Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług stanowią, że zwrot różnicy podatku naliczonego nad należnym powinien nastąpić na rachunek bankowy podatnika w terminie 60 dni od dnia złożenia przez niego rozliczenia. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Zdaniem wnioskodawcy ustawa nie określa przesłanek wszczęcia oraz maksymalnego terminu prowadzenia przez organ podatkowy postępowania wyjaśniającego. Nie chroni więc podatników przed pochopnymi i nieprzemyślanymi posunięciami organów skarbowych wszczynających postępowanie w sprawie zasadności zwrotu nadwyżki VAT-u naliczonego nad należnym. Niejasność zakwestionowanego przepisu stwarza sytuację, w której podatnik nie może być pewny czy otrzyma zwrot podatku naliczonego nad należnym w terminie 60-dniowym, lub czy ten termin zostanie przedłużony na czas prowadzonego postępowania wyjaśniającego. Zastosowana konstrukcja wydłużenia terminu zwrotu różnicy podatku pozostawia w istocie organowi podatkowemu całkowitą dowolność. Według wnioskodawcy ustawodawca poprzez brak wskazania jasnych przesłanek uprawniających do ograniczania prawa rozporządzania nadwyżką podatku naliczonego nad należnym naruszył konstytucyjną zasadę poprawnej legislacji.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług jest zgodny z art. 2 oraz art. 64 ust. 1 i 2 w związku z art. 31 ust. 3 Konstytucji.
Sprawa dotyczyła konstytucyjności ustawy o VAT. Podatek VAT z założenia jest neutralny: płacą go osoby uczestniczące profesjonalnie w obrocie dobrami i usługami. Po sprzedaniu dobra lub usługi uiszczają VAT, ale otrzymują jego zwrot, w terminie określonym ustawowo – 60 dni. Ostatecznie koszt VAT jest wliczony w cenę, którą płacą konsumenci, nie uzyskujący już zwrotu VAT. Termin do zwrotu VAT jego płatnikowi może być przedłużony, jeżeli urząd skarbowy prowadzi postępowanie wyjaśniające, mając wątpliwości, co do rzetelności rozliczenia. I właśnie możliwość przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku VAT (różnicy kwoty podatku należnego i kwoty podatku naliczonego) do czasu zakończenia tzw. postępowania wyjaśniającego, przeprowadzanego przez naczelnika urzędu skarbowego w sytuacji, w której zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, stanowiła przedmiot wątpliwości konstytucyjnej.
Rzecznik Praw Obywatelskich zakwestionował tę regulację twierdząc, że ustawa o VAT nie wskazuje jasnych przesłanek wszczęcia postępowania wyjaśniającego, ani maksymalnego terminu jego prowadzenia przez organ podatkowy. To zaś czyni iluzoryczną zasadę neutralności podatku. Trybunał Konstytucyjny rozpatrzył zarzuty Rzecznika Praw Obywatelskich analizując – pominięte we wniosku ograniczającym się do analizy ustawy o VAT – odpowiednie przepisy ordynacji podatkowej, prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi i kodeksu postępowania administracyjnego, a ponadto regulacje Dyrektywy 2006/112 oraz orzecznictwo sądów administracyjnych i ETS. Trybunał wziął także pod uwagę przedstawioną przez Ministra Finansów praktykę stosowania kwestionowanego przepisu.
Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego systemowa analiza gwarancji, zabezpieczających interesy płatnika VAT przed arbitralnością administracji finansowej, prowadzącej postępowanie wyjaśniające, nie potwierdza zarzutów wniosku. Zwłaszcza ordynacja podatkowa i kodeks postępowania administracyjnego z właściwymi im regulacjami ochronnymi powodują, że kwestionowany przepis zdanie drugie ustawy o VAT nie stwarza sam w sobie ryzyka naruszenia praw podatnika, który w prawidłowy i rzetelny sposób korzysta z przysługującego mu prawa do uzyskania zwrotu różnicy podatku. Procedura sprawdzająca – stosowana zgodnie z przepisami uzasadniającymi jej wprowadzenie – pośrednio jest wręcz korzystna dla podatnika. Zakwestionowany przepis ustawy o VAT określa zarówno przesłanki wszczęcia postępowania sprawdzającego, jak i wyznacza ramy czasowe jego prowadzenia.
Informacje przedstawione Trybunałowi Konstytucyjnemu przez Ministra Finansów potwierdzały, że złożoność życia gospodarczego oraz indywidualne zachowania podatników powodują, że stworzenie zamkniętego katalogu przesłanek, których wystąpienie uzasadnia przedłużenie terminu do dokonania zwrotu podatku, jest niemożliwe. Minister Finansów wskazał jednocześnie listę przykładowych przesłanek wszczęcia postępowania. W praktyce postępowanie wyjaśniające jest wszczynane wtedy, gdy z prowadzonych postępowań kontrolnych wynika, że dotychczasowe nieprawidłowości w rozliczeniach mogą mieć wpływ na bieżące rozliczenia podatnika, gdy brak aktywności samego podatnika lub jego celowe działania uniemożliwiają potwierdzenie zasadności zwrotu oraz w wypadku konieczności ustaleń wymagających współpracy z innymi organami. Rzecznik Praw Obywatelskich formułując swój zarzut nie wziął pod uwagę kontekstu systemowego kwestionowanego przepisu oraz możliwych jego interpretacji stosowanych w utrwalonym orzecznictwie sądowym. Nie wykazał też, że praktyka stosowania tego przepisu doprowadziła w istocie do nadania mu w trwały sposób niekonstytucyjnej treści.
W praktyce stosowania kwestionowanego przepisu mogą oczywiście wystąpić sytuacje, w których inicjowanie postępowania sprawdzającego okazuje się niezasadne czy może – patologicznie – okazać się szykaną. W takich sytuacjach może dojść do naruszenia praw podatnika. Jednak problem proporcjonalności korzystania z instrumentu przewidzianego w art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT leży wówczas w stosowaniu prawa i w tej sferze sytuacja winna podlegać kontroli przy pomocy właściwych dla niej środków kontroli.
