Przepisy projektowanego rozporządzenia regulują tryb przeprowadzania badań lekarskich osoby zatrzymanej przez funkcjonariusza celnego, przypadki udzielenia osobie zatrzymanej pierwszej pomocy medycznej oraz czas i organizację tych badań, sposób dokumentowania. Funkcjonariusze celni realizujący zadania Służby Celnej związane m.in. z: wykrywaniem i zwalczaniem przestępstw i wykroczeń związanych z naruszeniem przepisów dotyczących wprowadzania na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej oraz wyprowadzania z jej terytorium towarów objętych ograniczeniami lub zakazami obrotu ze względu na bezpieczeństwo i porządek publiczny lub bezpieczeństwo międzynarodowe, w szczególności takich jak odpady, substancje i preparaty chemiczne, materiały jądrowe i promieniotwórcze, środki odurzające i substancje psychotropowe, broń, amunicja, materiały wybuchowe oraz towary i technologie o znaczeniu strategicznym, wykrywaniem i zwalczaniem przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych oraz wykrywaniem i zwalczaniem przestępstw i wykroczeń przeciwko zdrowiu, dobrom kultury, prawom własności intelektualnej, przyrodzie, środowisku, ograniczeniom obrotu towarami i technologiami o znaczeniu strategicznym, mogą dokonywać zatrzymywania i przeszukiwania osoby. W przypadku uzasadnionej potrzeby lub na prośbę osoby zatrzymanej, osobę zatrzymaną należy niezwłocznie poddać badaniu lekarskiemu lub udzielić jej pierwszej pomocy medycznej.
Przepis § 2 i § 3 projektu rozporządzenia określa przypadki, kiedy przeprowadza się badanie lekarskie osoby zatrzymanej przez funkcjonariusza celnego. W myśl tych przepisów badanie lekarskie osoby zatrzymanej przeprowadza się po dokonaniu przez funkcjonariusza celnego, niezbędnych czynności związanych z zatrzymaniem. W przypadkach, gdy zachodzi uzasadniona obawa, że znajduje się w stanie zagrażającym jej życiu lub zdrowiu to badanie lekarskie może być przeprowadzone w czasie prowadzenia niezbędnych czynności związanych z zatrzymaniem. W przepisie § 4 ust. 1 określono standardowy tryb kierowania osoby zatrzymanej na badania lekarskie – zgodnie, z którym osoba zatrzymana jest kierowana na badanie lekarskie, na podstawie pisemnego wniosku kierownika komórki organizacyjnej Służby Celnej, która dokonała zatrzymania lub upoważnionego przez niego funkcjonariusza. Wzór wniosku o przeprowadzenie badania lekarskiego osoby zatrzymanej określa załącznik nr 1 do rozporządzenia. W § 4 ust. 2 określono tryb postępowania funkcjonariuszy celnych w sytuacjach gdy zachodzi uzasadniona obawa, że osoba zatrzymana znajduje się w stanie zagrażającym jej życiu lub zdrowiu. Wzór tego wniosku określony został w załączniku nr 1 do projektu rozporządzenia.
Przepis § 5 projektowanego rozporządzenia wskazuje, iż badanie lekarskie osoby zatrzymanej przeprowadza lekarz publicznego zakładu opieki zdrowotnej lub lekarz najbliższego, miejscu zatrzymania, ośrodka mogącego udzielić pomocy medycznej. W sytuacjach objętych przedmiotowym projektem rozporządzenia Służba Celna korzysta z lekarzy publicznej opieki zdrowotnej, gdyż nie ma w swoich strukturach placówek opieki zdrowotnej. W § 6 nałożono na Służbę Celną obowiązek przewiezienia osoby zatrzymanej w celu przeprowadzenia badania lekarskiego. Ponadto w § 6 ust. 2 określono przypadek użycia specjalistycznego środka transportu sanitarnego. Przepis § 7 określa przypadki, kiedy udziela się pierwszej pomocy medycznej. W § 8 określono sposób dokumentowania przeprowadzonego badania – chodzi tu o zaświadczenie lekarskie o istnieniu albo braku przeciwwskazań medycznych do zatrzymania lub udzielenia pierwszej pomocy medycznej, a także wzór zaświadczenia lekarskiego.