Zgodnie z przepisami rozporządzenia Ministra Edukacji Narodowej z 13 lipca 2007 roku – począwszy od klasy czwartej szkoły podstawowej do średniej ocen z obowiązkowych zajęć lekcyjnych uzyskanych w wyniku klasyfikacji rocznej, wlicza się także oceny klasyfikacyjne uzyskane z religii albo etyki, na którą uczeń uczęszczał w danym roku szkolnym. Poza tym uczniowi kończącemu szkołę podstawową, gimnazjum, szkołę ponadgimnazjalną lub dotychczasową szkołę ponadpodstawową w zakresie klasyfikacji końcowej wlicza się oceny klasyfikacyjne z religii albo etyki, jeżeli uczeń uczęszczał na te zajęcia w czasie nauki w danej szkole. W opinii wnioskodawców rozporządzenie jest sprzeczne z konstytucyjną zasadą bezstronności władz publicznych w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych. Zgodnie z tą zasadą bezstronność władz publicznych powinna być interpretowana jako neutralność w powyższych sprawach. Władze publiczne w żaden sposób nie powinny promować jakiejkolwiek doktryny religijnej. Tymczasem wśród celów rozporządzenia z 13 lipca 2007 roku określonych w uzasadnieniu wskazuje się zwłaszcza na motywowanie ucznia do dodatkowego wysiłku oraz docenianie pracy wynikającej z uczestnictwa w zajęciach m.in. religii albo etyki. Wliczenie ocen z religii i etyki ma zachęcić uczniów do wyboru tych lekcji. Rozporządzenie jest sprzeczne z konstytucyjną zasadą równości wobec prawa. W tym przypadku z prawem uczniów do równego traktowania przez władze publiczne oraz zakazem dyskryminacji z jakiejkolwiek przyczyny. Rozporządzenie wprowadza bowiem odmienne sposoby obliczania średniej ocen dla uczniów uczęszczających na etykę albo religię oraz uczniów nie biorących udziału w tych zajęciach.
Zakwestionowane rozporządzenie jest niezgodne z gwarantowanym przez konstytucję prawem rodziców do zapewnienia dzieciom wychowania i nauczania religijnego oraz moralnego zgodnego z własnymi przekonaniami. Rozporządzenie MEN przewidując wliczanie oceny z religii do średniej ocen wprowadza instrument presji na ucznia uczęszczającego na katechezę. Narusza równowagę między uprawnieniami rodziców, a wolnością sumienia i wyznania oraz przekonań ucznia. Ponadto rozporządzenie jest niezgodne z przepisem ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania stanowiącym zakaz zmuszania obywateli do niebrania udziału w czynnościach lub obrzędach religijnych. Rozporządzenie ma bowiem dyscyplinować uczniów biorących udział w lekcjach religii. Przedmiotem oceny jest nie tylko wiedza, ale i również postawa prezentowana podczas zajęć. Rozporządzenie jest również niezgodne z przepisem powyższej ustawy, w myśl, którego Rzeczpospolita Polska jest państwem świeckim, neutralnym w sprawach religii lub przekonań. Państwo świeckie, neutralne światopoglądowo nie prowadzi żadnej indoktrynacji obywateli, nie preferuje – bezpośrednio czy pośrednio – jakichkolwiek orientacji światopoglądowych, religijnych czy filozoficznych. Także z przepisem gwarantującym, że nauczanie religii dzieci i młodzieży jest wewnętrzną sprawą związków wyznaniowych. Katecheza szkolna ma służyć przekazaniu wiedzy religijnej. Państwo nie powinno ingerować w zasady oceniania uczestnictwa ucznia w katechezie.
Rozporządzenie narusza normę zawartą w powyższej ustawie, że to odrębna ustawa określa zasady nauczania religii w szkołach oraz przedszkolach. Zasady nauczania religii w szkołach obejmują także kwestie oceniania uczniów, w szczególności także wliczania lub nie wliczania ocen do średniej. Kwestię tę ustawodawca powinien zatem uregulować w drodze ustawowej.
W wyroku z 2 grudnia 2009 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł, że rozporządzenie Ministra Edukacji Narodowej z dnia 13 lipca 2007 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie warunków i sposobu oceniania, klasyfikowania i promowania uczniów i słuchaczy oraz przeprowadzania sprawdzianów i egzaminów w szkołach publicznych jest zgodne z art. 25 ust. 1 i 2, art. 32 oraz art. 53 ust. 3 w związku z art. 48 ust. 1 konstytucji oraz nie jest niezgodne z art. 6 ust. 2, art. 10 ust. 1 i art. 20 ust. 2 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania. W pozostałym zakresie Trybunał umorzył postępowanie ze względu na niedopuszczalność wydania wyroku.
Trybunał Konstytucyjny uwypuklił, że wliczanie ocen z religii lub etyki do średniej rocznej lub średniej końcowej jest konsekwencją umieszczania ocen z religii lub etyki na świadectwie szkolnym. Konsekwencją ocen z religii na świadectwie szkolnym jest także równoprawna z innymi przedmiotami nauczania możliwość wliczania ocen z religii i etyki do średniej rocznej lub końcowej. Zarzut naruszenia zasady świeckości i neutralności państwa z powodu wliczania oceny z religii do średniej końcowej należy rozpatrywać w kontekście ocen z religii na świadectwach szkolnych, co wynika z wprowadzenia nauki religii w szkołach publicznych. Wskazana przez wnioskodawcę odmienność, co do kryteriów oceny z religii jest nieuchronna, skoro przedmiotem nauczania jest religia, a nie religioznawstwo. Nauczanie religii jest jednym z przejawów wolności religii w świetle współczesnych standardów pluralistycznego społeczeństwa demokratycznego. Nie jest rolą państwa narzucanie programu nauczania religii i sprowadzanie programu do nauczania religioznawstwa. Oznaczałoby to nie tylko naruszenie konstytucji, gdyż państwo ingerując w ten sposób nie zachowałoby bezstronności w sprawach przekonań religijnych oraz swobody ich wyrażania w życiu publicznym.
