Według skarżącego na skutek niekonstytucyjnego pominięcia prawodawczego w kwestionowanych przepisach, wynikającego z niepełnej regulacji w zakresie dopuszczalności wnoszenia zażaleń na postanowienia sądu (prokuratora) w przedmiocie nieuwzględnienia wniosku o wyłączenie sędziego (prokuratora/innego organu postępowania przygotowawczego) od udziału w sprawie, został on pozbawiony istotnego uprawnienia procesowego, umożliwiającego kontrolę obiektywizmu i bezstronności prokuratora. Nastąpiło to wbrew istniejącemu założeniu racjonalności, zupełności oraz niesprzeczności systemu prawa, co stanowi jeden z elementów zasady demokratycznego państwa prawnego.
Na skutek odmowy przyjęcia zażalenia na nieuwzględnienie wniosku o wyłączenie prokuratora od udziału w sprawie, w opinii skarżącego, został on pozbawiony prawa do tego, aby dochodzić na drodze sądowej naruszonych praw i wolności, w s szczególności prawa do sądu oraz prawa do zaskarżenia orzeczeń i decyzji wydanych w pierwszej instancji.
Według skarżącego z powodu braku prawnej możliwości kontroli przez sąd decyzji odmawiającej uwzględnienia wniosku strony o wyłączenie prokuratora od prowadzenia sprawy, która to decyzja została podjęta przez bezpośredniego przełożonego, śledztwo nadal prowadzi ten sam prokurator, pomimo istnienia przesłanek uzasadniających stwierdzenie istnienia wątpliwości co do jego bezstronności, co jest istotnym zagrożeniem dla wyrażonej w konstytucji zasady rzetelnego i sprawiedliwego procesu.
W dniu 18 lipca 2011 r. Trybunał Konstytucyjny rozpoznał skargę konstytucyjną Krzysztofa G., która dotyczyła braku możliwości wniesienia zażalenia na postanowienie o wyłączeniu prokuratora prowadzącego postępowanie przygotowawcze. Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 48 § 1 w związku z art. 459 § 2 i art. 465 § 1 ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. – Kodeks postępowania karnego w zakresie, w jakim nie przewiduje możliwości wniesienia zażalenia do sądu na wydane przez prokuratora bezpośrednio przełożonego postanowienie w przedmiocie wyłączenia prokuratora prowadzącego postępowanie przygotowawcze, jest zgodny z art. 45 ust. 1, art. 77 ust. 2 oraz z art. 32 ust. 1 w związku z art. 45 ust. 1 konstytucji. W pozostałym zakresie Trybunał umorzył postępowanie ze względu na niedopuszczalność wydania wyroku.
Przedmiotem kontroli Trybunału Konstytucyjnego była określona grupa przepisów kodeksu postępowania karnego, z których wynika brak możliwości wniesienia zażalenia do sądu na postanowienie w przedmiocie wyłączenia prokuratora prowadzącego postępowanie przygotowawcze. Według skarżącego brak możliwości zaskarżenia do sądu tego rodzaju rozstrzygnięcia narusza jego prawa: do sądu i do rzetelnej procedury.
Trybunał wskazał przede wszystkim, że w przypadku organów prowadzących postępowanie przygotowawcze, ich bezstronność ma inną rangę niż konstytucyjnie zakładana bezstronność sądu, dla zagwarantowania której wymagany jest wyższy standard.
Trybunał Konstytucyjny wziął pod uwagę, że postanowienie w przedmiocie wyłączenia prokuratora prowadzącego postępowanie przygotowawcze dotyczy kwestii incydentalnej powstałej w toku postępowania przygotowawczego. Rozstrzygnięcie takie nie dotyczy przypisania odpowiedzialności karnej, nie ingeruje też w prawa lub wolności konstytucyjne. Omawiane postanowienie odnosi się wyłącznie do uprawnień wynikających z prawa procesowego. Prawo do sądu w przypadku postępowania przygotowawczego powinno zostać zagwarantowane przede wszystkim w odniesieniu do rozstrzygnięć zamykających drogę do wydania wyroku lub w odniesieniu do rozstrzygnięć ingerujących w prawa lub wolności jednostek o różnym statusie w ramach tego postępowania.
Oceniając konstytucyjność zakwestionowanego unormowania Trybunał Konstytucyjny uznał, że przepisy kodeksu postępowania karnego w wystarczającym stopniu zapewniają możliwość sądowej weryfikacji rozstrzygnięcia w przedmiocie wyłączenia prokuratora. Postępowanie przygotowawcze może zakończyć się skierowaniem sprawy do sądu bądź też postanowieniem o odmowie wszczęcia lub o umorzeniu takiego postępowania. Pierwszy przypadek umożliwia bezpośrednie rozpoznanie sprawy przez sąd. Pozostałe przypadki, choć zazwyczaj nie realizują oczekiwań pokrzywdzonego, nie wykluczają definitywnie rozpatrzenia sprawy w postępowaniu sądowym, skoro każde z wymienionych wcześniej rozstrzygnięć podjętych przez organ prowadzący postępowanie przygotowawcze podlega kontroli sądowej. Na postanowienie o odmowie wszczęcia lub o umorzeniu postępowania przygotowawczego przysługuje zażalenie do sądu. Wniesienie takiego zażalenia obliguje sąd do weryfikacji nie tylko zaskarżonego postanowienia, lecz również całokształtu materiałów zgromadzonych w aktach postępowania przygotowawczego. W szczególności możliwe jest wytknięcie nieprawidłowości zaistniałych w postępowaniu przygotowawczym, będących wynikiem braku obiektywizmu czy bezstronności po stronie prowadzącego go prokuratora. Poza tym, naruszenie art. 47 k.p.k. kwalifikowane jest jako względna przyczyna odwoławcza przewidziana w art. 438 pkt 2 k.p.k.
Ponadto, Trybunał Konstytucyjny nie podzielił zarzutu naruszenia zasady równości. W skardze konstytucyjnej, jako grupę podmiotów podobnych, wskazano uczestników postępowania karnego, cywilnego oraz sądowoadministracyjnego. W ocenie Trybunału po pierwsze, bycie uczestnikiem jakiegoś postępowania jest zbyt ogólną cechą, by mogła ona stanowić podstawę wyróżnienia kategorii podmiotów podobnych. Po drugie, pomiędzy rozważanymi procedurami: cywilną, sądowoadministracyjną oraz karną w fazie przygotowawczej i sądowej występują bardzo istotne różnice, co uniemożliwia jednakowe traktowanie stron i innych uczestników wskazanych postępowań.
