Departamenty, delegatury i biura – z takich jednostek składać się będzie nowa struktura organizacyjna Najwyższej Izby Kontroli. Biura wykonają zadania z zakresu organizacji i obsługi funkcjonowania Izby. Dotychczas robiły to departamenty. Podział dokonany zostanie na podstawie Statutu nadanego przez Marszałka Sejmu.
Nowa ustawa nakłada na Najwyższą Izbę Kontroli obowiązek przedkładania Sejmowi analizy wykorzystania wniosków dotyczących zmiany prawa, zgłaszanych przez Izbę po przeprowadzonych kontrolach. Kontrolerzy podczas wykonywania swoich obowiązków często stykają się ze skutkami nieprecyzyjnych i niedostosowanych przepisów. Dlatego też Izba we wnioskach de lege ferenda regularnie wysuwa propozycje usunięcia luk i sprzeczności w prawie. Wspomniana analiza ma być informacją dla posłów, jakie działania podjęli adresaci wniosków legislacyjnych i czy wskazane mankamenty prawne zostały naprawione.
Każda uchwała Kolegium NIK podejmowana jest w głosowaniu tajnym, większością głosów, w obecności co najmniej połowy składu. Dotychczas w sytuacji równego podziału głosów to przewodniczący rozstrzygał o jej przyjęciu lub odrzuceniu. Jednak taka praktyka kłóciła się z zasadą tajności głosowania. Dlatego od 2 czerwca w sytuacji równego podziału głosów uchwała nie uzyska większości.
Ponadto, wprowadzono przepisy ustalające zasady otwartego i konkurencyjnego postępowania kwalifikacyjnego na stanowiska kontrolerów oraz konkursu – na stanowiska dyrektorów i wicedyrektorów kontrolnych jednostek NIK. Określono dodatkowe warunki ubiegania się o stanowisko dyrektora – w szczególności 5 letni staż pracy w NIK lub w innej jednostce organizacyjnej sektora finansów publicznych w kontrolnej komórce organizacyjnej. Wprowadzono także 5-letnią kadencję na stanowiskach dyrektorów i wicedyrektorów kontrolnych jednostek NIK. Po upływie kadencji osoby zajmujące te stanowiska będą mianowane na stanowiska doradców w kontrolnej jednostce organizacyjnej NIK. Ponadto upoważniono Prezesa NIK do określenia w drodze zarządzeń szczegółowych zasad przeprowadzania naboru, w tym sposobu sprawdzenia i oceny wiedzy oraz kwalifikacji kandydatów, a także szczegółowych zasad przeprowadzania konkursu.
Zmienione zostały także zasady przyznawania płatnego urlopu dla poratowania zdrowia dwukrotnie w okresie zatrudnienia w NIK w wymiarze nieprzekraczającym łącznie 12 miesięcy. Z tym, że jednorazowo można będzie przyznać kontrolerowi urlop w wymiarze wyższym niż 6 miesięcy. Wniosek kontrolera o przyznanie urlopu musi być umotywowany opinią o stanie zdrowia wydaną przez komisję lekarską powołaną przez Prezesa Najwyższej Izby Kontroli. Nie można będzie dopuścić do pracy kontrolera, który korzystał z urlopu dla poratowania zdrowia, bez aktualnego orzeczenia lekarskiego stwierdzającego brak przeciwwskazań do pracy na określonym stanowisku. Kontrolerowi, który spełnia warunki do uzyskania świadczenia rehabilitacyjnego, przysługuje urlop dla poratowania zdrowia na ww. zasadach.
Dodano rozdział 4a „Odpowiedzialność dyscyplinarna mianowanych kontrolerów”, w którym określono szczegółowo zasady ponoszenia przez pracowników mianowanych odpowiedzialności dyscyplinarnej za przewinienia polegające na naruszeniu obowiązków pracownika Najwyższej Izby Kontroli lub uchybieniu godności stanowiska. Między innymi zmodyfikowano katalog kar dyscyplinarnych. Wprowadzono zamiast „nagany z pozbawieniem możliwości awansowania przez okres do 3 lat do wyższej grupy wynagrodzenia”, „naganę z pozbawieniem możliwości podwyższania wynagrodzenia i awansowania na wyższe stanowisko służbowe przez okres do 2 lat, a zamiast „przeniesienia na niższe stanowisko służbowe z jednoczesnym obniżeniem wynagrodzenia zasadniczego o jedną kategorię”, „przeniesienie na niższe stanowisko służbowe z jednoczesnym obniżeniem wynagrodzenia zasadniczego nie więcej niż o 20% przez okres nie dłuższy niż 6 miesięcy”. Ustalono, że obrońcom obwinionego może być również adwokat . Wprowadzono ponadto możliwość ukarania mianowanego kontrolera przez przełożonego upomnieniem na piśmie, za mniejszej wagi naruszenie obowiązków pracownika Najwyższej Izby Kontroli lub uchybienie godności stanowiska. Ukaranemu w ten sposób przysługuje prawo złożenia sprzeciwu od upomnienia. Skutkiem wniesienia sprzeciwu jest wszczęcie „normalnego” postępowania dyscyplinarnego. Wprowadzono możliwość rozpoznania sprawy pod nieobecność obwinionego, jeżeli obwiniony nie stawił się na rozprawie co najmniej trzykrotnie, a z jego zachowania wynika, ze celowo uchyla się od udziału w rozprawie, dążąc w szczególności do przedawnienia orzekania w danej sprawie. Prezes Najwyższej Izby Kontroli ma określić w drodze zarządzenia organizację, skład oraz tryb powoływania Komisji Dyscyplinarnej oraz Odwoławczej Komisji Dyscyplinarnej. Przyjęto, że od orzeczenia Odwoławczej Komisji Dyscyplinarnej obwiniony może złożyć skargę do sądu administracyjnego.
