Jednym z zadań GIODO jest zatem, jak wynika z powyższego, prowadzenie właściwych rejestrów, w których umieszczane są dane osobowe. Zgodnie z treścią art. 42 ust. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych, Generalny Inspektor prowadzi ogólnokrajowy, jawny rejestr zbiorów danych osobowych. Obowiązek zgłoszenia zbioru do rejestracji Generalnemu Inspektorowi Ochrony Danych Osobowych ciąży na administratorze danych, czyli podmiocie decydującym o celach i środkach przetwarzania danych osobowych. Rejestracja powyższego zbioru następuje w oparciu o właściwy wniosek. Zgłoszenie zbioru danych do rejestracji powinno zawierać:
- wniosek o wpisanie zbioru do rejestru zbiorów danych osobowych,
- oznaczenie administratora danych i adres jego siedziby lub miejsca zamieszkania, w tym numer identyfikacyjny rejestru podmiotów gospodarki narodowej, jeżeli został mu nadany, oraz podstawę prawną upoważniającą do prowadzenia zbioru, a w przypadku powierzenia przetwarzania danych podmiotowi, o którym mowa w art. 31, lub wyznaczenia podmiotu, o którym mowa w art. 31a, oznaczenie tego podmiotu i adres jego siedziby lub miejsca zamieszkania,
- cel przetwarzania danych,
- opis kategorii osób, których dane dotyczą, oraz zakres przetwarzanych danych,
- sposób zbierania oraz udostępniania danych,
- informację o odbiorcach lub kategoriach odbiorców, którym dane mogą być przekazywane,
- opis środków technicznych i organizacyjnych zastosowanych w celach zabezpieczenia danych osobowych,
- informację o sposobie wypełnienia warunków technicznych i organizacyjnych, określonych w przepisach, o których mowa w art. 39a,
- informację dotyczącą ewentualnego przekazywania danych do państwa trzeciego.
Zgłoszenie danych do rejestru prowadzonego przez GIODO można przesłać pocztą lub złożyć osobiście w Biurze Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych (ul. Stawki 2, 00-193 Warszawa). Od lipca 2006 r. zgłoszenia można dokonać także drogą elektroniczną z użyciem bezpiecznego podpisu elektronicznego. Zgłoszenie można również dokonać drogą elektroniczną bez użycia podpisu elektronicznego, a następnie uzupełnić zgłoszenie w formie papierowej. Aplikacja umożliwiająca skuteczne dokonanie zgłoszenia drogą elektroniczną znajduje się na stronie internetowej Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych w systemie "platforma e-giodo".
Administrator danych jest obowiązany zgłaszać Generalnemu Inspektorowi każdą zmianę informacji umieszczanych w rejestrze, w terminie 30 dni od dnia dokonania zmiany w zbiorze danych. Jeżeli zmiana informacji w zakresie opisu kategorii osób, których dane dotyczą, oraz zakresie przetwarzanych danych, dotyczy rozszerzenia zakresu przetwarzanych danych o dane, o których mowa w art. 27 ust. 1 ustawy (dane ujawniające pochodzenie rasowe lub etniczne, poglądy polityczne, przekonania religijne lub filozoficzne, przynależność wyznaniową, partyjną lub związkową, jak również danych o stanie zdrowia, kodzie genetycznym, nałogach lub życiu seksualnym oraz dane dotyczące skazań, orzeczeń o ukaraniu i mandatów karnych, a także innych orzeczeń wydanych w postępowaniu sądowym lub administracyjny), administrator danych jest obowiązany do jej zgłoszenia przed dokonaniem zmiany w zbiorze.
Obowiązkowej rejestracji podlegają wszystkie zbiory mieszczące się w definicji wynikającej z treści art. 7 omawianej ustawy – będzie to zatem każdy posiadający strukturę zestaw danych o charakterze osobowym, dostępnych według określonych kryteriów, niezależnie od tego, czy zestaw ten jest rozproszony lub podzielony funkcjonalnie. Ustawodawca przewidział jednak wyjątki od obowiązkowej rejestracji. W związku z tym nie jest ona konieczna w przypadku danych:
- zawierających informacje niejawne,
- które zostały uzyskane w wyniku czynności operacyjno-rozpoznawczych przez funkcjonariuszy organów uprawnionych do tych czynności,
- przetwarzanych przez właściwe organy dla potrzeb postępowania sądowego oraz na podstawie przepisów o Krajowym Rejestrze Karnym,
- przetwarzanych przez Generalnego Inspektora Informacji Finansowej,
- przetwarzanych przez właściwe organy na potrzeby udziału Rzeczypospolitej Polskiej w Systemie Informacyjnym Schengen oraz Wizowym Systemie Informacyjnym,
- przetwarzanych przez właściwie organy na podstawie przepisów o wymianie informacji z organami ścigania państw członkowskich Unii Europejskiej,
- dotyczących osób należących do kościoła lub innego związku wyznaniowego, o uregulowanej sytuacji prawnej, przetwarzanych na potrzeby tego kościoła lub związku wyznaniowego,
- przetwarzanych w związku z zatrudnieniem u nich, świadczeniem im usług na podstawie umów cywilnoprawnych, a także dotyczących osób u nich zrzeszonych lub uczących się,
- dotyczących osób korzystających z ich usług medycznych, obsługi notarialnej, adwokackiej, radcy prawnego, rzecznika patentowego, doradcy podatkowego lub biegłego rewidenta,
- tworzonych na podstawie przepisów dotyczących wyborów do Sejmu, Senatu, Parlamentu Europejskiego, rad gmin, rad powiatów i sejmików województw, wyborów na urząd Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, na wójta, burmistrza, prezydenta miasta oraz dotyczących referendum ogólnokrajowego i referendum lokalnego,
- dotyczących osób pozbawionych wolności na podstawie ustawy, w zakresie niezbędnym do wykonania tymczasowego aresztowania lub kary pozbawienia wolności,
- przetwarzanych wyłącznie w celu wystawienia faktury, rachunku lub prowadzenia sprawozdawczości finansowej,
- powszechnie dostępnych,
- przetwarzanych w celu przygotowania rozprawy wymaganej do uzyskania dyplomu ukończenia szkoły wyższej lub stopnia naukowego,
- przetwarzanych w zakresie drobnych bieżących spraw życia codziennego.