Art. 6c ust 2 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych stanowi, iż nadzór polega na kontroli orzeczeń co do ich zgodności z zebranymi dokumentami lub z przepisami dotyczącymi orzekania o niepełnosprawności lub o stopniu niepełnosprawności oraz kontroli prawidłowości i jednolitości stosowania przepisów, standardów i procedur postępowania w sprawach dotyczących orzekania o niepełnosprawności i o stopniu niepełnosprawności. Z kolei wg art. 25d wymienionej ustawy Prezes Zarządu Funduszu może przeprowadzać kontrole wnioskodawcy w zakresie refundacji składek, w szczególności dotyczące ustalania wysokości refundacji składek na ubezpieczenia społeczne i wypłaty wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych. W przypadku stwierdzenia w wyniku kontroli nieprawidłowości Prezes Zarządu Funduszu wydaje decyzję nakazującą zwrot wypłaconej refundacji składek na ubezpieczenia społeczne w zakresie stwierdzonych nieprawidłowości. Ponadto Prezes Zarządu Funduszu może przeprowadzać kontrole pracodawcy w zakresie miesięcznego dofinansowania – w szczególności dotyczące ustalania wysokości miesięcznego dofinansowania i wypłaty wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych.
Kontrola może być przeprowadzona jako kompleksowa, problemowa, sprawdzająca, doraźna bądź okresowa. Kontrola kompleksowa obejmuje całokształt działań podmiotu kontrolowanego w zakresie realizacji zadań określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, natomiast problemowa obejmuje realizację wybranego zadania lub grupy zadań zrealizowanych przed podmiot kontrolowany. Celem kontroli sprawdzającej, jak sama nazwa wskazuje jest stwierdzenie wykonania zaleceń pokontrolnych. Kolejną formą sprawdzenia jest kontrola doraźna, której celem jest w szczególności zbadanie określonego zagadnienia wynikającego ze skargi, wniosku, informacji pochodzących ze środków komunikacji społecznej. Zamierzeniem kontroli okresowej jest zbadanie spełniania przez zakłady pracy chronionej i zakłady aktywności zawodowej warunków i obowiązków. Kontrola przeprowadzana jest na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, które wydawane jest w formie pisemnej przez organ upoważniony do kontroli. Upoważnienie zawiera: oznaczenie organu upoważnionego do kontroli, imiona i nazwiska oraz numery dokumentów potwierdzających tożsamość kontrolujących, imię i nazwisko kierownika zespołu, powołanie podstawy prawnej kontroli, nazwę podmiotu kontrolowanego, zakres kontroli oraz miejsce i termin przeprowadzenia kontroli, a w przypadku uzasadnionym zakresem kontroli – wskazanie wewnętrznych jednostek organizacyjnych podmiotu kontrolowanego objętych kontrolą. W trakcie przeprowadzania kontroli organ upoważniony do kontroli, w uzasadnionych przypadkach, może zmienić zakres, miejsce i termin kontroli, wydając nowe upoważnienie.
Osoba kontrolująca podlega wyłączeniu z udziału w kontroli przez organ upoważniony do kontroli w przypadku, gdy wszczęto wobec niego postępowanie karne o przestępstwo ścigane z urzędu lub stwierdzono przyczyny mogące wpłynąć na jego bezstronność. Wyłączenie z udziału w kontroli następuje również w sytuacji, gdy w ciągu 2 lat przed otrzymaniem upoważnienia osoba kontrolująca była przedstawicielem. W przypadku tych trzech wyżej wymienionych przyczyn podmiot kontrolowany może wystąpić do organu upoważnionego do kontroli o wyłączenie kontrolującego z kontroli. Kontrolujący podlega wyłączeniu z udziału kontroli, gdy jest pracownikiem podmiotu kontrolowanego, bądź zachodzą przyczyny, dla których kontrolujący nie może dokonywać kontroli przez okres dłuższy niż 15 dni roboczych. Osoba kontrolująca nie może być również świadkiem w postępowaniu kontrolnym lub biegłym w postępowaniu kontrolnym. O wyłączeniu kontrolującego z czynności kontrolnych organ upoważniony do kontroli powiadamia niezwłocznie kierownika podmiotu kontrolowanego, bez konieczności podawania przyczyn wyłączenia. Kontrola musi zostać przeprowadzana przez zespół składający się, z co najmniej dwóch kontrolujących – zgodnie z programem kontroli zatwierdzonym przez organ upoważniony do kontroli przed wydaniem upoważnienia.
