Skarżąca spółka złożyła w urzędzie skarbowym deklarację podatku od towarów i usług, VAT-7. Wykazała w niej nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, w tym kwotę zwrotu na rachunek bankowy podatnika. W następstwie tego przeprowadzono kontrole skarbową. Na podstawie zebranego materiału dowodowego dyrektor urzędu kontroli skarbowej stwierdził, że czynności zakupu i sprzedaży maszyn, urządzeń i narzędzi pomiędzy stronami uczestniczącymi w ich obrocie zostały zawarte dla pozoru by obejść przepisy prawa podatkowego i wykorzystać ulgi podatkowe. Ostateczną cenę miała zapłacić skarżąca spółka. Izba skarbowa po rozpatrzeniu odwołania utrzymała poprzednią decyzję. Wojewódzki sąd administracyjny, a potem Naczelny Sąd Administracyjny oddaliły zażalenie.
Zgodnie z zakwestionowanym przepisem w przypadku, gdy wystawiono faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne potwierdzające czynności, do których ma zastosowanie kodeks cywilny, faktury i dokumenty celne nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego. Mimo, że przepis został uchylony w 2004 r. ze względu na konieczność ochrony konstytucyjnych wolności i praw skarżącego, orzeczenie w tej sprawie jest konieczne. Zdaniem skarżącej spółki przepis naruszał konstytucyjną zasadę zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa. Zgodnie, bowiem z konstytucją wszelkie podatki, które siłą rzeczy ograniczają własność, muszą być nałożone w drodze ustawowej. Tymczasem w chwili obowiązywania zakwestionowanego przepisu nie obowiązywała żadna norma o randze ustawowej, która zezwalałaby organom władzy publicznej na zakazanie odliczania podatku VAT ze względu na określone w nim okoliczności.
W wyroku z 5 listopada 2008 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł, że § 48 ust. 4 pkt 5 lit. c rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym w zakresie, w jakim dotyczy faktur (lub faktur korygujących) potwierdzających czynności stanowiące przedmiot podatku naliczonego, do których to czynności – z możliwością przeprowadzenia kontroli sądowej – ma zastosowanie art. 83 kodeksu cywilnego, jest zgodny z art. 64 ust. 3 Konstytucji oraz nie jest niezgodny z art. 64 ust. 1 Konstytucji. W pozostałym zakresie Trybunał umorzył postępowanie ze względu na niedopuszczalność wydania wyroku. Oznacza to, że faktury, potwierdzające czynności uznane potem za pozorne, nie mogą być podstawą do odliczenia podatku VAT zapłaconego w cenie towaru lub usługi od podatku należnego ani też na ich podstawie nie można żądać zwrotu różnicy podatku naliczonego i należnego.
Zarzuty skarżącej spółki sprowadzały się do twierdzenia, że zakwestionowany przepis rozporządzenia, będąc unormowaniem rangi podstawowej, prowadził do pozbawienia nabywców towarów i usług w ramach sprzedaży opodatkowanej prawa do odliczenia od podatku należnego podatku naliczonego w związku z nabyciem towarów i usług oraz żądania zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Trybunał Konstytucyjny uznał, że zakwestionowany przepis rozporządzenia został wydany na podstawie art. 23 ust. 1 i 2 znowelizowanej ustawy o podatku od towarów i usług.
Faktury, potwierdzające czynności uznane potem za pozorne, nie mogą być potraktowane jako podstawa odliczenia podatku VAT zapłaconego w cenie towaru lub usługi od podatku należnego ani też nie mogą być podstawą żądania zwrotu różnicy podatku naliczonego i należnego. W opinii Trybunału Konstytucyjnego kwestionowany przepis nie zawiera unormowań, które pozbawiałyby podatników prawa odliczenia od podatku należnego podatku VAT zapłaconego w cenie, jeśli podatnik skutecznie odeprze zarzut pozorności czynności prawnej, której dotyczyła kwestionowana przez organy podatkowe, bądź organy kontroli skarbowej faktura.
Trybunał Konstytucyjny umorzył postępowanie w zakresie odnoszącym się do "obejścia prawa" (art. 58 k.c.) ze względu na to, iż ostateczne orzeczenie Naczelny Sąd Administracyjny, do którego odnosiła się skarga konstytucyjna, nie konkretyzowało zaistnienia obejścia konkretnego przepisu prawa. Trybunał umorzył również postępowanie w zakresie zarzutów naruszenia art. 2 w związku z art. 64 i art. 217 Konstytucji z powodu spóźnionego o ponad dwa lata podniesienia zarzutów i wskazania wzorców kontroli konstytucyjności. Trybunał uznał też, że art. 92 ust. 1 i art. 217 Konstytucji nie mogą być podstawą oceny zgodności w postępowaniu dotyczącym skargi konstytucyjnej, albowiem nie gwarantują konstytucyjnego prawa lub wolności, których ochronie służy skarga konstytucyjna.
