W 2006 roku dokonano zmiany zasad udzielania interpretacji przez organy podatkowe na wniosek podatnika. Wówczas podniesiono opłatę za interpretację z 5 do 75 zł oraz zmniejszono ochronę podatnika, który zastosował się do treści postanowienia organu podatkowego wydającego interpretację. W efekcie tego znacząco zmniejszyła się ilość wniosków o interpretację, co ograniczyło prawa podatnika do wyjaśnienia wątpliwości w zakresie stosowania prawa podatkowego. Omawiany projekt ustawy o zmianie ustawy ordynacja podatkowa zakłada obniżenie opłat za interpretację z 75 do 5 zł oraz wzmocnienie prawnej ochrony praw podatnika w przypadku zastosowania się do uzyskanej interpretacji. Stanowi to realizację treści ustawy obowiązującej przed zmianami dokonanymi w 2006 roku.
W 2005 roku dokonano nowelizacji ustawy ordynacja podatkowa poprzez wprowadzenie możliwości wstrzymania zaskarżonej decyzji organu podatkowego do czasu wydania ostatecznej decyzji lub uprawomocnienia się orzeczenia sądu administracyjnego. Warunkiem wstrzymania wykonania decyzji przez organ podatkowy jest złożenie przez podatnika zabezpieczenia wykonania zobowiązania wynikającego z decyzji wraz z odsetkami za zwłokę. Jednakże w praktyce rzędy skarbowe nie przyjmowały zabezpieczenia, a tym samym nie wstrzymywały wykonania decyzji uzasadniając obawą, że nastąpi przedawnienie dodatkowego zabezpieczenia określonego decyzją. Celem ustawy jest zabezpieczenie interesu skarbu państwa przez zapis o przerwaniu biegu przedawnienia w przypadku wstrzymania wykonania zaskarżonej decyzji a jednocześnie umożliwienie podatnikowi uregulowania zobowiązania po wydaniu ostatecznej decyzji prze organ podatkowy lub uprawomocnienia się orzeczenia sadu administracyjnego.
Zgodnie z opinią Krajowej Izby Gospodarczej do poselskiego projektu – kontrowersyjną kwestią jest wprowadzenie przepisu o przerwaniu biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku wstrzymania wykonania zaskarżonej decyzji. Według Krajowej Izby Gospodarczej jest to propozycja, której zamierzonym skutkiem może być przedłużenie przez aparat skarbowy oraz sądy administracyjne wydania ostatecznej decyzji albo orzeczenia sądu kończącego postępowanie w danej sprawie. Wprowadzenie tego przepisu stanowi jednocześnie niczym nieuzasadnione uprzywilejowane zabezpieczenie interesów skarbu państwa kosztem posiadanych obecnie uprawnień przez podatników. Należy jednak podkreślić, iż KIG popiera wprowadzenie do Ordynacji podatkowej przepisów skutkiem, których będzie zasada, iż decyzja podatkowa nie podlega wykonaniu do czasu ostatecznego rozstrzygnięcia w postępowaniu podatkowym, a w przypadku zgłoszenia pozwu do czasu uprawomocnienia się orzeczenia sądu administracyjnego.