Po otrzymaniu upoważnienia kontrolujący muszą niezwłocznie dokonać analizy posiadanych przez organ upoważniony do kontroli informacji dotyczących podmiotu kontrolowanego w zakresie zagadnień objętych kontrolą, a także zapoznać się z wynikami poprzednich kontroli. Zadaniem organu upoważnionego do kontroli jest zawiadomienie na piśmie kierownika podmiotu kontrolowanego o miejscu, zakresie i terminie kontroli. Powiadomienie musi zostać wykonane, na co najmniej 7 dni przed rozpoczęciem kontroli. Przed przystąpieniem do kontroli kontrolujący okazują kierownikowi podmiotu kontrolowanego upoważnienie oraz dokumenty potwierdzające tożsamość kontrolujących. Kontrola przeprowadzana jest w siedzibie podmiotu kontrolowanego lub w miejscu prowadzenia działalności przez podmiot kontrolowany, w dniach i godzinach jego pracy. W uzasadnionych okolicznościach kontrola może być przeprowadzona poza godzinami pracy podmiotu kontrolowanego lub w dni wolne od pracy lub w siedzibie organu upoważnionego do kontroli. W obu przypadkach na wniosek organu upoważnionego do kontroli, podmiot kontrolowany umożliwia przeprowadzenie kontroli w terminie i miejscu wskazanych w upoważnieniu.
Obowiązkiem kierownika podmiotu kontrolowanego jest zapewnienie kontrolującym oraz biegłym upoważnionym do udziału w kontroli warunków i środków niezbędnych do sprawnego przeprowadzenia kontroli, a w szczególności: sporządzenie we własnym zakresie kopie dokumentów, w tym wydruki z nośników informacji, a także informatycznych nośników danych, wskazanych przez kontrolującego lub udostępnienie środków łączności, którymi dysponuje w zakresie niezbędnym do wykonywania czynności kontrolnych. Kierownik podmiotu kontrolowanego musi potwierdzić za zgodność z oryginałem sporządzone kopie dokumentów i wydruków. W przypadku odmowy potwierdzenia za zgodność z oryginałem potwierdza je kontrolujący, o czym czyni wzmiankę w protokole kontroli.
Kontrolujący dokonują ustaleń stanu faktycznego na podstawie zebranych w toku kontroli dowodów. Czynności kontrolne polegają na badaniu dokumentów, żądaniu oraz przyjmowaniu zeznań i wyjaśnień oraz przeprowadzaniu oględzin. Dowodami są w szczególności dokumenty, zabezpieczone przedmioty, wyniki oględzin, pisemne wyjaśnienia i oświadczenia, zeznania świadków, opinie biegłych. Dowody zebrane w toku kontroli należy przechowywać w sposób uniemożliwiający dostęp do nich bez zgody kontrolujących.
Wyniki przeprowadzonej kontroli kontrolujący przedstawiają w protokole kontroli. W protokole znajdują się m.in.: opis stanu faktycznego stwierdzonego w toku kontroli, w tym opis ustalonych nieprawidłowości lub naruszeń prawa, z uwzględnieniem przyczyn powstania, zakresu i skutków tych nieprawidłowości lub naruszeń oraz wskazanie osób za nie odpowiedzialnych, opis załączników stanowiących część składową protokołu kontroli, określenie stwierdzonych zagrożeń dla prawidłowej realizacji zadań. Protokół kontroli zostaje sporządzony w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach – po jednym dla podmiotu kontrolowanego i dla kontrolujących. Jeżeli w wyniku przeprowadzonej kontroli nie stwierdzono nieprawidłowości lub naruszeń prawa, w protokole kontroli dokonuje się odpowiedniej adnotacji. Natomiast, w przypadku stwierdzenia w wyniku kontroli nieprawidłowości lub naruszeń prawa w zakresie przedmiotu kontroli, organ upoważniony do kontroli, niezwłocznie po podpisaniu protokołu kontroli musi sporządzić wystąpienie pokontrolne, które następnie przekazuje kierownikowi podmiotu kontrolowanego.
