W związku z powyższym okres niezdolności do pracy z powodu choroby, za który nauczyciel akademicki otrzymał to wynagrodzenie powinien być traktowany przy ustalaniu podstawy wymiaru zasiłków jako okres usprawiedliwionej nieobecności w pracy. Z kolei wynagrodzenie wypłacone na podstawie art. 154 tej ustawy za okres nieobecności w pracy z powodu macierzyństwa lub konieczności sprawowania opieki, stanowiące podstawę wymiaru składek na ubezpieczenia społeczne, powinno być traktowane tak jak wynagrodzenie za okres świadczenia pracy, a dni nieobecności usprawiedliwionej z tego tytułu, powinny być traktowane na równi z dniami, w których pracownik świadczył pracę.
W myśl art. 19 ustawy z dnia 25 czerwca 1999 r. o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa, podstawę wymiaru świadczenia rehabilitacyjnego stanowi podstawa wymiaru zasiłku chorobowego, która dla celów obliczenia podstawy wymiaru świadczenia podlega waloryzacji. W sytuacji, gdy nauczycielowi akademickiemu, który przed 1 października 2011 r. otrzymał wynagrodzenie na podstawie art. 154 ustawy – Prawo o szkolnictwie wyższym za okres niezdolności do pracy z powodu choroby dłuższy niż 182 dni albo odpowiednio 270 dni, zostanie przyznane świadczenie rehabilitacyjne, podstawę wymiaru świadczenia rehabilitacyjnego przysługującego za okres od 1 października 2011 r. stanowi przeciętne miesięczne wynagrodzenie za okres 12 miesięcy kalendarzowych poprzedzających dzień, od którego liczony jest okres świadczenia rehabilitacyjnego, bez waloryzacji.
Artykuł 43 ustawy z dnia 25 czerwca 1999 r. stanowi, że podstawy wymiaru zasiłku nie oblicza się na nowo, jeśli między okresami pobierania zasiłków, zarówno tego samego rodzaju, jak i innego rodzaju nie było przerwy albo przerwa była krótsza niż trzy miesiące kalendarzowe. Przy ustalaniu podstawy wymiaru zasiłków przysługujących nauczycielom akademickim za okres po 30 września 2011 r., którzy byli wcześniej niezdolni do pracy z powodu choroby, macierzyństwa lub sprawowania opieki, przepis art. 43 ustawy nie ma zastosowania.
Za pracę w godzinach ponadwymiarowych nauczyciel akademicki otrzymuje wynagrodzenie, które jest przyznawane po dokonaniu rozliczenia rocznych godzin zajęć dydaktycznych, ustalonych zgodnie z planem, raz w roku, po zakończeniu roku akademickiego. Warto jednak wiedzieć, iż rektor może zarządzić rozliczanie tych zajęć w krótszych okresach na podsatwie §10 rozporządzenia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 22 grudnia 2006 r. w sprawie warunków wynagradzania za pracę i przyznawania innych świadczeń związanych z pracą dla pracowników zatrudnionych w uczelni publicznej (Dz. U. Nr 251, poz. 1852 ze zm.). Przy ustalaniu podstawy wymiaru zasiłku wynagrodzenie to należy potraktować jako składnik roczny i na podstawie przepisów art. 42 ust. 1 w zw. z art. 47 ustawy dnia 25 czerwca 1999 r. uwzględnić w wysokości 1/12 kwoty wypłaconej pracownikowi za rok poprzedzający miesiąc, w którym powstała niezdolność do pracy. W tym przypadku trzeba uznać, że jest to składnik wynagrodzenia przysługujący za rok akademicki, ponieważ dopiero po zakończeniu okresu rozliczeniowego, istnieje możliwość obliczenia godzin ponadwymiarowych przepracowanych przez danego nauczyciela. W związku z tym, że godziny ponadwymiarowe są związane z przekroczeniem rocznego wymiaru zajęć dydaktycznych, nie jest możliwe przypisanie wynagrodzenia za godziny ponadwymiarowe do poszczególnych miesięcy.
Inne składniki wynagrodzenia nauczyciela akademickiego przyznane na podstawie przepisów ustawy – Prawo o szkolnictwie wyższym oraz powołanego wyżej rozporządzenia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 22 grudnia 2006 r., powinny być uwzględniane w podstawie wymiaru zasiłków na ogólnych zasadach określonych przepisami ustawy dnia 25 czerwca 1999 r., np. dodatkowe wynagrodzenie za udział w pracach komisji rekrutacyjnej, za kierowanie lub sprawowanie opieki nad studenckimi praktykami zawodowymi, za promotorstwo i opracowanie recenzji lub oceny dorobku naukowego, należy uwzględnić w podstawie wymiaru zasiłku w kwocie faktycznie wypłaconej, bez uzupełniania, doliczając do miesiąca, w którym nastąpiła wypłata tego składnika wynagrodzenia. Wynagrodzenie za urlop wypoczynkowy, w tym również uzupełniające wynagrodzenie za czas urlopu, będące pochodną zmiennych składników wynagrodzenia, jest traktowane tak jak wynagrodzenie za dni przepracowane i w związku z tym, że stanowi podstawę wymiaru składek na ubezpieczenie chorobowe, uwzględnia się je w podstawie wymiaru zasiłku.
Zgodnie z § 25 tego rozporządzenia wynagrodzenie zasadnicze, dodatek za staż pracy, dodatek funkcyjny i dodatek specjalny są wypłacane nauczycielowi akademickiemu „z góry”, a pozostałe składniki wynagrodzenia wypłacane są „z dołu” – po dokonaniu rozliczenia pracy lub zadań. W myśl art. 64 ust. 1 ustawy z dnia 25 czerwca 1999 r. o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa, płatnicy składek, o których mowa w art. 61 ust. 1 pkt 1, wypłacają zasiłki w terminach przyjętych dla wypłaty wynagrodzeń lub dochodów. Zasiłki te wypłaca się nie później jednak niż w ciągu 30 dni od daty złożenia dokumentów niezbędnych do stwierdzenia uprawnień do zasiłków. W świetle tych przepisów, wypłata zasiłków przysługujących nauczycielom akademickim nie musi być dokonywana zawsze „z dołu”. Z racji tego, że podstawową część lub całość wynagrodzenia otrzymują oni „z góry”, należy dopuścić możliwość wypłaty zasiłków „z góry”, jednakże wyłącznie po przedłożeniu wymaganych dokumentów.
