Z rejestru skreśla się otoczenie zabytku, w przypadku skreślenia z rejestru tego zabytku. Dodatkowo z rejestru skreśla się również zabytek, który:
- został wpisany do inwentarza muzeum;
- wszedł w skład narodowego zasobu bibliotecznego.
Skreślenie z rejestru następuje na podstawie decyzji ministra właściwego do spraw kultury i ochrony dziedzictwa narodowego. Postępowanie w sprawie skreślenia zabytku z rejestru wszczyna się z urzędu bądź na wniosek właściciela zabytku lub użytkownika wieczystego gruntu, na którym znajduje się zabytek nieruchomy. Na podstawie decyzji o skreśleniu zabytku nieruchomego z rejestru, wojewódzki konserwator zabytków występuje z wnioskiem o wykreślenie z księgi wieczystej nieruchomości, na której stoi nieruchomy zabytek – wpisu. Na podstawie decyzji o skreśleniu zabytku nieruchomego z rejestru, wojewódzki konserwator zabytków występuje z wnioskiem o wykreślenie z katastru nieruchomości wpisu. Na wniosek wojewódzkiego konserwatora zabytków informację o skreśleniu zabytku nieruchomego z rejestru ogłasza się w wojewódzkim dzienniku urzędowym. Powyższe wykreślenia są wolne od opłat.
Problematyczne w kwestii wykreślenia może okazać się ustalenie kiedy mamy do czynienia ze zniszczeniem chociażby części zabytku. Zgodnie z istniejącym w tej materii orzecznictwem, zniszczenie elementów zabytku, których zachowanie nie miało wpływu na istotę tego zabytku, powoduje uszczerbek w wartości zabytkowej, choć nie może powodować skreślenia. Organy oceniające zasadność wpisu do rejestru zabytków obiektu, który uległ zniszczeniu, powinny więc oceniać, czy stan zachowania tego obiektu jest na tyle zły, że nie przedstawia on już żadnej wartości historycznej, artystycznej lub naukowej (por. wyrok NSA w Warszawie z dnia 25 maja 2005 r. sygn. akt II OSK 1157/10). Według WSA w Warszawie, wartość historyczna zabytku nie polega tylko na możliwości korzystania z zabytku w sposób analogiczny jak w czasach historycznych (wyrok sygn. akt I SA/Wa 1238/05). Skreślenie z rejestru zabytków nie może być uzasadnione długotrwałością prowadzonych badań nad daną rzeczą czy też nienależyta opieka nad wydobytymi przedmiotami w trakcie takich badań.
Innymi słowy, ze zniszczeniem zabytku, które uzasadniałoby jego wykreślenie z właściwego rejestru, mamy do czynienia wyłącznie, gdy dana rzecz utraciła charakter zabytkowy, a więc nie posiada już wartości historycznej, naukowej, czy nawet artystycznej. Pamiętajmy także, że wykreślenie z rejestru wpisanego zabytku nie jest w żaden sposób uzależnione od możliwości jego naprawy i usunięcia powstałych zniszczeń. Tym samym możliwość naprawy danego obiektu nie przeszkadza w wykreśleniu go z rejestru.
