Prezes Urzędu wszczęła w styczniu 2009 roku postępowanie w sprawie ustalenia, czy postanowienia zawarte w regulaminach zakupu biletów PKP Intercity nie ograniczają praw pasażerów. UOKiK sprawdzał regulaminy ofert specjalnych: Bilet weekendowy, Bilet podróżnika, Wcześniej i taniej oraz regulamin przewozu osób i internetowej sprzedaży biletów. Zakwestionowane zostały cztery postanowienia dotyczące przede wszystkim ograniczania prawa podróżnego do odstąpienia od umowy przewozu i uzyskania zwrotu pieniędzy za niewykorzystany bilet.
Bilet weekendowy i Bilet podróżnika, które oferuje PKP Intercity, obowiązują np. od godziny 19.00 w piątek do godziny 06.00 w poniedziałek i w tym czasie dają prawo do nieograniczonej liczby przejazdów. Oferta Wcześniej i Taniej dotyczyła sprzedaży internetowej i obowiązywała przy przejazdach w jedną stronę na odległość powyżej 50 km pociągiem ekspresowym lub intercity. Jednak bilet trzeba było kupić najpóźniej na 15 dni przed odjazdem. Promocja ta obowiązywała do połowy grudnia 2009 roku. Dodatkowo do wszystkich biletów należało wykupić miejscówkę.
Zgodnie z obowiązującym prawem przewozowym przed rozpoczęciem podróży możemy zmienić termin odjazdu, miejscowość przeznaczenia oraz klasę pociągu. Można również oddać bilet i żądać zwrotu pieniędzy proporcjonalnie do niewykorzystanego świadczenia, po potrąceniu odstępnego. Spółka zastrzegała, że podróżny, który skorzystał z oferty promocyjnej PKP Intercity i kupił m.in. bilet weekendowy mógł go oddać tylko przed rozpoczęciem terminu ważności biletu, a bilet kupiony przez Internet najpóźniej na dwie godziny przed odjazdem. Tymczasem prawo przewiduje taką możliwość w dowolnym momencie przed podróżą – dopóki konsument nie zajmie miejsca w pociągu. PKP Intercity skróciło zatem przysługujący podróżnemu termin na odstąpienie od umowy.
Prezes Urzędu uznała, że przedsiębiorca, ograniczając prawa podróżnych, naruszył zbiorowe interesy konsumentów i nałożyła na niego karę w wysokości 2 282 390 złotych. Decyzja nie jest ostateczna – przysługuje od niej odwołanie do Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów. W trakcie postępowania spółka zaprzestała stosowania większości z zakwestionowanych postanowień. Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów w grudniu 2008 roku zakwestionował podobną praktykę stosowaną przez spółkę PKP Przewozy Regionalne. Zarzuty UOKiK dotyczyły w szczególności ograniczania praw podróżujących na trasach do 100 km, m.in. braku możliwości zmiany umowy przewozu lub odstąpienia od niej oraz zwrotu należności proporcjonalnie do niewykorzystanego biletu. Na przedsiębiorcę została nałożona kara finansowa w wysokości 100 tys. zł. Obecnie decyzja czeka na rozpatrzenie przez Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów.
W przypadku niewywiązania się z umowy, bądź niewłaściwej jej realizacji, np. opóźnień w przejazdach czy odwołania kursów, konsumenci powinni zgłaszać się z reklamacją bezpośrednio do przewoźnika. Ponadto – w razie pojawienia się problemów prawnych konsumenci mogą liczyć na pomoc miejskich lub powiatowych rzeczników konsumentów. Ponadto porady udzielane są przez Federację Konsumentów.