Według skarżącego naruszono jego prawo do sprawiedliwego rozpatrzenia sprawy przez niezawisły i bezstronny sąd. Przepisy stanowią, że żołnierzom zawodowym, w tym sędziom sądów wojskowych, przysługują nagrody i zapomogi przyznawane przez dowódców jednostek wojskowych. W przypadku sędziów Sądu Dyscyplinarnego Wojskowego Sądu Okręgowego nagrody przyznawał Prezes WSO, na którego wniosek podjęto czynności dyscyplinarne przeciwko skarżącemu. Trudno, zdaniem skarżącego, w tej sytuacji oczekiwać, by sędzia orzekający w sprawie dyscyplinarnej był wolny od nacisku swojego przełożonego.
Dodatkowo Prezes WSO jako bezpośredni przełożony opiniuje sędziów podległego sobie sądu. Opinia taka ma decydujące znaczenie w przypadku awansowania sędziego na wyższe stanowisko. Według skarżącego jeden z sędziów składu orzekającego w jego sprawie był opiniowany przez Prezesa WSO co wpłynęło na obiektywizm i bezstronność sędziego. Wykluczyło to możliwość rozpoznania sprawy przez sąd obiektywny, wolny od jakiegokolwiek nacisku z zewnątrz.
W wyroku z 17 listopada 2009 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 39a § 1 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. – Prawo o ustroju sądów wojskowych w zakresie, w jakim stanowi, że pierwszą instancją dyscyplinarną dla sędziów sądów wojskowych są wojskowe sądy okręgowe, jest zgodny z art. 45 ust. 1 konstytucji. W pozostałym zakresie Trybunał umorzył postępowanie ze względu na niedopuszczalność wydania wyroku.
W myśl przepisów Konstytucji sądy wojskowe sprawują wymiar sprawiedliwości w Rzeczypospolitej Polskiej. Mogą one zajmować się tylko osobami i sprawami związanymi z wojskiem, mającymi dodatkowo charakter karny. W kategorii tej mieszczą się także sprawy dyscyplinarne sędziów wojskowych, które mogą być rozpatrywane w pierwszej instancji przez wojskowe sądy okręgowe.
Sędziowie sądów wojskowych – także w sędziowskim postępowaniu dyscyplinarnym – korzystają z konstytucyjnych i ustawowych gwarancji niezawisłości i niezależności. W prawie o ustroju sądów wojskowych istnieje szereg przepisów, gwarantujących przestrzeganie powyższych wartości także przez prezesów tych sądów. W szczególności, nie wolno im ingerować w działalność orzeczniczą sędziów za pomocą instrumentów nadzoru administracyjnego czy innych kompetencji ustawowych. Przyznawanie przez prezesa sądu nagród i zapomóg, opiniowanie w procesie awansu wojskowego czy stosowanie dyscypliny wojskowej mogą się odnosić do sędziów wojskowych tylko w zakresie, w jakim są żołnierzami. Nie mogą natomiast obejmować ich działalności orzeczniczej. Złamanie tego zakazu jest sankcjonowane w trybie odpowiedzialności dyscyplinarnej i – jako nadużycie uprawnień – także karnej. Na poziomie normatywnym istnieją więc wystarczające gwarancje dla bezstronności, niezależności i niezawisłości wojskowych sędziów dyscyplinarnych. Jeżeli w praktyce występują w tym zakresie nieprawidłowości, to ich źródłem nie jest treść przepisów prawa, ale ich wadliwe stosowanie – co nie podlega kontroli Trybunału Konstytucyjnego.
