem kontrahentom atrakcyjnych upustów cenowych. Według deklaracji spółki każda z form współpracy jest dostępna dla wszystkich klientów na równych zasadach. Jednakże zgodnie z zasadami stosowanymi przez spółkę, przedsiębiorca uznany za konkurenta PKP Cargo w zakresie przewożonych przez siebie towarów może podpisać umowę jedynie na zasadach ogólnych. W konsekwencji tego część przedsiębiorców jest pozbawiona możliwości uczestniczenia w obrocie na znacznie korzystniejszych warunkach.
Zasady stosowane przez PKP Cargo sprawiają, że kontrahenci zlecający przewóz na tej samej trasie, dokładnie takiej samej ilości takich samych towarów, wykorzystując również takie same rodzaje składów, mogą być traktowani niejednolicie. Jeżeli bowiem jeden z tych podmiotów korzysta wyłącznie z usług PKP Cargo, a drugi dodatkowo przewozi jeszcze te towary we własnym zakresie, to pierwszy z nich uzyska większe korzyści niż drugi, pomimo, że koszty ponoszone przez PKP Cargo będą identyczne. Praktyka dominanta wymierzona jest w jego konkurentów, czyli podmioty, które mogą potencjalnie ograniczyć jego pozycję rynkową, przejąć część klientów, a także wymusić swoją działalnością obniżenie cen usług przewozu.
Według Urzędu Ochrony Konkurencji i Konsumentów w ten sposób skonstruowany system nie bazuje na obiektywnych kryteriach ekonomicznych, ale ma jedynie na celu ograniczenie możliwości prowadzenia działalności konkurencyjnej przez innych przewoźników oraz niedopuszczenie do rynku nowych podmiotów. Na rozpoczęcie współpracy na korzystniejszych warunkach nie może liczyć także przedsiębiorca, który nie jest konkurentem PKP Cargo, w przypadku, gdy skład grupy kapitałowej, do której należy, wchodzi przedsiębiorca uznany za konkurenta. Taka praktyka jest niczym nieuzasadnioną ingerencją w działalność niezależnych podmiotów. Narzucając takie warunki umowne dominant ogranicza wolność gospodarczą i możliwość niezależnego wyboru przedmiotu działalności także przedsiębiorcom niezwiązanym z PKP Cargo żadną umową.
Decyzji nadano rygor natychmiastowej wykonalności. Zdaniem Urzędu dalsze stosowanie kwestionowanych praktyk może doprowadzić do nieodwracalnych skutków na tym rynku. Na spółkę została nałożona kara finansowa ponad 60 mln zł. Na jej wysokość duży wpływ miało to, że PKP Cargo już kilkakrotnie karane było za naruszenia prawa antymonopolowego, w tym również za stosowanie podobnych praktyk. W decyzji z 2004 roku Prezes UOKiK stwierdził, że spółka nadużyła swojej pozycji dominującej narzucając kontrahentom uciążliwe warunki współpracy w umowach wieloletnich i nałożył na nią 40 mln zł kary. Decyzja jest prawomocna, w 2008 roku spółka rozpoczęła spłacanie nałożonej sankcji.
W drugim postępowaniu, wszczętym na wniosek spółki Sped-Pro, Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów sprawdzał, czy PKP Cargo różnicuje swoich kontrahentów, w ramach przyjętego systemu współpracy z klientami, obejmującego umowy zawierane na zasadach ogólnych, specjalne i wieloletnie, pomimo jednakowego – zdaniem wnioskodawcy – zakresu świadczonych usług. W decyzji kończącej postępowanie UOKiK nie stwierdził stosowania przez spółkę praktyk ograniczających konkurencję. Urząd uznał, że przedsiębiorca stosując przyjęty przez siebie system współpracy nie dyskryminował kontrahentów, a zróżnicowanie cen w ramach modeli współpracy przewoźnika z klientami, określonych w zasadach sprzedaży miało uzasadnienie ekonomiczne. Obie decyzje nie są prawomocne. Przysługuje od nich odwołanie do Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów.