Zakwestionowany przepis stanowi, iż łączny okres stosowania tymczasowego aresztowania do chwili wydania pierwszego wyroku przez sąd pierwszej instancji nie może przekroczyć dwóch lat. Skarżący Jarosław M. został skazany na karę czterech lat pozbawienia wolności. Karę tę wprowadzono do wykonania w czasie, kiedy Jarosław M., jako osoba podejrzana o popełnienie przestępstwa w innej sprawie, przebywał w areszcie śledczym. Sąd rejonowy prowadzący sprawę nie wydał wyroku i postanowieniem przedłużył areszt ponad okres dwóch lat. Jarosław M. złożył zażalenie. Sąd okręgowy utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie. Sądy I i II instancji stosując zakwestionowany przepis kierowały się wykładnią prezentowaną w orzecznictwie Sądu Najwyższego w myśl której, do dwuletniego okresu maksymalnego stosowania tymczasowego aresztowania przez sąd I instancji nie wlicza się okresu, w którym oskarżony jest pozbawiony wolności na innej podstawie. W takiej sytuacji skarżący odbywa orzeczoną w innej sprawie karę pozbawienia wolności. W opinii skarżącego zakwestionowany przepis nie formułuje bezpośrednio zasad liczenia maksymalnych okresów tymczasowego aresztowania w stosunku do osób pozbawionych wolności z innych przyczyn. W znaczeniu nadanym mu przez orzecznictwo Sądu Najwyższego, pozwala na przedłużanie stosowania tymczasowego aresztowania na dowolnie długi okres na mocy postanowienia sądu I instancji, który nie ma nawet obowiązku uzasadniania długotrwałości postępowania. Tymczasowe aresztowanie może być kontynuowane bez decyzji sądu apelacyjnego, tym samym pozbawione jest, wpisanego w polską procedurę karną, nadzoru sądu wyższej instancji. Ponadto skazany, wobec którego zastosowano tymczasowe aresztowanie ma znacznie mniejsze uprawnienia w porównaniu z sytuacją, gdyby nie stosowano tego środka zapobiegawczego. Nie korzysta z przepustek, z zezwolenia na opuszczenie zakładu celem poszukiwania pracy i mieszkania na okres po zakończeniu kary. Jego korespondencja jest cenzurowana przez organ, do którego dyspozycji pozostaje oraz nie może korzystać z telefonów. Dodatkowo organ w dyspozycji, którego pozostaje może zarządzić stosowanie wobec osadzonego innych przepisów regulujących status tymczasowo aresztowanego. Równocześnie osoba, która odbyła już część kary, która uprawnia do starania się o warunkowe przedterminowe zwolnienie nie ma faktycznej możliwości jego uzyskania w sytuacji, gdy jest równocześnie tymczasowo aresztowana. Paradoksalnie sytuacja osoby tymczasowo aresztowanej jest gorsza niż osoby osadzonej w zakładzie karnym na podstawie prawomocnego orzeczenia sądu. Nawet w stosunku do osoby osadzonej w zakładzie karnym tymczasowe aresztowanie jest ingerencją w wolność osobistą – innego rodzaju i dalej idącą niż samo pozbawienie wolności na podstawie wyroku skazującego. Powinno, więc podlegać takim samym zasadom jak w przypadku ingerencji kierowanej w stosunku do osoby, która nie jest pozbawiona wolności z innych przyczyn.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 263 § 3 ustawy z dnia 6 czerwca 1997 r. – Kodeks postępowania karnego w zakresie, w jakim do dwuletniego okresu maksymalnego stosowania tymczasowego aresztowania do chwili wydania pierwszego wyroku przez sąd pierwszej instancji nie wlicza okresów, w których tymczasowo aresztowany odbywa równocześnie karę pozbawienia wolności orzeczoną w innej sprawie, dopuszczając do przedłużenia stosowania tymczasowego aresztowania na okres ponad dwóch lat przez sąd pierwszej instancji na zasadach ogólnych, jest niezgodny z art. 41 ust. 1 w związku z art. 2 oraz z art. 45 ust. 1 Konstytucji.
Tymczasowe aresztowanie jest najbardziej dolegliwym środkiem zapobiegawczym w konsekwencji, którego jest pobawienie wolności osoby, której wina nie została jeszcze potwierdzona prawomocnym wyrokiem sądowym. W związku z tym przepisy Kodeksu postępowania karnego ograniczające stosowanie tymczasowego aresztowania mają na celu przede wszystkim zagwarantowanie poszanowania prawa do wolności i nietykalności osobistej osoby, wobec której zastosowano ten środek. Nie ma przy tym znaczenia, czy tymczasowe aresztowanie stosowane jest w typowej sytuacji procesowej i polega na pozbawieniu wolności, czy też – jak w sprawie skarżącego – stosowane jest wobec osoby, która już jest pozbawiona wolności na podstawie wyroku skazującego w innej sprawie. Dotychczasowe prawa tej osoby zostają, bowiem znacznie ograniczone w związku z zastosowaniem wobec niej surowszego reżimu przewidzianego w Kodeksie karnym wykonawczym, polegającego m.in. na ograniczeniu widzeń, korespondencji, korzystania z telefonu czy przepustek z zakładu karnego. Należy to traktować jako ingerencję w jej wolność osobistą.
W związku z powyższym rygorystycznie muszą być przestrzegane konstytucyjne warunki ograniczania wolności, przede wszystkim wymóg jasnego, precyzyjnego i kompletnego określenia przez ustawodawcę zasad i trybu każdego dopuszczalnego ograniczenia lub pozbawienia wolności osobistej. Wymagają tego zasady pewności i bezpieczeństwa prawnego i ochrona zaufania do państwa i prawa. Trybunał Konstytucyjny uznał, że zaskarżony przepis nie spełnia tych kryteriów, bo nie precyzuje skutku zbiegu tymczasowego aresztowania z karą pozbawienia wolności. Stwarza także nazbyt dużą swobodę interpretacji dla organów stosujących prawo, które mogą wcielać się w rolę prawodawcy, co jest niedopuszczalne z uwagi na konstytucyjną zasadę wyłączności ustawowej formy ograniczania praw i wolności.
W konsekwencji naruszone zostaje prawo do sądu właściwego do przedłużania stosowania tymczasowego aresztowania ponad okres dwóch lat. Sądem właściwym w tej kwestii jest sąd apelacyjny, który bada nie tylko zasadność dalszego stosowania tymczasowego aresztowania, ale i kontroluje prawidłowość dotychczasowego postępowania. Wyłączenie jego właściwości stanowi, zatem naruszenie gwarancyjnego charakteru przepisów ograniczających stosowanie tymczasowego aresztowania i demobilizuje organy procesowe w dążeniu do rozstrzygnięcia sprawy bez zbędnej zwłoki.
