Wprowadzono regulację, zgodnie z którą do wydziałów ksiąg wieczystych oraz wydziałów gospodarczych ds. rejestrowych będą kierowani wyłącznie referendarze sądowi. Będą oni pełnić funkcję przewodniczących tych wydziałów. Prezes sądu będzie mógł dokonywać nowego podziału czynności w każdym czasie, jeżeli będą tego wymagały okoliczności związane z należytą organizacją pracy sądu. Sędziowie uzyskają także prawo zaskarżenia do kolegium sądu apelacyjnego decyzji prezesa sądu w przypadkach, gdy zmieni się zakres ich obowiązków. Odwołania sędziów wszystkich szczebli rozpatrywać będzie kolegium sądu apelacyjnego.
Ponadto uregulowano kwestie nadzoru. Sprecyzowano go jako zapewnienie właściwego toku wewnętrznego urzędowania sądu. Nadzór zewnętrzny ma sprawować minister sprawiedliwości, natomiast nadzór wewnętrzny będzie sprawowany przez prezesów sądów. W projekcie określono uprawnienia nadzorcze, aby działania te nie krzyżowały się, ale wzajemnie dopełniały. Zmieni się także tryb rozpatrywania skarg i wniosków dotyczących działalności sądów. Proponuje się, by skargi i wnioski dotyczące pociągnięcia sędziów do odpowiedzialności dyscyplinarnej były przekazywane właściwemu rzecznikowi dyscyplinarnemu.
Będą funkcjonować dwa nowe organy samorządu sędziowskiego – zgromadzenie ogólne sędziów apelacji oraz zebrania sędziów danego sądu. W zgromadzeniu ogólnym sędziów okręgu zostanie zwiększona liczba sędziów sądów rejonowych. Obowiązkowo w każdym sądzie okręgowym będą funkcjonować dwa wydziały – karny i cywilny. W wydziale cywilnym sądu okręgowego rozpatrywane będą sprawy z zakresu gospodarczego oraz pracy. Taki podział zakresu rozpoznawania spraw w wydziałach nie oznacza rezygnacji ze specjalizacji sędziów. Prezesi sądów, przydzielając poszczególne sprawy sędziom, będą zobowiązani brać pod uwagę ich specjalizację. Wprowadzone będą również tzw. sądy funkcjonalne. Ma to związek z powoływaniem w sądach dyrektora sądu. W sądach funkcjonalnych nie będzie on powoływany, nie będą tam bowiem tworzone oddziały administracyjne, kadrowe czy finansowe. Sprawy te przejmą odpowiednie struktury w sądach okręgowych.
Zgodnie z projektem nowelizacji, ograniczono możliwość wieloletniego pełnienia przez te same osoby wymiennie funkcji prezesa i wiceprezesa sądu. Po upływie przewidzianej kadencji osoby te wrócą do pracy orzeczniczej. Prezesa i wiceprezesa sądu apelacyjnego i okręgowego będzie powoływał minister sprawiedliwości. Ich odpowiedników w sądach rejonowych – prezes przełożonego sądu okręgowego. Kandydatów na prezesa sądów wszystkich szczebli będą wyłaniać zebrania sędziów danego okręgu. Zmiany objęły także przepisy dotyczące kolegiów sądów. Sędziom sądów rejonowych przywrócono prawo do zasiadania w składzie kolegium sądu okręgowego.
Wprowadzono kryteria dokonywania ocen kwalifikacji kandydatów na stanowiska sędziowskie. Będą one uwzględniać przede wszystkim poziom merytoryczny orzecznictwa kandydata. Dzięki temu wyłonione zostaną osoby wyróżniające się wysokim poziomem wiedzy prawniczej, swymi dokonaniami potwierdzające słuszność awansu. Przy Krajowej Radzie Sądownictwa powołana ma być Komisja Konkursowa, która będzie sporządzać listę kandydatów na wolne stanowisko sędziowskie. Lista ma być udostępniana w Biuletynie Informacji Publicznej. Do projektu nowelizacji ustawy wprowadzono przepisy, na podstawie których możliwy będzie powrót do służby sędziego przeniesionego w stan spoczynku ze względu na stan zdrowia. Do tej pory osoby, które całkowicie odzyskały zdrowie, nie mogły wrócić do służby sędziowskiej.
