Zmiana organizacji sektora to między innymi likwidacja gospodarstw pomocniczych i zakładów budżetowych. Ustawa zakłada dalsze funkcjonowanie zakładów budżetowych w sferze samorządowej wyłącznie w wybranych dziedzinach takich jak m.in. gospodarka mieszkaniowa, usługi komunalne, zaopatrzenie w energię i gaz, cmentarze. Jak zaznaczyła wiceminister finansów Elżbieta Suchocka-Roguska zmiana ta ma służyć racjonalizacji i przejrzystości finansów publicznych. Z punktu widzenia finansów państwa istnienie takich zakładów budżetowych jak stawy, piekarnie czy pralnie nie ma żadnego uzasadnienia. W 2007 r. działało ponad 3100 państwowych i samorządowych gospodarstw pomocniczych i zakładów budżetowych. Wydatki samych zakładów budżetowych wyniosły w 2008 r. łącznie 8,8 mld zł przy 8,85 mld zł przychodów.
Zgodnie z nowymi przepisami zlikwidowane zostaną także rachunki funduszy motywacyjnych oraz instytucja rachunków dochodów własnych. Rachunki dochodów wydzielonych będą mogły posiadać wyłącznie samorządowe jednostki budżetowe prowadzące działalność na podstawie ustawy o systemie oświaty oraz państwowe jednostki budżetowe mające siedzibę poza granicami Rzeczypospolitej Polskiej, nadzorowane przez ministra spraw zagranicznych. Przestaną również istnieć samorządowe fundusze celowe, w tym wojewódzkie i powiatowe fundusze gospodarki zasobem geodezyjnym i kartograficznym oraz centralny i terenowe fundusze ochrony gruntów rolnych. Z kolei państwowe fundusze celowe posiadające osobowość prawną zostaną przekształcone w państwowe fundusze celowe stanowiące wyodrębnione rachunki bankowe. Powstaną także nowe formy organizacyjno-prawne wykonujące wybrane zadania państwa, takie jak agencje wykonawcze i instytucje gospodarki budżetowej.
Nowe regulacje wprowadzają do ustawy budżetowej kolejne elementy budżetu zadaniowego. Zwiększy on sprawność, przejrzystość i efektywność wydatkowania środków publicznych oraz wzmocni kondycję polskiego sektora finansów publicznych, co jest szczególnie istotne w obliczu światowego kryzysu gospodarczego. W układzie zadaniowym sporządzany będzie m. in. Wieloletni Plan Finansowy Państwa, czyli podstawowy dokument wskazujący kierunki polityki finansowej państwa, uchwalany przez Radę Ministrów na cztery lata i podlegający corocznej aktualizacji. Informacje o stopniu realizacji Planu będą przedstawiane parlamentowi razem ze sprawozdaniem z wykonania ustawy budżetowej. Budżet zadaniowy zacznie obowiązywać również w innych jednostkach sektora finansów publicznych, takich jak agencje wykonawcze, dysponenci państwowych funduszy celowych czy państwowe osoby prawne.
Instrumentem nowoczesnego zarządzania finansami publicznymi będą również wieloletnie prognozy finansowe, przyjmowane przez jednostki samorządu terytorialnego po uzyskaniu opinii regionalnej izby obrachunkowej. Będą one obejmować okres roku budżetowego oraz co najmniej trzy kolejne lata. Minimalny okres sporządzania prognozy będzie podlegał obowiązkowemu wydłużeniu na okres, na jaki wieloletnia prognoza finansowa przewiduje limity wydatków wieloletnich.
Nowa ustawa o finansach publicznych utrzymuje 3 progi ostrożnościowe z jednoczesnym wykorzystaniem mechanizmów mających za zadanie ograniczenie wysokości długu publicznego. Wprowadzone rozwiązania mają charakter prewencyjny i samodyscyplinujący.
Ustawa wprowadza również zmiany w gospodarowaniu środkami pochodzącymi z budżetu UE oraz krajów EFTA. Deficyt związany ze środkami europejskimi nie będzie wliczany do deficytu budżetu państwa, a jego finansowanie będzie stanowić dodatkową potrzebę pożyczkową budżetu państwa. Takie rozwiązanie wynika z faktu, że już obecnie, zgodnie z metodologią ESA’95, saldo przepływu środków pomiędzy Polską a UE w zakresie środków unijnych nie jest wliczane do bilansu sektora finansów publicznych. Natomiast przychodami pochodzącymi z nadwyżki budżetu środków europejskich może być pokryty deficyt budżetu państwa oraz inne pożyczkowe potrzeby budżetu państwa. Ponadto od 2010 r. zostanie wyodrębniony, w ramach budżetu państwa, „budżet środków europejskich” oraz nastąpi zmiana sposobu dokonywania płatności dla beneficjentów projektów i programów. Obsługę bankową budżetu środków europejskich prowadzić będzie Bank Gospodarstwa Krajowego. Będzie on przekazywał środki finansowe na rzecz beneficjantów z rachunków otwartych w tym banku przez Ministra Finansów, za wyjątkiem wydatków dokonywanych w ramach projektów pomocy technicznej.
Kontrola nad wydatkami publicznymi ulegnie wzmocnieniu dzięki wprowadzeniu kontroli zarządczej oraz nowych regulacji dotyczących audytu wewnętrznego. Ustawa przewiduje łatwiejszy dostęp do zawodu audytora wewnętrznego w jednostkach sektora finansów publicznych oraz wprowadza instytucję komitetu audytu jako niezależnego zespołu konsultacyjno-doradczego. Chodzi o zapewnienie skutecznej kontroli zarządczej oraz zwiększenie efektywności działania audytu wewnętrznego. W myśl nowych przepisów ujednolicono definicję audytu wewnętrznego odpowiadającą normom międzynarodowym oraz podporządkowano audytorów wewnętrznych kierownikom jednostek.
