W wyniku odwołania Dyrektor Izby Celnej wydał decyzję, mocą której uchylił wcześniejszą decyzję w części dotyczącej podstawy prawnej, a w pozostałej części decyzja została utrzymana w mocy. W wyniku skargi do WSA został wydany wyrok, w którym stwierdzono nieważność zaskarżonej decyzji, ze względu na naruszenie zasady dwuinstancyjności. Dyrektor Izby Celnej rozpatrując ponownie sprawę utrzymał w mocy decyzję z 13 listopada 2003 r. Skarżące ponownie zaskarżyły ją do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, który oddalił skargę. Naczelny Sąd Administracyjny również oddalił skargę.
W opinii skarżących art. 32 kwestionowanej ustawy, określając warunki przeniesienia pracowników i funkcjonariuszy celnych do innych jednostek na podstawie propozycji złożonej w terminie 3 miesięcy od dnia ogłoszenia ustawy, powodował, że funkcjonariusze, którym tak propozycja została złożona znajdowali się w gorszej sytuacji niż pozostali. Wiązało się to przede wszystkim z wyłączeniem stosowania wobec takich funkcjonariuszy przepisów ustawy o Służbie Celnej. Przepisy kwestionowanej ustawy z założenia przewidywały więc nierówne i mniej korzystne traktowanie funkcjonariuszy przenoszonych na podstawie art. 32.
Ponadto zostali oni pozbawieni uprawnień, które przysługiwałyby im na podstawie przepisów ogólnych. Co więcej – jak podkreślają skarżące – pozbawienie to nastąpiło bez żadnego uzasadnienia i powodowało naruszenie równości traktowania osób znajdujących się w takiej samej sytuacji i wykonujących takie same czynności i zadania.
Wskutek uchwalenia kwestionowanej ustawy funkcjonariusze celni zostali postawieni przed koniecznością podjęcia niezwłocznej decyzji dotyczącej ich dalszej pracy i życia, w wyniku czego mogło dojść, do niekorzystnych skutków społecznych związanych z utratą pracy i rozpadem więzi rodzinnych. Jest to niezgodnie z art. 65 ust. 1 konstytucji, zgodnie z którym każdemu zapewnia się wolność wyboru i wykonywania zawodu oraz wyboru miejsca pracy.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 32 ust. 1, ust. 3-6 ustawy z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (dalej: ustawa konsolidacyjna) jest zgodny z art. 65 ust. 1 konstytucji. Ponadto Trybunał postanowił umorzyć postępowanie w pozostałym zakresie na podstawie art. 39 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym.
Trybunał Konstytucyjny zauważył, że chociaż przepisy zaskarżonej ustawy utraciły moc przed złożeniem skarg – na mocy ustawy z 23 sierpnia 2007 r. o zniesieniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych – to wydanie wyroku jest konieczne dla ochrony konstytucyjnych praw i wolności.
Rozpatrując skargi Trybunał zwrócił również uwagę na to, że dotychczasowe orzecznictwo Trybunału wskazuje na wyodrębnienie kategorii służb mundurowych, które traktuje odmiennie w stosunku do innych grup zawodowych. Przemawia za tym przede wszystkim specyfika stosunku służby i swoistość ponoszonego ryzyka. Status pracowniczy kategorii umundurowanych funkcjonariuszy służb publicznych był kilkakrotnie przedmiotem rozważań Trybunału Konstytucyjnego.
Przywołany jako wzorzec kontroli art. 65 ust. 1 konstytucji zawiera w sobie trzy rodzaje praw pozostających w funkcjonalnym związku: prawo do wyboru i wykonywania zawodu, prawo do wyboru miejsca pracy, prawo do ochrony przed pracą przymusową. Zasada przywołana we wzorcu nie ma charakteru absolutnego, bowiem już w tym samym art. 65 ust. 1 konstytucji, w zdaniu drugim, dopuszczono rozwiązanie, zgodnie z którym ograniczenie swobody zatrudnienia i miejsca pracy jest dopuszczalne, o ile jest przewidziane w ustawie. Nie oznacza to jednak, że ustawodawca ma pełną swobodę ustanawiania takich wyjątków. Wymagania, jakie muszą zostać spełnione dla wprowadzenia ograniczeń zostały określone w art. 31 ust. 3 konstytucji, który dopuszcza możliwość ograniczenia konstytucyjnych praw i wolności wtedy, gdy jest to konieczne w demokratycznym państwie prawnym dla jego bezpieczeństwa lub porządku publicznego, bądź dla ochrony środowiska, zdrowia i moralności publicznej albo wolności i praw innych osób. Ograniczenia te nie mogą naruszać istoty wolności i praw.
Zarzut podniesiony w skargach konstytucyjnych dotyczy wskazania jako naruszającego art. 65 ust. 1 konstytucji, dziesięciodniowego terminu zawartego w ustawie konsolidacyjnej, w czasie którego osoby otrzymujące propozycję przeniesienia musiały podjąć decyzję w sprawie wyrażenia zgody na przeniesienie do innego miejsca pracy. Odnosząc się do tego zarzutu trzeba zauważyć, że z przywołanego przez skarżące wzorca konstytucyjnego nie wynika obowiązek określenia przez ustawodawcę odpowiednio długiego czasu na podjęcie decyzji dotyczącej wyrażenia zgodny na przeniesienie do innego miejsca pracy. Przyczyną reorganizacji służby celnej, w tym przenoszenia pracowników i funkcjonariuszy celnych do pracy w innych miejscowościach, była konieczność zapewnienie wykonania zwiększonych obowiązków celnych na północnej i wschodniej granicy Polski, w związku z członkostwem w Unii Europejskiej. Stąd wyznaczenie terminu na podjęcie decyzji w przedmiocie zgody na przeniesienie mieści się w granicach autonomii ustawodawcy, który dążył do sprawnego zorganizowania wielu zadań państwa, w tym wykonywania obsługi celnej na nowych zewnętrznych granicach UE. Dodatkowym argumentem potwierdzającym zajęte stanowisko jest przywoływana już w orzeczeniu specyfika służby celnej, w tym hierarchiczne podporządkowanie funkcjonariuszy.
Argument skarżących wskazujący na naruszenie zasady swobody miejsca pracy poprzez wprowadzenie konsekwencji w postaci zwolnienia ze służby funkcjonariusza w przypadku odmowy przyjęcia propozycji przeniesienia do pracy w innej miejscowości nie zasługuje na aprobatę. Stanowi to typowe rozwiązanie obowiązujące nie tylko w przepisach kształtujących stosunek zatrudnienia funkcjonariusza celnego zatrudnionego w oparciu o przepisy ustawy o służbie celnej, ale również każdego innego pracownika zatrudnionego w oparciu o przepisy Kodeksu pracy.
