Wydaje się zatem, że rozwiązanie problemu samowoli budowlanej zostało dokładnie uregulowane i należy raczej do prostych spraw. W praktyce może się to jednak okazać bardzo skomplikowane, biorąc pod uwagę zwłaszcza fakt, że ustawodawca przewidział instytucję przedawnienia samowoli budowlanej, która nie wynika jedna całkowicie wprost z obowiązujących przepisów.
Do 11 lipca 2003 r. Prawo budowlane zawierało przepis, który wyraźnie stanowił, że nie można nakazać rozbiórki samowolnie postawionego budynku jeżeli upłynęło 5 lat od dnia zakończenia budowy obiektu budowlanego lub jego części, a jego istnienie nie narusza przepisów o zagospodarowaniu przestrzennym, w szczególności ustaleń miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego. Niestety na chwilę obecną powyższy artykuł nie obowiązuje. Tym samym instytucji przedawnienia w Prawie budowlanym powinniśmy szukać w innych przepisach.
Zgodnie z treścią art. 90 omawianej ustawy, każda samowola budowlana należy do przestępstw, które zagrożone są karą grzywny, ograniczenia wolności lub pozbawienia wolności do lat 2. Tym samym w braku odmiennej regulacji zastosowanie znajdują właściwe przepisy Kodeksu karnego, a mianowicie art. 101 §1 pkt 4, który stanowi, że tego rodzaju występki przedawniają się z upływem 5 lat od czasu ich popełnienia. Posiłkując się zatem Kodeksem karnym można ustalić, że instytucja przedawnienia znajduje zastosowanie w przedmiocie samowoli budowlanej. Z drugiej strony należy wyraźnie oddzielić pojęcie samowoli budowlanej – przestępstwa od samowoli – wykonania obiektu budowlanego bez odpowiedniego zezwolenia. Pierwsze oczywiście podlega przedawnieniu poprzez obowiązywanie przepisów natury karnej, jednak drugie niestety nie będzie mogło skorzystać z takiej sytuacji. Dla wyjaśnienia posłużmy się przykładem – jeśli konkretna osoba wybudowała dom jednorodzinny bez wymaganego pozwolenia budowlanego w 2005 r. to na chwilę obecną (tj. w 2013 r.) nie będzie ponosiła odpowiedzialności karnej za popełniony czyn zabroniony. Z drugiej jednak strony Powiatowy Inspektor Nadzoru Budowlanego będzie mógł w każdej chwili żądać rozbiórki tak postawionego domu, ponieważ kompetencje organów budowlanych w tej materii nie ulegają przedawnieniu (na skutek braku właściwych przepisów).
Na zakończenie musimy pamiętać także o przepisach przejściowych. Zgodnie z treścią art. 103 – do spraw wszczętych przed dniem wejścia w życie ustawy, a niezakończonych decyzją ostateczną, stosuje się przepisy obowiązującej obecnie ustawy. Z drugiej strony przepisu art. 48 Prawa budowlanego nie stosuje się do obiektów, których budowa została zakończona przed dniem wejścia w życie ustawy lub w stosunku do których przed tym dniem zostało wszczęte postępowanie administracyjne. Do takich obiektów stosuje się przepisy dotychczas obowiązujące. Pamiętajmy przy tym, że budynki samowolnie postawione przed 1995 r. podlegają legalizacji bez ponoszenia dodatkowych opłat – wystarczy zatem samo złożenie wniosku legalizacyjnego. Zastosowanie mają wtedy przepisy prawa budowlanego z 1974 r. Pozwalają one na legalizację samowoli, tylko gdy wybudowane bez pozwolenia obiekty znajdują się na terenie, który zgodnie z przepisami o planowaniu przestrzennym jest przeznaczony pod zabudowę tego rodzaju oraz nie stanowią zagrożenia dla bezpieczeństwa ludzi i nie powodują niedopuszczalnego pogorszenia warunków zdrowotnych lub użytkowych otoczenia. Zakończenie budowy obiektu budowlanego w rozumieniu art. 103 ust. 2 obecnego Prawa budowlanego polega na doprowadzeniu budowy już do stanu, w którym – chociażby nawet częściowo – jest możliwe przystąpienie do użytkowania takiego obiektu zgodnie z jego przeznaczeniem. Uznaniu budowy za zakończoną nie powinien przeszkadzać częściowy brak wykonania robót wykończeniowych, wyposażeniowych lub innych o podobnym charakterze, które mogą być wykonywane w użytkowanym obiekcie nawet po dniu 1 stycznia 1995 r.
